水稻籽粒镉含量相关基因LCd7的联合单倍型分子标记及其应用

水稻籽粒镉含量相关基因lcd7的联合单倍型分子标记及其应用
技术领域
1.本发明属于生物技术领域，具体涉及水稻籽粒镉含量相关基因lcd7的联合单倍型分子标记及其应用。


背景技术：

2.水稻是世界上最重要的粮食作物之一，约有一半以上的人口以稻米为主食。农田重金属污染是当今世界面临的重大环境问题,受到各界广泛关注。重金属污染具有复杂隐蔽性、危害持久性,尤其可能通过食物链的富集作用危及人类健康。其中镉是对环境毒性最大的重金属元素之一,对水稻等粮食作物的安全生产构成严重威胁。
3.镉对有机体有极强的毒害作用，尤其在人类身体中，其半排出周期长达30年，长期摄取被镉污染的稻米，会增加患肺癌、肾脏和肝脏疾病以及痛痛病的几率。粮食作物的安全问题与人类健康息息相关，但镉污染农田治理周期长难度大，因此，如何在不浪费现有农田的基础上，生产出安全的粮食作物显得尤为重要。
4.单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,snp)指基因组单个核苷酸的变异，它是最微小的变异单元，是由单个核苷酸对置换、颠换、插入或缺失所形成的变异形式。单倍型(haplotype)则是位于一条染色体上某一区域的一组相关联的多个snp等位位点。单核苷酸多态性标记具有遗传稳定、数量多、分布广且易于检测等特点，适合于数量庞大的检测分析。


技术实现要素：

5.本发明所要解决的技术问题是如何鉴定或辅助鉴定水稻镉累积性状或如何鉴定或辅助鉴定水稻籽粒的镉含量或如何进行水稻育种。
6.为了解决上述技术问题，本发明首先提供了一种应用，所述应用为下述p1、p2或p3，
7.所述p1为检测tagsnp-14208267的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定水稻镉含量中的应用，所述tagsnp-14208267是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列1的第19位核苷酸，其为a或c；
8.所述p2为检测tagsnp-14208267和6个snp的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定水稻镉含量中的应用，所述6个snp分别为oscd1-tagsnp-840593、oshma2-tagsnp-29481835、oshma3-tagsnp-7406920、osmtp1-tagsnp-1679325、osnramp1-tagsnp-8965009和osnramp5-tagsnp-8880395：
9.所述oscd1-tagsnp-840593是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列2的第24位核苷酸，其为g或a；
10.所述oshma2-tagsnp-29481835是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列3的第25位核苷酸，其为g或a；
11.所述oshma3-tagsnp-7406920是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列4的第19位核苷酸，其为g或a；
12.所述osmtp1-tagsnp-1679325是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列5的第30位核苷酸，其为g或a；
13.所述osnramp1-tagsnp-8965009是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列6的第26位核苷酸，其为c或a；
14.所述osnramp5-tagsnp-8880395是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列7的第22位核苷酸，其为c或t；
15.所述p3为检测联合单倍型的物质在鉴定或辅助鉴定水稻镉含量中的应用，所述联合单倍型是水稻染色体上所述oscd1-tagsnp-840593、所述oshma2-tagsnp-29481835、所述oshma3-tagsnp-7406920、所述osmtp1-tagsnp-1679325、所述osnramp1-tagsnp-8965009、所述osnramp5-tagsnp-8880395和所述tagsnp-14208267这7个snp的多态性组合。
16.为了解决上述技术问题，本发明还提供了一种应用，所述应用为q1、q2或q3：
17.所述q1为检测tagsnp-14208267的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定水稻镉含量产品中的应用，所述tagsnp-14208267是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列1的第19位核苷酸，其为a或c；
18.所述q2为检测tagsnp-14208267和其他6个snp的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定水稻镉含量产品中的应用，所述6个snp分别为oscd1-tagsnp-840593、oshma2-tagsnp-29481835、oshma3-tagsnp-7406920、osmtp1-tagsnp-1679325、osnramp1-tagsnp-8965009和osnramp5-tagsnp-8880395：
19.所述oscd1-tagsnp-840593是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列2的第24位核苷酸，其为g或a；
20.所述oshma2-tagsnp-29481835是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列3的第25位核苷酸，其为g或a；
21.所述oshma3-tagsnp-7406920是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列4的第19位核苷酸，其为g或a；
22.所述osmtp1-tagsnp-1679325是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列5的第30位核苷酸，其为g或a；
23.所述osnramp1-tagsnp-8965009是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列6的第26位核苷酸，其为c或a；
24.所述osnramp5-tagsnp-8880395是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列7的第22位核苷酸，其为c或t；
25.所述q3为检测联合单倍型的物质在制备鉴定或辅助鉴定水稻镉含量产品中的应用，所述联合单倍型是水稻染色体上所述oscd1-tagsnp-840593、所述oshma2-tagsnp-29481835、所述oshma3-tagsnp-7406920、所述osmtp1-tagsnp-1679325、所述osnramp1-tagsnp-8965009、所述osnramp5-tagsnp-8880395和所述tagsnp-14208267这7个snp的多态性组合。
26.为了解决上述技术问题，本发明还提供了下述e1、e2或e3的应用：
27.所述e1为检测tagsnp-14208267的多态性或基因型的物质在水稻育种或制备水稻
育种产品中的应用，所述tagsnp-14208267是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列1的第19位核苷酸，其为a或c。
28.所述e2为检测tagsnp-14208267和其他6个snp的多态性或基因型的物质在水稻育种或制备水稻育种产品中的应用，所述6个snp分别为oscd1-tagsnp-840593、oshma2-tagsnp-29481835、oshma3-tagsnp-7406920、osmtp1-tagsnp-1679325、osnramp1-tagsnp-8965009和osnramp5-tagsnp-8880395：
29.所述oscd1-tagsnp-840593是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列2的第24位核苷酸，其为g或a；
30.所述oshma2-tagsnp-29481835是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列3的第25位核苷酸，其为g或a；
31.所述oshma3-tagsnp-7406920是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列4的第19位核苷酸，其为g或a；
32.所述osmtp1-tagsnp-1679325是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列5的第30位核苷酸，其为g或a；
