HPV检测引物组、试剂盒及其应用的制作方法
未命名
09-22
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hpv检测引物组、试剂盒及其应用
技术领域
1.本发明涉及hpv病毒检测技术领域,尤其涉及hpv检测引物组、试剂盒及其应用。
背景技术:
2.宫颈癌(cevical cancer,cc)是女性最常见的癌症之一,而人乳头瘤病毒(human papillomavirus,hpv)的持续感染是宫颈癌的主要危险因素之一。hpv是一种无包膜双链环状dna病毒,属于乳头瘤病毒科,有核心单拷贝的病毒基因组dna及病毒蛋白衣壳构成。目前发现的hpv约有200种型别,分为高危型和低危型,其中高危型hpv(high-risk hpv,hr-hpv)感染被认为是宫颈癌发病机制中最主要的因素。全世界传播的hr-hpv包括hpv16、18、26、31、33、35、39、45、51、52、53、56、58、59、66、68、70、73、82。
3.宫颈癌发病率和致死率较高,究其原因,是宫颈癌隐匿性较高,其通常在晚期才被发现,据统计全世界仍有近50%的患者诊断为局部晚期,但宫颈癌预防性筛查在发展中国家并未普及,造成宫颈癌发病率和致死率居高不下。who于2021年发布的宫颈癌筛查指南推荐hpv-dna检测作为宫颈癌筛查的首选筛查方法。因此,发展基于hpv-dna的宫颈癌快捷筛查方法,特别是针对hr-hpv的识别,将宫颈病变的高危人群筛查出来,有助于个性化早筛早诊,对于提示宫颈癌风险,从而降低宫颈癌发病率和致死率具有重要意义。
4.传统的hpv的检测手段,如细胞学检测和镜检,存在场所(专业实验室)和人员(专业检测人员)的限制,且检测所需时间较长,不利于hpv筛查的推广。
5.现有技术中针对hpv的检测主要使用荧光定量pcr技术,其依赖于特定荧光仪器和专业人员的操作,不利于检测的推广和便捷化。并且现有产品存在灵敏度和特异性不高的问题,如专利cn112575123a,其检测灵敏度约1.25e+05 copies/ml,也可能会受其他病原体的干扰,在实际中可能导致出现漏检或假阳性现象。因此,hpv病毒检测的准确程度还需改进;另外,中国专利cn114107560a公开了一种使用lamp技术进行hpv检测的引物组合及试剂盒,但其分别使用荧光法和染色体显色法进行检测,仍存在仪器要求高(荧光法)、在低浓度下判读困难及易出现假阴性(染色体显色法)的缺陷。
技术实现要素:
6.本发明的目的在于提供hpv检测引物组,利用该引物组可对hpv进行检测,且灵敏度高;同时,本发明提供了含有该引物组的试剂盒,使用该试剂盒可实现对hpv的居家检测。
7.为了实现上述发明目的,本发明提供以下技术方案:本发明提供了hpv检测引物组,所述hpv检测引物组包括如下引物:核苷酸序列如seq id no.1所示的引物hpv16 f3;核苷酸序列如seq id no.2所示的引物hpv16 fip;核苷酸序列如seq id no.3所示的引物hpv16 lf;核苷酸序列如seq id no.4所示的引物hpv16 bip;核苷酸序列如seq id no.5所示的引物hpv16 lb;
核苷酸序列如seq id no.6所示的引物hpv16 b3;和/或,所述hpv检测引物组包括如下引物:核苷酸序列如seq id no.7所示的引物hpv18 f3;核苷酸序列如seq id no.8所示的引物hpv18 fip;核苷酸序列如seq id no.9所示的引物hpv18 lf;核苷酸序列如seq id no.10所示的引物hpv18 bip;核苷酸序列如seq id no.11所示的引物hpv18 lb;核苷酸序列如seq id no.12所示的引物hpv18 b3;和/或,所述hpv检测引物组包括如下引物:核苷酸序列如seq id no.13所示的引物hpv33 f3;核苷酸序列如seq id no.14所示的引物hpv33 fip;核苷酸序列如seq id no.15所示的引物hpv33 lf;核苷酸序列如seq id