33.所述osnramp1-tagsnp-8965009是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列6的第26位核苷酸，其为c或a；
34.所述osnramp5-tagsnp-8880395是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列7的第22位核苷酸，其为c或t。
35.所述e3为检测联合单倍型的物质在水稻育种或制备水稻育种产品中的应用，所述联合单倍型是水稻染色体上所述oscd1-tagsnp-840593、所述oshma2-tagsnp-29481835、所述oshma3-tagsnp-7406920、所述osmtp1-tagsnp-1679325、所述osnramp1-tagsnp-8965009、所述osnramp5-tagsnp-8880395和所述tagsnp-14208267这7个snp的多态性组合。
36.为解决上述技术问题，本发明还提供了一种产品，所述产品含有上述检测水稻基因组tagsnp-14208267多态性或基因型的产品或含有上述检测水稻基因组所述oscd1-tagsnp-840593、所述oshma2-tagsnp-29481835、所述oshma3-tagsnp-7406920、所述osmtp1-tagsnp-1679325、所述osnramp1-tagsnp-8965009、所述osnramp5-tagsnp-8880395和所述tagsnp-14208267这7个snp的多态性或基因型的物质的产品或含有权利要求1中所述检测联合单倍型的物质的产品，且可为下述g1)-g3)中的任一种：
37.g1)检测水稻镉含量相关的单核苷酸多态性或基因型的产品；
38.g2)鉴定或辅助鉴定水稻镉含量的产品；
39.g3)用于水稻育种的产品。
40.为了解决上述技术问题，本发明还提供了鉴定或辅助鉴定水稻镉含量的方法，所述方法包括方法a、方法b:
41.所述方法a为检测待测水稻中水稻基因组tagsnp-14208267多态性或基因型，根据所述待测水稻的基因型鉴定或辅助鉴定水稻镉含量：所述tagsnp-14208267的基因型为aa的水稻的镉含量低于或候选低于所述tagsnp-14208267的基因型为cc的水稻，所述aa是tagsnp-14208267为a的纯合型；所述cc是tagsnp-14208267为c的纯合型；
42.所述方法b为检测待测水稻中水稻基因组所述oscd1-tagsnp-840593、所述oshma2-tagsnp-29481835、所述oshma3-tagsnp-7406920、所述osmtp1-tagsnp-1679325、所
述osnramp1-tagsnp-8965009、所述osnramp5-tagsnp-8880395和所述tagsnp-14208267这7个snp的多态性或基因型，根据所述待测水稻的基因型鉴定或辅助鉴定水稻镉含量：所述7个snp的基因型为基因型aaaaaaggccttaa的水稻的籽粒镉含量低于或候选低于所述7个snp的基因型为基因型ggggggaaaacccc或基因型ggggaaggccttaa的水稻。
43.所述基因型aaaaaaggccttaa的水稻为oscd1-tagsnp-840593的基因型为aa，且oshma2-tagsnp-29481835的基因型为aa，且oshma3-tagsnp-7406920的基因型为aa，且osmtp1-tagsnp-1679325的基因型为gg，且osnramp1-tagsnp-8965009的基因型为cc，且osnramp5-tagsnp-8880395的基因型为tt，且tagsnp-14208267的基因型为aa的7个snp的组合基因型；
44.所述基因型ggggggaaaacccc的水稻为oscd1-tagsnp-840593的基因型为gg，且oshma2-tagsnp-29481835的基因型为gg，且oshma3-tagsnp-7406920的基因型为gg，且osmtp1-tagsnp-1679325的基因型为aa，且osnramp1-tagsnp-8965009的基因型为aa，且osnramp5-tagsnp-8880395的基因型为cc，且tagsnp-14208267的基因型为cc的7个snp的组合基因型；
45.所述基因型ggggaaggccttaa的水稻为oscd1-tagsnp-840593的基因型为gg，且oshma2-tagsnp-29481835的基因型为gg，且oshma3-tagsnp-7406920的基因型为aa，且osmtp1-tagsnp-1679325的基因型为gg，且osnramp1-tagsnp-8965009的基因型为cc，且osnramp5-tagsnp-8880395的基因型为tt，且tagsnp-14208267的基因型为aa的7个snp的组合基因型。
46.上述鉴定或辅助鉴定水稻镉含量的方法在在水稻育种中的应用也属于本发明的保护范围。
47.本发明还提供了一种水稻育种的方法，所述方法包括方法a、方法b:
48.所述方法a为检测待测水稻中上述检测水稻基因组tagsnp-14208267多态性或基因型，选择tagsnp-14208267的基因型为aa的纯合型水稻作为亲本育种；
49.所述方法b为检测待测水稻中上述检测水稻基因组所述oscd1-tagsnp-840593、所述oshma2-tagsnp-29481835、所述oshma3-tagsnp-7406920、所述osmtp1-tagsnp-1679325、所述osnramp1-tagsnp-8965009、所述osnramp5-tagsnp-8880395和所述tagsnp-14208267这7个snp的多态性或基因型，选择所述7个snp的基因型为基因型aaaaaaggccttaa的水稻作为亲本进行育种，所述基因型aaaaaaggccttaa的水稻为oscd1-tagsnp-840593的基因型为aa，且oshma2-tagsnp-29481835的基因型为aa，且oshma3-tagsnp-7406920的基因型为aa，且osmtp1-tagsnp-1679325的基因型为gg，且osnramp1-tagsnp-8965009的基因型为cc，且osnramp5-tagsnp-8880395的基因型为tt，且tagsnp-14208267的基因型为aa的7个snp的组合基因型。
50.上文所述待测水稻为水稻自交系，上文所述应用中，选择水稻的自交系作为亲本进行育种。
51.上述应用及方法中，所述水稻育种的目的包括培育低镉含量水稻或选育镉含量低的水稻品种。
52.上述应用、方法及产品中，所述检测所述oscd1-tagsnp-840593、所述oshma2-tagsnp-29481835、所述oshma3-tagsnp-7406920、所述osmtp1-tagsnp-1679325、所述
osnramp1-tagsnp-8965009、所述osnramp5-tagsnp-8880395和所述tagsnp-14208267这7个snp的多态性或基因型的物质，或所述检测联合单倍型的物质可为如下d1)、d2)、d3)或d4)：
53.d1)含有扩增包括上述tagsnp-14208267在内的水稻基因组dna片段的pcr引物；
54.d2)含有扩增包括权利要求1中所述oscd1-tagsnp-840593、所述oshma2-tagsnp-29481835、所述oshma3-tagsnp-7406920、所述osmtp1-tagsnp-1679325、所述osnramp1-tagsnp-8965009、所述osnramp5-tagsnp-8880395和所述tagsnp-14208267在内的水稻基因组dna片段的pcr引物；
55.d3)含有d1)或d2)所述pcr引物的pcr试剂；
56.d4)含有d1)或d2)所述pcr引物或d3)所述pcr试剂的试剂盒。
57.上述应用或产品或方法中，所述pcr引物含有述tagsnp-14208267引物组或7引物组：
58.1)所述tagsnp-14208267引物组由tagsnp-14208267-a和tagsnp-14208267-b和tagsnp-14208267-c组成；
59.引物tagsnp-14208267-a为核苷酸序列是序列表中序列8的单链dna分子或核苷酸序列是序列表中序列8的第22-40位的单链dna；
60.引物tagsnp-14208267-b为核苷酸序列是序列表中序列9的单链dna分子或核苷酸序列是序列表中序列9的第22-39位的单链dna；
61.引物tagsnp-14208267-c为核苷酸序列是序列表中序列10的单链dna分子；
62.2)所述7引物组由所述tagsnp-14208267引物组、所述oscd1-tagsnp-840593引物组、所述oshma2-tagsnp-29481835引物组、所述oshma3-tagsnp-7406920引物组、所述osmtp1-tagsnp-1679325引物组、所述osnramp1-tagsnp-8965009引物组和所述osnramp5-tagsnp-8880395引物组构成，
63.所述oscd1-tagsnp-840593引物组由引物oscd1-tagsnp-840593-a、oscd1-tagsnp-840593-b和oscd1-tagsnp-840593-c组成；
64.引物oscd1-tagsnp-840593-a为核苷酸序列是序列表中序列11的单链dna分子或核苷酸序列是序列表中序列11的第22-44位的单链dna；
65.引物oscd1-tagsnp-840593-b为核苷酸序列是序列表中序列12的单链dna分子或核苷酸序列是序列表中序列12的第22-45位的单链dna；
66.引物oscd1-tagsnp-840593-c为核苷酸序列是序列表中序列13的单链dna分子；
67.所述oshma2-tagsnp-29481835引物组由引物oshma2-tagsnp-29481835-a、oshma2-tagsnp-29481835-b和oshma2-tagsnp-29481835-c组成；
68.引物oshma2-tagsnp-29481835-a为核苷酸序列是序列表中序列14的单链dna分子或核苷酸序列是序列表中序列14的第22-46位的单链dna；
69.引物oshma2-tagsnp-29481835-b为核苷酸序列是序列表中序列15的单链dna分子或核苷酸序列是序列表中序列15的第22-48位的单链dna；
70.引物oshma2-tagsnp-29481835-c为核苷酸序列是序列表中序列16的单链dna分子；
71.所述oshma3-tagsnp-7406920引物组由引物oshma3-tagsnp-7406920-a、oshma3-tagsnp-7406920-b和oshma3-tagsnp-7406920-c组成；
72.引物oshma3-tagsnp-7406920-a为核苷酸序列是序列表中序列17的单链dna分子或核苷酸序列是序列表中序列17的第22-40位的单链dna；
73.引物oshma3-tagsnp-7406920-b为核苷酸序列是序列表中序列18的单链dna分子或核苷酸序列是序列表中序列18的第22-39位的单链dna；
74.引物oshma3-tagsnp-7406920-c为核苷酸序列是序列表中序列19的单链dna分子；
75.所述osmtp1-tagsnp-1679325引物组由引物osmtp1-tagsnp-1679325-a、osmtp1-tagsnp-1679325-b和osmtp1-tagsnp-1679325-c组成；
76.引物osmtp1-tagsnp-1679325-a为核苷酸序列是序列表中序列20的单链dna分子或核苷酸序列是序列表中序列20的第22-51位的单链dna；
77.引物osmtp1-tagsnp-1679325-b为核苷酸序列是序列表中序列21的单链dna分子或核苷酸序列是序列表中序列21的第22-50位的单链dna；
78.引物osmtp1-tagsnp-1679325-c为核苷酸序列是序列表中序列22的单链dna分子；
79.所述osnramp1-tagsnp-8965009引物组由引物osnramp1-tagsnp-8965009-a、osnramp1-tagsnp-8965009-b和osnramp1-tagsnp-8965009-c组成；
80.引物osnramp1-tagsnp-8965009-a为核苷酸序列是序列表中序列23的单链dna分子或核苷酸序列是序列表中序列23的第22-47位的单链dna；
81.引物osnramp1-tagsnp-8965009-b为核苷酸序列是序列表中序列24的单链dna分子或核苷酸序列是序列表中序列24的第22-49位的单链dna；
82.引物osnramp1-tagsnp-8965009-c为核苷酸序列是序列表中序列25的单链dna分子；
83.所述osnramp5-tagsnp-8880395引物组由引物osnramp5-tagsnp-8880395-a、osnramp5-tagsnp-8880395-b和osnramp5-tagsnp-8880395-c组成；
84.引物osnramp5-tagsnp-8880395-a为核苷酸序列是序列表中序列26的单链dna分子或核苷酸序列是序列表中序列26的第22-43位的单链dna；
85.引物osnramp5-tagsnp-8880395-b为核苷酸序列是序列表中序列27的单链dna分子或核苷酸序列是序列表中序列27的第22-41位的单链dna；
86.引物osnramp5-tagsnp-8880395-c为核苷酸序列是序列表中序列28的单链dna分子。
87.上述应用、方法中，所述检测tagsnp-14208267、oscd1-tagsnp-840593、oshma2-tagsnp-29481835、oshma3-tagsnp-7406920、osmtp1-tagsnp-1679325、osnramp1-tagsnp-8965009和osnramp5-tagsnp-8880395这7个snp的多态性或基因型的物质，或所述检测联合单倍型的物质，可为通过下述至少一种方法确定上述水稻基因组中tagsnp-14208267、oscd1-tagsnp-840593、oshma2-tagsnp-29481835、oshma3-tagsnp-7406920、osmtp1-tagsnp-1679325、osnramp1-tagsnp-8965009和osnramp5-tagsnp-8880395这7个位点的核苷酸种类：dna测序、限制性酶切片段长度多态性、单链构象多态性、变性高效液相色谱和snp芯片。其中，snp芯片包括基于核酸杂交反应的芯片、基于单碱基延伸反应的芯片、基于等位基因特异性引物延伸反应的芯片、基于“一步法”反应的芯片、基于引物连接反应的芯片、基于限制性内切酶反应的芯片、基于蛋白dna结合反应的芯片，及基于荧光分子dna结合反应的芯片。
88.上述应用和方法中，所述pcr引物可被标记物标记也可不被标记物标记。所述标记物指可用于提供可检测的效果且可以连接至核酸的任何原子或分子。标记物包括但不限于染料；放射性标记，诸如
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p；结合部分，诸如生物素(biotin)；半抗原，诸如地高辛(dig)；发光、发磷光或发荧光部分；和单独的荧光染料或与可以通过荧光共振能量转移(fret)抑制或移动发射光谱的部分组合的荧光染料。标记可以提供可通过荧光、放射性、比色、重量测定、x射线衍射或吸收、磁性、酶活性等检测的信号。标记可以是带电荷的部分(正电荷或负电荷)或可选地，可以是电荷中性的。标记可以包括核酸或蛋白序列或由其组合，只要包含标记的序列是可检测的。在一些实施方案中，核酸在没有标记的情况下直接检测(例如，直接读取序列)。
89.上述应用和方法中，所述产品可为试剂或试剂盒或系统，所述系统可包括试剂或试剂盒、仪器和分析软件的组合产品，如由pcr引物、parms master mix试剂、酶标仪和在线软件snp decoder(http://www.snpway.com/snpdecoder01/)组成的产品，由pcr引物、parms master mix试剂、在线软件snp decoder和荧光定量pcr仪组成的组合产品。所述产品可包括上述检测水稻基因组中tagsnp-14208267、oscd1-tagsnp-840593、oshma2-tagsnp-29481835、oshma3-tagsnp-7406920、osmtp1-tagsnp-1679325、osnramp1-tagsnp-8965009和osnramp5-tagsnp-8880395这7个snp的多态性或基因型的物质。
90.上述应用、方法中，所述镉含量低的水稻品种中的镉含量是相对于杂交亲本水稻而言。如果两个杂交亲本水稻的镉含量相同，所述低镉含量水稻品种的镉含量可等于或低于杂交亲本水稻的镉含量；如果两个杂交亲本水稻的镉含量不相同，所述低镉含量水稻品种的镉含量可等于或低于两个杂交亲本水稻中镉含量较高的杂交亲本水稻。
91.本发明提供了一个lcd7基因的snp分子标记鉴定或辅助鉴定水稻籽粒镉含量，采用分子标记辅助选择育种可在dna水平针对目标性状进行选择，不仅结果稳定，而且可以在苗期进行选择，降低表型评价的成本，提高育种效率。同时，可以利用lcd7基因的snp位点与其它六个水稻籽粒镉积累相关基因的联合单倍型辅助鉴定或辅助鉴定水稻籽粒镉含量。
具体实施方式
92.下面结合具体实施方式对本发明进行进一步的详细描述，给出的实施例仅为了阐明本发明，而不是为了限制本发明的范围。以下提供的实施例可作为本技术领域普通技术人员进行进一步改进的指南，并不以任何方式构成对本发明的限制。
93.下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法，按照本领域内的文献所描述的技术或条件或者按照产品说明书进行。下述实施例中所用的材料、试剂等，如无特殊说明，均可从商业途径得到。
94.以下实施例中的定量实验，如无特别说明，均设置三次重复实验。
95.以下实施例中的365个水稻材料均由中国农业大学农学与生物技术学院植物遗传育种系水稻种质资源、基因组学与分子育种(rggmb)实验室提供，其种质资源可从中国作物种质资源信息网获取(http://icgr.caas.net.cn/pztest.htm)，部分材料具体信息可在正式出版著作(中国稻种资源及其核心种质研究与利用，李自超，中国农业大学出版社；第1版，2013年5月1日)中查询，品种详细信息如表1所示。公众可从申请人处获得该生物材料，该生物材料只为重复本发明的相关实验所用，不可作为其它用途使用。
96.实施例1、水稻籽粒镉含量相关的lcd7基因的tagsnp-14208267的分子标记及标记引物组的获得
97.1.水稻lcd7基因相关的tagsnp-14208267的分子标记的发现