no.16所示的引物hpv33 bip;核苷酸序列如seq id no.17所示的引物hpv33 b3;和/或,所述hpv检测引物组包括如下引物:核苷酸序列如seq id no.18所示的引物hpv52 f3;核苷酸序列如seq id no.19所示的引物hpv52 fip;核苷酸序列如seq id no.20所示的引物hpv52 bip;核苷酸序列如seq id no.21所示的引物hpv52 lb;核苷酸序列如seq id no.22所示的引物hpv52 b3;和/或,所述hpv检测引物组包括如下引物:核苷酸序列如seq id no.23所示的引物hpv58 f3;核苷酸序列如seq id no.24所示的引物hpv58 fip;核苷酸序列如seq id no.25所示的引物hpv58 bip;核苷酸序列如seq id no.26所示的引物hpv58 lb;核苷酸序列如seq id no.27所示的引物hpv58 b3;和/或,所述hpv检测引物组包括如下引物:具有seq id no.1~27任意所示的核苷酸序列经删除或增加一个或几个核苷酸,得到与所述核苷酸序列具有相同功能的核苷酸序列的衍生引物;和/或,所述hpv检测引物组包括如下引物:具有seq id no.1~27任意所示的核苷酸序列经核苷酸取代或修饰,得到与所述核苷酸序列具有相同功能的核苷酸序列的衍生引物;和/或,所述hpv检测引物组包括如下引物:与seq id no.1~27任意所示的核苷酸序列具有80%以上同源性或与与seq id no.1~27任意所示的核苷酸序列功能相似的衍生引物;和/或,所述hpv检测引物组包括如下引物:与seq id no.1~27任意所示的核苷酸序列互补的引物。
8.优选的,所述hpv16 bip引物的5’端标记有荧光基团;所述hpv16 lf引物的5’端标记有生物素;
所述hpv18 fip引物的5’端标记有荧光基团;所述hpv18 lf引物的5’端标记有生物素;所述引物hpv33 lf的5’端标记有荧光基团;所述引物hpv33 bip的5’端标记有生物素;所述引物hpv52 bip的5’端标记有荧光基团;所述引物hpv52 lb的5’端标记有生物素;所述引物hpv58 bip的5’端标记有荧光基团;所述引物hpv58 lb的5’端标记有生物素。
9.优选的,所述荧光基团为fam或fitc。
10.本发明还提供了上述hpv检测引物组在制备检测试剂盒中的应用。
11.优选的,所述hpv的分型包括hpv16、hpv18、hpv33、hpv52和hpv58中的一种或几种。
12.本发明还提供了一种检测hpv的试剂盒,包括上述hpv检测引物组和检测试剂。
13.优选的,所述试剂盒中引物hpv16 fip、引物hpv16 bip、引物hpv18 fip、引物hpv18 bip、引物hpv33 fip、引物hpv33 bip、引物hpv52 fip、引物hpv52 bip、引物hpv58 fip或引物hpv58 bip的终浓度独立的为1.6~2.4μmol/l。
14.优选的,所述检测试剂包括等温扩增缓冲液、dntp和bst dna聚合酶。
15.优选的,所述等温扩增缓冲液包括tris-hcl、(nh4)2so4、kcl、mgso4和tween-20。
16.优选的,所述试剂盒还包括胶体金免疫层析试纸条,所述胶体金免疫层析试纸条包括底板、样品垫、判读区和吸水垫;所述样品垫、判读区和吸水垫设置于底板上;所述判读区上设置检测线和质控线;所述检测线中包被有fam抗体,fam抗体的浓度为0.05~0.15mg/ml;所述质控线中包被有biotin-bsa溶液,所述biotin-bsa溶液的浓度为1.5~3mg/ml。
17.本发明的技术效果和优点:1、本发明组合灵敏度高,检测限低至500 copies/ml,有助于hpv16、hpv18、hpv33、hpv52、hpv58病毒感染的早筛早诊,便于及时进行干预治疗和控制病情;2、本发明组合使用恒温扩增-核酸胶体金层析法,可在35min内完成检测反应,结果判断简便;3、本发明组合使用恒温扩增-核酸胶体金层析法,仪器设备要求低,适用于基层医疗单位,具有发展为居家自测的潜力,同时保持了检测的低成本化,有助于宫颈癌的早筛早诊。