98.利用全基因组关联分析软件tassel 5.0混合线性模型(mixed linear model,mlm)进行水稻籽粒镉积累性状的全基因组关联分析。以日本晴基因组序列为参考基因组，lcd7基因位于水稻第3号染色体第14206980-14209164位，该snp位点位于水稻3号染色体14208267bp处。该snp位点(简称tagsnp-14208267)及其附近的核苷酸如序列表的序列1(反义链)所示，序列1的第19位核苷酸为snp位点，为a/c多态,共存在2种基因型：cc基因型是水稻基因组中所述tagsnp-14208267为c的纯合型、aa基因型是水稻基因组中所述tagsnp-14208267为a的纯合型。序列表中序列1的m表示a或c。
99.2.snp标记tagsnp-14208267的引物组的获得
100.设计基于kasp技术检测snp多态性位点的引物组(即kasp标记tagsnp-14208267)，简称kasp引物组。kasp引物组由两条上游引物(tagsnp-14208267-a和tagsnp-14208267-b)和一条下游引物(tagsnp-14208267-c)组成，具体序列见如下：
101.tagsnp-14208267位于序列表的序列1(反义链)所示dna分子的第19位核苷酸。
102.tagsnp-14208267-a：5
’‑
gaaggtgaccaagttcatgctcacccgcgtcgtcacgtga-3’(序列8)，为5’端带有fam荧光标签序列(下划线部分的碱基)的引物，和引物c扩增snp位点tagsnp-14208267为a的片段，用酶标仪或荧光定量pcr仪可读取到fam基团的荧光信号；
103.tagsnp-14208267-b：5
’‑
gaaggtcggagtcaacggattacccgcgtcgtcacgtgc
‑‑3’
(序列9)为5’端带有vic荧光标签序列(下划线部分的碱基)的引物，和引物c扩增snp位点tagsnp-14208267为c的片段，用酶标仪或荧光定量pcr仪可读取到vic基团的荧光信号。
104.tagsnp-14208267-c：5
’‑
ttcgatcgatcgcccgaactaactt-3’(序列10)。
105.3.应用kasp标记检测水稻snp标记tagsnp-14208267基因型方法的建立
106.1)提取待测水稻的叶片的基因组dna，经稀释得到模板溶液。模板溶液中的dna浓度为5-50ng/μl。
107.2)进行kasp
108.用特异引物对进行pcr扩增，用kasp反应进行检测，确定snp分子标记的核苷酸的种类。特异引物对为步骤2中的tagsnp-14208267-a、tagsnp-14208267-b和tagsnp-14208267-c。kasp反应体系(1.622μl)为：水稻叶片基因组dna 0.8μl，2
×
master mix
109.0.4μl，引物工作液0.022μl(tris-hcl：tagsnp-14208267-a：tagsnp-14208267-b：tagsnp-14208267-c＝23：6：6：15)，h2o 0.4μl。
110.将dna样品加到96孔pcr板上，将分装好的dna在烘箱65℃放置30min直到dna完全干燥，每块pcr板加1个的阴性对照(ntc)。kasp反应程序如下：变性94℃15mins；富集含有snp位点的模板dna，94℃变性，20s，退火、延伸61-55℃，60s梯度退火(每个循环降低0.6℃)，10个循环；94℃变性20s、55℃退火/延伸60s，共26个循环；如果分型不明显，可再增加5个循环进行扩增，5个循环的程序如下：94℃变性20s、55℃退火/延伸60s，共5个循环。
111.3)基因分型
112.pcr反应完成后利用荧光信号阅读仪(omega)和荧光检测系统(araya)将荧光信号转变为可分析的数值对反应产物进行荧光数据读取。荧光扫描结果利用snp viewer软件包
进行图形化展示，aa碱基类型带有fam荧光，分布于x轴附近；cc碱基类型带有vic荧光，分布于y轴附近；无检出信号的样本分布于原点附近。
113.fam激发波长为485nm，发射波长为520nm。vic激发波长为535nm，发射波长为556nm。系统参比荧光rox激发波长为575nm，发射波长为610nm。
114.若显示只有fam基团的荧光信号，则所述待测水稻的tagsnp-14208267的基因型为aa(即水稻基因组中snp位点tagsnp-14208267为a的纯合型)；若显示只有vic基团的荧光信号，则所述待测水稻的tagsnp-14208267基因型为cc(即水稻基因组中snp位点tagsnp-14208267为c的纯合型)。
115.4.水稻籽粒镉含量的测定
116.将365份水稻材料进行播种，将育秧地整体翻土，打垄之后灌水，撒农药与除草剂，播种需前晒田1-2天。温水浸种三天，每天换水两次。待种子露白后，开始催芽，催芽一天半到两天，种子芽长5mm后，进行播种。将已出芽的种子播种在格子中间，直到生长为秧苗。两周后，将秧苗按编号拔出，并用稻草或尼龙绳将地标牌与秧苗绑在一起，将根轻轻插入泥中。将365份材料种植两行，行间距25cm；每行种植8株，株间距为20cm。
117.待种子成熟后，回收的365个水稻品种的籽粒样品在太阳下晾干或放置于烘箱中60℃烘干3天，质量恒定后使用砻谷机脱壳，得到的糙米样品放置于5ml离心管中。之后使用高通量静音组织研磨仪粉碎糙米样品，用于后续镉含量测定。365个水稻品种的水稻籽粒镉含量测定设置三个重复。
118.水稻籽粒镉含量测定采用为单酸消解法，使用仪器为远红外控温式消煮炉，容器为玻璃消煮管，具体步骤简述如下：(1)称样：准确称取粉碎水稻籽粒样品0.2000g(精确到0.0001g)，放入玻璃消煮管，避免粉末粘壁；(2)加酸：加入1ml优级纯硝酸，冷消化过夜；(3)消解：加盖弯颈漏斗200℃消解6h，直至消化液呈无色透明或略带黄色；(4)定容：用蒸馏水将管内消化液洗净，清洗液转移至15ml定容管中，定容至15ml；(5)过滤：摇匀后使用0.45μm水系滤膜将定容后的液体过滤至10ml离心管中，待测，测定设置3个重复。
119.质量控制：每批次消解时设置2个空白对照与3个大米粉成分分析标准物质(国家标准物质，gbw100349，钢研纳克检测技术公司)，确保水稻籽粒镉含量结果数据准确可靠。水稻籽粒镉含量采用电感耦合等离子质谱仪进行测定。
120.结果如下：365个水稻品种的tagsnp-14208267基因型和水稻籽粒镉含量如表1和2所示：295个基因型cc的水稻品种的籽粒镉含量平均值为0.52mg/kg；70个基因型aa的水稻品种的籽粒镉含量平均值为0.19mg/kg，显著低于基因型cc的水稻品种。根据国家标准gb2762-2017，稻谷、糙米、大米的镉限量指标cd≤0.2mg/kg，在295个基因型cc的水稻品种中，有273个基因型cc的水稻品种水稻籽粒镉含量均高于0.2mg/kg，占比92.54％。由此可知，tagsnp-14208267的基因型为aa的水稻的镉含量低于tagsnp-14208267的基因型为cc的水稻，其中基因型cc是tagsnp-14208267为c的纯合型；基因型aa是tagsnp-14208267为a的纯合型，本发明的tagsnp-14208267是水稻籽粒低镉含量相关的snp分子标记，可用于水稻籽粒镉积累的早期预测和筛选、水稻分子标记辅助选择育种以及低镉水稻的选育。
121.在选育低镉含量水稻的育种中，最好选择所述snp位点的基因型为aa的水稻作为亲本进行育种。
122.表1、365个水稻品种的水稻籽粒镉含量和tagsnp-14208267的基因型
123.124.125.126.127.128.129.130.131.132.[0133][0134]
表2、按tagsnp-14208267的基因型统计的365个水稻品种的水稻籽粒镉含量
[0135][0136]
实施例2、tagsnp-14208267与6个水稻籽粒镉积累基因的低镉联合单倍型发掘
[0137]
对水稻籽粒镉含量相关的6个基因的snp分子标记，包括oscd1-tagsnp-840593、oshma2-tagsnp-29481835、oshma3-tagsnp-7406920、osmtp1-tagsnp-1679325、osnramp1-tagsnp-8965009和osnramp5-tagsnp-8880395进行联合单倍型分析，每个snp位点分为两种基因型(详细基因型见表3)。
[0138]
oscd1基因位于水稻第3号染色体第842386-846445位，tagsnp-840593是水稻基因组的一个snp位点，位于水稻第3号染色体上第840593位核苷酸(序列2的第24位核苷酸)，为g/a多态，共存在2种基因型，基因型gg是水稻基因组中oscd1-tagsnp-840593为g的纯合型、
基因型aa是水稻基因组中oscd1-tagsnp-840593为a的纯合型，序列表中序列2的r表示g或a。
[0139]
snp标记tagsnp-840593引物组为基于kasp技术设计检测snp多态性位点的引物组(即kasp标记tagsnp-840593引物组)。tagsnp-840593引物组由两条上游引物(oscd1-tagsnp-840593-a和oscd1-tagsnp-840593-b)和一条下游引物(oscd1-tagsnp-840593-c)组成，具体序列见如下：
[0140]
oscd1-tagsnp-840593-a：5
’‑
gaaggtgaccaagttcatgctagcagcagacatagtatgtaacg-3’(序列11)为5’端带有fam荧光标签序列(下划线部分的碱基)的引物，和oscd1-tagsnp-840593-c扩增snp位点tagsnp-840593为g的片段，用酶标仪或荧光定量pcr仪可读取到fam基团的荧光信号；
[0141]
oscd1-tagsnp-840593-b：5
’‑
gaaggtcggagtcaacggattgagcagcagacatagtatgtaaca-3’(序列12)为5’端带有vic荧光标签序列(下划线部分的碱基)的引物，和oscd1-tagsnp-840593-c扩增snp位点tagsnp-840593为a的片段，用酶标仪或荧光定量pcr仪可读取到vic基团的荧光信号。
[0142]
oscd1-tagsnp-840593-c：5
’‑
cccaatagccatatacttatcccagataa-3’(序列13)。
[0143]
oshma2基因位于水稻第6号染色体第29477949-29480905位，tagsnp-29481835是水稻基因组的一个snp位点，位于水稻第6号染色体上第29481835位核苷酸(序列3的第25位核苷酸)，为g/a多态，共存在2种基因型，基因型gg是水稻基因组中oshma2-tagsnp-29481835为g的纯合型、基因型aa是水稻基因组中oshma2-tagsnp-29481835为a的纯合型，序列表中序列3的r表示g或a。
[0144]
snp标记tagsnp-29481835引物组为基于kasp技术设计检测snp多态性位点的引物组(即kasp标记tagsnp-29481835引物组)。kasp引物组由两条上游引物(引物oshma2-tagsnp-29481835-a和引物oshma2-tagsnp-29481835-b)和一条下游引物(引物oshma2-tagsnp-29481835-c)组成，具体序列见如下：
[0145]
oshma2-tagsnp-29481835-a：5
’‑
gaaggtgaccaagttcatgctatgattttacccaaacaaggaaccg-3’(序列14)为5’端带有fam荧光标签序列(下划线部分的碱基)的引物，和oshma2-tagsnp-29481835-c扩增snp位点tagsnp-29481835为g的片段，用酶标仪或荧光定量pcr仪可读取到fam基团的荧光信号；
[0146]
oshma2-tagsnp-29481835-b：5
’‑
gaaggtcggagtcaacggattttatgattttacccaaacaaggaacca-3’(序列15)为5’端带有vic荧光标签序列(下划线部分的碱基)的引物，和oshma2-tagsnp-29481835-c扩增snp位点tagsnp-29481835为a的片段，用酶标仪或荧光定量pcr仪可读取到vic基团的荧光信号。
[0147]
oshma2-tagsnp-29481835-c：5
’‑
tttttcttcaacctccccactactagata-3’(序列16)。
[0148]
oshma3基因位于水稻第7号染色体第7405270-7410459位，tagsnp-7406920是水稻基因组的一个snp位点，位于水稻第7号染色体上第7406920位核苷酸(序列4的第19位核苷酸)，为g/a多态，共存在2种基因型，基因型gg是水稻基因组中oshma3-tagsnp-7406920为g的纯合型、基因型aa是水稻基因组中oshma3-tagsnp-7406920为a的纯合型，序列表中序列4的r表示g或a。
[0149]
snp标记tagsnp-7406920引物组为基于kasp技术设计检测snp多态性位点的引物
组(即kasp标记tagsnp-7406920引物组)。kasp引物组由两条上游引物(引物oshma3-tagsnp-7406920-a和引物oshma3-tagsnp-7406920-b)和一条下游引物(引物oshma3-tagsnp-7406920-c)组成，具体序列见如下：
[0150]
oshma3-tagsnp-7406920-a：5
’‑
gaaggtgaccaagttcatgctgacaaggtccggctcgtca-3’(序列17)为5’端带有fam荧光标签序列(下划线部分的碱基)的引物，和oshma3-tagsnp-7406920-c扩增snp位点tagsnp-7406920为a的片段，用酶标仪或荧光定量pcr仪可读取到fam基团的荧光信号；
[0151]
oshma3-tagsnp-7406920-b：5
’‑
gaaggtcggagtcaacggattacaaggtccggctcgtcg-3’(序列18)为5’端带有vic荧光标签序列(下划线部分的碱基)的引物，和oshma3-tagsnp-7406920-c扩增snp位点tagsnp-7406920为g的片段，用酶标仪或荧光定量pcr仪可读取到vic基团的荧光信号。
[0152]
oshma3-tagsnp-7406920-c：5
’‑
tcatcccgtccccgaccatcat-3’(序列19)。
[0153]
osmtp1基因位于水稻第5号染色体第1675397-1679169位，tagsnp-1679325是水稻基因组的一个snp位点，位于水稻第5号染色体上第1679325位核苷酸(序列5的第30位核苷酸)，为g/a多态，共存在2种基因型，基因型aa是水稻基因组中osmtp1-tagsnp-1679325为a的纯合型、基因型gg是水稻基因组中osmtp1-tagsnp-1679325为g的纯合型，序列表中序列5的r表示g或a。
[0154]
snp标记tagsnp-1679325引物组为基于kasp技术设计检测snp多态性位点的引物组(即kasp标记tagsnp-1679325引物组)。kasp引物组由两条上游引物(引物osmtp1-tagsnp-1679325-a和引物osmtp1-tagsnp-1679325-b)和一条下游引物(引物osmtp1-tagsnp-1679325-c)组成，具体序列见如下：
[0155]
osmtp1-tagsnp-1679325-a：5
’‑
gaaggtgaccaagttcatgctcccatatgacaaatttaaaggacttattta-3’(序列20)为5’端带有fam荧光标签序列(下划线部分的碱基)的引物，和osmtp1-tagsnp-1679325-c扩增snp位点tagsnp-1679325为a的片段，用酶标仪或荧光定量pcr仪可读取到fam基团的荧光信号；
[0156]
osmtp1-tagsnp-1679325-b：5
’‑
gaaggtcggagtcaacggattccatatgacaaatttaaaggacttatttg-3’(序列21)为5’端带有vic荧光标签序列(下划线部分的碱基)的引物，和osmtp1-tagsnp-1679325-c扩增snp位点tagsnp-1679325为g的片段，用酶标仪或荧光定量pcr仪可读取到vic基团的荧光信号。
[0157]
osmtp1-tagsnp-1679325-c：5
’‑
ggtccttaaaattttgttcctgggtcatt-3’(序列22)。
[0158]
osnramp1基因位于水稻第7号染色体第8965791-8971843位，tagsnp-8965009是水稻基因组的一个snp位点，位于水稻第7号染色体上第8965009位核苷酸(序列6的第26位核苷酸)，为c/a多态，共存在2种基因型，基因型aa是水稻基因组中osnramp1-tagsnp-8965009为a的纯合型、基因型cc是水稻基因组中osnramp1-tagsnp-8965009为c的纯合型,序列表中序列6的m表示c或a。
[0159]
snp标记tagsnp-8965009引物组为基于kasp技术设计检测snp多态性位点的引物组(即kasp标记tagsnp-8965009引物组)。kasp引物组由两条上游引物(引物osnramp1-tagsnp-8965009-a和引物osnramp1-tagsnp-8965009-b)和一条下游引物(引物osnramp1-tagsnp-8965009-c)组成，具体序列见如下：
[0160]
osnramp1-tagsnp-8965009-a：5
’‑
gaaggtgaccaagttcatgcttttgaagagcgtttatcctatatacc-3’(序列23)为5’端带有fam荧光标签序列(下划线部分的碱基)的引物，和osnramp1-tagsnp-8965009-c扩增snp位点tagsnp-8965009为c的片段，用酶标仪或荧光定量pcr仪可读取到fam基团的荧光信号；
[0161]
osnramp1-tagsnp-8965009-b：5
’‑
gaaggtcggagtcaacggattcttttgaagagcgtttatcctatataca-3’(序列24)为5’端带有vic荧光标签序列(下划线部分的碱基)的引物，和osnramp1-tagsnp-8965009-c扩增snp位点tagsnp-8965009为a的片段，用酶标仪或荧光定量pcr仪可读取到vic基团的荧光信号。
[0162]
osnramp1-tagsnp-8965009-c：5
’‑
gcagagatttcctagtagtggggat-3’(序列25)。
[0163]
osnramp5基因位于水稻第7号染色体第8871208-8879186位，tagsnp-8880395是水稻基因组的一个snp位点，位于水稻第7号染色体上第8880395位核苷酸(序列7的第22位核苷酸)，为c/t多态，共存在2种基因型，基因型cc是水稻基因组中osnramp5-tagsnp-8880395为c的纯合型、基因型tt是水稻基因组中osnramp5-tagsnp-8880395为t的纯合型,序列表中序列7的y表示c或t。
[0164]
snp标记tagsnp-8880395引物组为基于kasp技术设计检测snp多态性位点的引物组(即kasp标记tagsnp-8880395引物组)。kasp引物组由两条上游引物(引物osnramp5-tagsnp-8880395-a和引物osnramp5-tagsnp-8880395-b)和一条下游引物(引物osnramp5-tagsnp-8880395-c)组成，具体序列见如下：
[0165]
osnramp5-tagsnp-8880395-a：5
’‑
gaaggtgaccaagttcatgctgtgtggcgcgctttgttttcct-3’(序列26)为5’端带有fam荧光标签序列(下划线部分的碱基)的引物，和osnramp5-tagsnp-8880395-c扩增snp位点tagsnp-8880395为t的片段，用酶标仪或荧光定量pcr仪可读取到fam基团的荧光信号；
[0166]
osnramp5-tagsnp-8880395-b：5
’‑
gaaggtcggagtcaacggattgtggcgcgctttgttttccc-3’(序列27)为5’端带有vic荧光标签序列(下划线部分的碱基)的引物，和osnramp5-tagsnp-8880395-c扩增snp位点tagsnp-8880395为c的片段，用酶标仪或荧光定量pcr仪可读取到vic基团的荧光信号。
[0167]
osnramp5-tagsnp-8880395-c：5
’‑
ccaaagaagtgctatagcgatgtgattat-3’(序列28)。
[0168]
表3、7个基因位置信息及其snp位点
[0169][0170]
将实施例1中获得的snp分子标记tagsnp-14208267与上述6个基因的snp分子标记
进行联合单倍型分析，结果表明：tagsnp-14208267与上述6个snp分子标记共存在3种联合单倍型：
[0171]
1)联合单倍型multi-hap1是水稻基因组中所述7个snp分子标记为(oscd1-oshma2-oshma3-osmtp1-osnramp1-osnramp5-lcd7)gg-gg-gg-aa-aa-cc-cc的联合单倍型。即联合单倍型multi-hap1的基因型ggggggaaaacccc，为oscd1-tagsnp-840593的基因型为gg，且oshma2-tagsnp-29481835的基因型为gg，且oshma3-tagsnp-7406920的基因型为gg，且osmtp1-tagsnp-1679325的基因型为aa，且osnramp1-tagsnp-8965009的基因型为aa，且osnramp5-tagsnp-8880395的基因型为cc，且tagsnp-14208267的基因型为cc的7个snp的组合基因型。
[0172]
2)联合单倍型multi-hap2是水稻基因组中所述7个snp分子标记为(oscd1-oshma2-oshma3-osmtp1-osnramp1-osnramp5-lcd7)gg-gg-aa-gg-cc-tt-aa的联合单倍型。即联合单倍型multi-hap2的基因型ggggaaggccttaa，为oscd1-tagsnp-840593的基因型为gg，且oshma2-tagsnp-29481835的基因型为gg，且oshma3-tagsnp-7406920的基因型为aa，且osmtp1-tagsnp-1679325的基因型为gg，且osnramp1-tagsnp-8965009的基因型为cc，且osnramp5-tagsnp-8880395的基因型为tt，且tagsnp-14208267的基因型为aa的7个snp的组合基因型。
[0173]
3)联合单倍型multi-hap3是水稻基因组中所述7个snp分子标记为(oscd1-oshma2-oshma3-osmtp1-osnramp1-osnramp5-lcd7)aa-aa-aa-gg-cc-tt-aa的联合单倍型。即联合单倍型multi-hap3的基因型aaaaaaggccttaa，为oscd1-tagsnp-840593的基因型为aa，且oshma2-tagsnp-29481835的基因型为aa，且oshma3-tagsnp-7406920的基因型为aa，且osmtp1-tagsnp-1679325的基因型为gg，且osnramp1-tagsnp-8965009的基因型为cc，且osnramp5-tagsnp-8880395的基因型为tt，且tagsnp-14208267的基因型为aa的7个snp的组合基因型。
[0174]
按照实施例1中步骤4的方法进行水稻籽粒镉含量的测定，结果如下：365个水稻品种的联合单倍型镉含量如表4所示，联合单倍型multi-hap1的水稻籽粒镉含量均值0.52mg/kg、联合单倍型multi-hap2的水稻籽粒镉含量均值为0.45mg/kg、联合单倍型multi-hap3的水稻籽粒镉含量均值为0.15mg/kg。其中multi-hap3的水稻籽粒镉含量显著低于multi-hap1和multi-hap2，60个multi-hap3水稻品种中，有45个水稻品种的水稻籽粒镉含量低于0.2mg/kg,占比75％，说明multi-hap3为低镉联合单倍型，可以用于水稻籽粒镉积累的早期预测和筛选，用于水稻分子标记辅助选择育种及低镉水稻的选育。在选育低镉含量水稻的育种中，最好选择联合单倍型为multi-hap3，基因型为oscd1-tagsnp-840593的基因型为aa，且oshma2-tagsnp-29481835的基因型为aa，且oshma3-tagsnp-7406920的基因型为aa，且osmtp1-tagsnp-1679325的基因型为gg，且osnramp1-tagsnp-8965009的基因型为cc，且osnramp5-tagsnp-8880395的基因型为tt，且tagsnp-14208267的基因型为aa的7个snp的组合基因型的水稻作为亲本进行育种。
[0175]
表4、3种联合单倍型的水稻籽粒镉含量
[0176]
[0177]
[0178]
[0179]
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表5、按联合单倍型统计的365个水稻品种的水稻籽粒镉含量
[0188][0189]
另外，与tagsnp-14208267的基因型为aa水稻品种相比，multi-hap3水稻品种籽粒镉含量的平均值为0.15mg/kg，显著低于tagsnp-14208267为aa的水稻品种(0.19mg/kg)，说明multi-hap3低镉联合单倍型是进行鉴定或辅助鉴定水稻籽粒镉含量以及低镉水稻选育更为精准高效的方式。
[0190]
以上对本发明进行了详述。对于本领域技术人员来说，在不脱离本发明的宗旨和范围，以及无需进行不必要的实验情况下，可在等同参数、浓度和条件下，在较宽范围内实施本发明。虽然本发明给出了特殊的实施例，应该理解为，可以对本发明作进一步的改进。总之，按本发明的原理，本技术欲包括任何变更、用途或对本发明的改进，包括脱离了本技术中已公开范围，而用本领域已知的常规技术进行的改变。

技术特征：
1.应用，其特征在于：所述应用为p1、p2或p3，所述p1为检测tagsnp-14208267的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定水稻镉含量中的应用，所述tagsnp-14208267是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列1的第19位核苷酸，其为a或c；所述p2为检测tagsnp-14208267和6个snp的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定水稻镉含量中的应用，所述6个snp分别为oscd1-tagsnp-840593、oshma2-tagsnp-29481835、oshma3-tagsnp-7406920、osmtp1-tagsnp-1679325、osnramp1-tagsnp-8965009和osnramp5-tagsnp-8880395：所述oscd1-tagsnp-840593是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列2的第24位核苷酸，其为g或a；所述oshma2-tagsnp-29481835是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列3的第25位核苷酸，其为g或a；所述oshma3-tagsnp-7406920是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列4的第19位核苷酸，其为g或a；所述osmtp1-tagsnp-1679325是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列5的第30位核苷酸，其为g或a；所述osnramp1-tagsnp-8965009是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列6的第26位核苷酸，其为c或a；所述osnramp5-tagsnp-8880395是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列7的第22位核苷酸，其为c或t；所述p3为检测联合单倍型的物质在鉴定或辅助鉴定水稻镉含量中的应用，所述联合单倍型是水稻染色体上所述oscd1-tagsnp-840593、所述oshma2-tagsnp-29481835、所述oshma3-tagsnp-7406920、所述osmtp1-tagsnp-1679325、所述osnramp1-tagsnp-8965009、所述osnramp5-tagsnp-8880395和所述tagsnp-14208267这7个snp的多态性组合。2.应用，其特征在于：所述应用为q1、q2或q3，所述q1为检测tagsnp-14208267的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定水稻镉含量的产品中的应用，所述tagsnp-14208267是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列1的第19位核苷酸，其为a或c；所述q2为检测tagsnp-14208267和其他6个snp的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定水稻镉含量产品中的应用，所述6个snp分别为oscd1-tagsnp-840593、oshma2-tagsnp-29481835、oshma3-tagsnp-7406920、osmtp1-tagsnp-1679325、osnramp1-tagsnp-8965009和osnramp5-tagsnp-8880395，所述oscd1-tagsnp-840593是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列2的第24位核苷酸，其为g或a；所述oshma2-tagsnp-29481835是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列3的第25位核苷酸，其为g或a；所述oshma3-tagsnp-7406920是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列4的第19位核苷酸，其为g或a；所述osmtp1-tagsnp-1679325是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列5的第30位核
苷酸，其为g或a；所述osnramp1-tagsnp-8965009是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列6的第26位核苷酸，其为c或a；所述osnramp5-tagsnp-8880395是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列7的第22位核苷酸，其为c或t；所述q3为检测联合单倍型的物质在制备鉴定或辅助鉴定水稻镉含量产品中的应用，所述联合单倍型是水稻染色体上所述oscd1-tagsnp-840593、所述oshma2-tagsnp-29481835、所述oshma3-tagsnp-7406920、所述osmtp1-tagsnp-1679325、所述osnramp1-tagsnp-8965009、所述osnramp5-tagsnp-8880395和所述tagsnp-14208267这7个snp的多态性组合。3.应用，其特征在于：所述应用为e1、e2或e3，所述e1为检测tagsnp-14208267的多态性或基因型的物质在水稻育种或制备水稻育种产品中的应用，所述tagsnp-14208267是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列1的第19位核苷酸，其为a或c；所述e2为检测tagsnp-14208267和其他6个snp的多态性或基因型的物质在水稻育种或制备水稻育种产品中的应用，所述6个snp分别为oscd1-tagsnp-840593、oshma2-tagsnp-29481835、oshma3-tagsnp-7406920、osmtp1-tagsnp-1679325、osnramp1-tagsnp-8965009和osnramp5-tagsnp-8880395，所述oscd1-tagsnp-840593是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列2的第24位核苷酸，其为g或a；所述oshma2-tagsnp-29481835是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列3的第25位核苷酸，其为g或a；所述oshma3-tagsnp-7406920是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列4的第19位核苷酸，其为g或a；所述osmtp1-tagsnp-1679325是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列5的第30位核苷酸，其为g或a；所述osnramp1-tagsnp-8965009是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列6的第26位核苷酸，其为c或a；所述osnramp5-tagsnp-8880395是水稻基因组的一个snp，为序列表中序列7的第22位核苷酸，其为c或t；所述e3为检测联合单倍型的物质在水稻育种或制备水稻育种产品中的应用，所述联合单倍型是水稻染色体上所述oscd1-tagsnp-840593、所述oshma2-tagsnp-29481835、所述oshma3-tagsnp-7406920、所述osmtp1-tagsnp-1679325、所述osnramp1-tagsnp-8965009、所述osnramp5-tagsnp-8880395和所述tagsnp-14208267这7个snp的多态性组合。4.产品，其特征在于：所述产品有权利要求1中所述检测水稻基因组tagsnp-14208267多态性或基因型的产品或含有权利要求1中所述检测水稻基因组所述oscd1-tagsnp-840593、所述oshma2-tagsnp-29481835、所述oshma3-tagsnp-7406920、所述osmtp1-tagsnp-1679325、所述osnramp1-tagsnp-8965009、所述osnramp5-tagsnp-8880395和所述tagsnp-14208267这7个snp的多态性或基因型的物质的产品或含有权利要求1中所述检测联合单倍型的物质的产品，且可为下述g1)-g3)中的任一种：
g1)检测水稻镉含量相关的单核苷酸多态性或基因型的产品；g2)鉴定或辅助鉴定水稻镉含量的产品；g3)用于水稻育种的产品。5.鉴定或辅助鉴定水稻镉含量的方法，所述方法包括方法a、方法b:方法a:检测待测水稻中权利要求1中所述检测水稻基因组tagsnp-14208267多态性或基因型，根据所述待测水稻的基因型鉴定或辅助鉴定水稻镉含量：所述tagsnp-14208267的基因型为aa的水稻的镉含量低于或候选低于所述tagsnp-14208267的基因型为cc的水稻，所述aa是tagsnp-14208267为a的纯合型；所述cc是tagsnp-14208267为c的纯合型；方法b:检测待测水稻中权利要求1中所述检测水稻基因组所述oscd1-tagsnp-840593、所述oshma2-tagsnp-29481835、所述oshma3-tagsnp-7406920、所述osmtp1-tagsnp-1679325、所述osnramp1-tagsnp-8965009、所述osnramp5-tagsnp-8880395和所述tagsnp-14208267这7个snp的多态性或基因型，根据所述待测水稻的基因型鉴定或辅助鉴定水稻镉含量：所述7个snp的基因型为基因型aaaaaaggccttaa的水稻的籽粒镉含量低于或候选低于所述7个snp的基因型为基因型ggggggaaaacccc或基因型ggggaaggccttaa的水稻，所述基因型aaaaaaggccttaa的水稻为oscd1-tagsnp-840593的基因型为aa，且oshma2-tagsnp-29481835的基因型为aa，且oshma3-tagsnp-7406920的基因型为aa，且osmtp1-tagsnp-1679325的基因型为gg，且osnramp1-tagsnp-8965009的基因型为cc，且osnramp5-tagsnp-8880395的基因型为tt，且tagsnp-14208267的基因型为aa的7个snp的组合基因型；所述基因型ggggggaaaacccc的水稻为oscd1-tagsnp-840593的基因型为gg，且oshma2-tagsnp-29481835的基因型为gg，且oshma3-tagsnp-7406920的基因型为gg，且osmtp1-tagsnp-1679325的基因型为aa，且osnramp1-tagsnp-8965009的基因型为aa，且osnramp5-tagsnp-8880395的基因型为cc，且tagsnp-14208267的基因型为cc的7个snp的组合基因型；所述基因型ggggaaggccttaa的水稻为oscd1-tagsnp-840593的基因型为gg，且oshma2-tagsnp-29481835的基因型为gg，且oshma3-tagsnp-7406920的基因型为aa，且osmtp1-tagsnp-1679325的基因型为gg，且osnramp1-tagsnp-8965009的基因型为cc，且osnramp5-tagsnp-8880395的基因型为tt，且tagsnp-14208267的基因型为aa的7个snp的组合基因型。6.权利要求5所述的方法在水稻育种中的应用。7.水稻育种的方法，所述方法包括方法a、方法b:方法a:检测待测水稻中权利要求1中所述检测水稻基因组tagsnp-14208267多态性或基因型，选择tagsnp-14208267的基因型为aa的纯合型水稻作为亲本育种；方法b:检测待测水稻中权利要求1中所述检测水稻基因组所述oscd1-tagsnp-840593、oshma2-tagsnp-29481835、所述oshma3-tagsnp-7406920、所述osmtp1-tagsnp-1679325、所述osnramp1-tagsnp-8965009、所述osnramp5-tagsnp-8880395和所述tagsnp-14208267这7个snp的多态性或基因型，选择所述7个snp的基因型为基因型aaaaaaggccttaa的水稻作为亲本进行育种，所述基因型aaaaaaggccttaa的水稻为oscd1-tagsnp-840593的基因型为aa，且oshma2-tagsnp-29481835的基因型为aa，且oshma3-tagsnp-7406920的基因型为aa，且osmtp1-tagsnp-1679325的基因型为gg，且osnramp1-tagsnp-8965009的基因型为cc，且osnramp5-tagsnp-8880395的基因型为tt，且tagsnp-14208267的基因型为aa的7个snp的组合基因型。
8.根据权利要求1-3任一所述的应用、权利要求4所述的产品或权利要求5所述的方法，其特征在于：所述水稻育种的目的包括培育低镉含量水稻或选育镉含量低的水稻品种。9.权利要求1-3或6任一权利要求所述的应用、权利要求4所述的产品、权利要求5所述的方法，其特征在于：所述物质为如下d1)、d2)、d3)或d4)：d1)含有扩增包括权利要求1中所述tagsnp-14208267在内的水稻基因组dna片段的pcr引物；d2)含有扩增包括权利要求1中所述oscd1-tagsnp-840593、所述oshma2-tagsnp-29481835、所述oshma3-tagsnp-7406920、所述osmtp1-tagsnp-1679325、所述osnramp1-tagsnp-8965009、所述osnramp5-tagsnp-8880395和所述tagsnp-14208267在内的水稻基因组dna片段的pcr引物；d3)含有d1)或d2)所述pcr引物的pcr试剂；d4)含有d1)或d2)所述pcr引物或d3)所述pcr试剂的试剂盒。10.根据权利要求9所述的应用或产品或方法，其特征在于：所述pcr引物含有述tagsnp-14208267引物组或7引物组，1)所述tagsnp-14208267引物组由tagsnp-14208267-a和tagsnp-14208267-b和tagsnp-14208267-c组成；引物tagsnp-14208267-a为核苷酸序列是序列表中序列8的单链dna分子或核苷酸序列是序列表中序列8的第22-40位的单链dna；引物tagsnp-14208267-b为核苷酸序列是序列表中序列9的单链dna分子或核苷酸序列是序列表中序列9的第22-39位的单链dna；引物tagsnp-14208267-c为核苷酸序列是序列表中序列10的单链dna分子；2)所述7引物组由所述tagsnp-14208267引物组、所述oscd1-tagsnp-840593引物组、所述oshma2-tagsnp-29481835引物组、所述oshma3-tagsnp-7406920引物组、所述osmtp1-tagsnp-1679325引物组、所述osnramp1-tagsnp-8965009引物组和所述osnramp5-tagsnp-8880395引物组构成，所述oscd1-tagsnp-840593引物组由引物oscd1-tagsnp-840593-a、oscd1-tagsnp-840593-a和oscd1-tagsnp-840593-c组成；引物oscd1-tagsnp-840593-a为核苷酸序列是序列表中序列11的单链dna分子或核苷酸序列是序列表中序列11的第22-44位的单链dna；引物oscd1-tagsnp-840593-b为核苷酸序列是序列表中序列12的单链dna分子或核苷酸序列是序列表中序列12的第22-45位的单链dna；引物oscd1-tagsnp-840593-c为核苷酸序列是序列表中序列13的单链dna分子；所述oshma2-tagsnp-29481835引物组由引物oshma2-tagsnp-29481835-a、oshma2-tagsnp-29481835-a和oshma2-tagsnp-29481835-c组成；引物oshma2-tagsnp-29481835-a为核苷酸序列是序列表中序列14的单链dna分子或核苷酸序列是序列表中序列14的第22-46位的单链dna；引物oshma2-tagsnp-29481835-b为核苷酸序列是序列表中序列15的单链dna分子或核苷酸序列是序列表中序列15的第22-48位的单链dna；引物oshma2-tagsnp-29481835-c为核苷酸序列是序列表中序列16的单链dna分子；
所述oshma3-tagsnp-7406920引物组由引物oshma3-tagsnp-7406920-a、oshma3-tagsnp-7406920-a和oshma3-tagsnp-7406920-c组成；引物oshma3-tagsnp-7406920-a为核苷酸序列是序列表中序列17的单链dna分子或核苷酸序列是序列表中序列17的第22-40位的单链dna；引物oshma3-tagsnp-7406920-b为核苷酸序列是序列表中序列18的单链dna分子或核苷酸序列是序列表中序列18的第22-39位的单链dna；引物oshma3-tagsnp-7406920-c为核苷酸序列是序列表中序列19的单链dna分子；所述osmtp1-tagsnp-1679325引物组由引物osmtp1-tagsnp-1679325-a、osmtp1-tagsnp-1679325-a和osmtp1-tagsnp-1679325-c组成；引物osmtp1-tagsnp-1679325-a为核苷酸序列是序列表中序列20的单链dna分子或核苷酸序列是序列表中序列20的第22-51位的单链dna；引物osmtp1-tagsnp-1679325-b为核苷酸序列是序列表中序列21的单链dna分子或核苷酸序列是序列表中序列21的第22-50位的单链dna；引物osmtp1-tagsnp-1679325-c为核苷酸序列是序列表中序列22的单链dna分子；所述osnramp1-tagsnp-8965009引物组由引物osnramp1-tagsnp-8965009-a、osnramp1-tagsnp-8965009-a和osnramp1-tagsnp-8965009-c组成；引物osnramp1-tagsnp-8965009-a为核苷酸序列是序列表中序列23的单链dna分子或核苷酸序列是序列表中序列23的第22-47位的单链dna；引物osnramp1-tagsnp-8965009-b为核苷酸序列是序列表中序列24的单链dna分子或核苷酸序列是序列表中序列24的第22-49位的单链dna；引物osnramp1-tagsnp-8965009-c为核苷酸序列是序列表中序列25的单链dna分子；所述osnramp5-tagsnp-8880395引物组由引物osnramp5-tagsnp-8880395-a、osnramp5-tagsnp-8880395-a和osnramp5-tagsnp-8880395-c组成；引物osnramp5-tagsnp-8880395-a为核苷酸序列是序列表中序列26的单链dna分子或核苷酸序列是序列表中序列26的第22-43位的单链dna；引物osnramp5-tagsnp-8880395-b为核苷酸序列是序列表中序列27的单链dna分子或核苷酸序列是序列表中序列27的第22-41位的单链dna；引物osnramp5-tagsnp-8880395-c为核苷酸序列是序列表中序列28的单链dna分子。

技术总结
本发明公开了水稻籽粒镉含量相关基因LCd7的联合单倍型分子标记及其应用。本发明属于生物技术领域，具体涉及水稻籽粒镉含量相关基因LCd7的联合单倍型分子标记及其应用。通过检测水稻TagSNP-14208267或/和6个SNP的多态性或基因型的物质来鉴定或辅助鉴定水稻镉含量，TagSNP-14208267的基因型为AA的水稻的镉含量低于基因型为CC的水稻，低镉联合单倍型Multi-HAP3的水稻籽粒镉含量显著低于Multi-HAP1和Multi-HAP2，说明TagSNP-14208267和联合单倍型Multi-HAP3可以用于水稻籽粒镉积累的早期预测和筛选，用于水稻育种及低镉水稻的选育。选育。


技术研发人员：何振艳 闫慧莉 许文秀
受保护的技术使用者：中国科学院植物研究所
技术研发日：2023.05.17
技术公布日：2023/8/21