18.4、lamp技术在配合相应的样本核酸释放剂时,可适用于居家自测,在降低检测费用的同时也有效提高了检测的便利性,对于hpv的早筛早诊、降低宫颈癌的发病率和致死率具有重要意义。
附图说明
19.图1为hpv16检测试剂盒的一致性测试结果;图2为hpv18检测试剂盒的一致性测试结果;图3为hpv33检测试剂盒的一致性测试结果;
图4为hpv52检测试剂盒的一致性测试结果;图5为hpv58检测试剂盒的一致性测试结果;图6为hpv16检测试剂盒的特异性测试结果;图7为hpv18检测试剂盒的特异性测试结果;图8为hpv33检测试剂盒的特异性测试结果;图9为hpv52检测试剂盒的特异性测试结果;图10为hpv58检测试剂盒的特异性测试结果。
具体实施方式
20.本发明提供了hpv检测引物组,所述hpv检测引物组包括如下引物:核苷酸序列如seq id no.1所示的引物hpv16 f3;核苷酸序列如seq id no.2所示的引物hpv16 fip;核苷酸序列如seq id no.3所示的引物hpv16 lf;核苷酸序列如seq id no.4所示的引物hpv16 bip;核苷酸序列如seq id no.5所示的引物hpv16 lb;核苷酸序列如seq id no.6所示的引物hpv16 b3,所述引物组的靶标为l2基因cds区域的第138-353位核酸序列;和/或,所述hpv检测引物组包括如下引物:核苷酸序列如seq id no.7所示的引物hpv18 f3;核苷酸序列如seq id no.8所示的引物hpv18 fip;核苷酸序列如seq id no.9所示的引物hpv18 lf;核苷酸序列如seq id no.10所示的引物hpv18 bip;核苷酸序列如seq id no.11所示的引物hpv18 lb;核苷酸序列如seq id no.12所示的引物hpv18 b3,所述引物组的靶标为l1基因cds区域的第568-769位核酸序列;和/或,所述hpv检测引物组包括如下引物:核苷酸序列如seq id no.13所示的引物hpv33 f3;核苷酸序列如seq id no.14所示的引物hpv33 fip;核苷酸序列如seq id no.15所示的引物hpv33 lf;核苷酸序列如seq id no.16所示的引物hpv33 bip;核苷酸序列如seq id no.17所示的引物hpv33 b3,所述引物组的靶标为l2基因上cds区域中第441-634位核酸序列;和/或,所述hpv检测引物组包括如下引物:核苷酸序列如seq id no.18所示的引物hpv52 f3;核苷酸序列如seq id no.19所示的引物hpv52 fip;核苷酸序列如seq id no.20所示的引物hpv52 bip;核苷酸序列如seq id no.21所示的引物hpv52 lb;核苷酸序列如seq id no.22所示的引物hpv52 b3,所述引物组的靶标为l2基因上cds区域中第252-462位核酸序列;和/或,所述hpv检测引物组包括如下引物:核苷酸序列如seq id no.23所示的引物hpv58 f3;核苷酸序列如seq id no.24所示的引物hpv58 fip;核苷酸序列如seq id no.25所示的引物hpv58 bip;核苷酸序列如seq id no.26所示的引物hpv58 lb;核苷酸序列如seq id no.27所示的引物hpv58 b3,所述引物组的靶标为l2基因上cds区域中第1058-1268位核酸序列;和/或,所述hpv检测引物组包括如下引物:具有seq id no.1~27任意所示的核苷酸序列经删除或增加一个或几个核苷酸,得到与所述核苷酸序列具有相同功能的核苷酸序列的衍生引物;
和/或,所述hpv检测引物组包括如下引物:具有seq id no.1~27任意所示的核苷酸序列经核苷酸取代或修饰,得到与所述核苷酸序列具有相同功能的核苷酸序列的衍生引物;和/或,所述hpv检测引物组包括如下引物:与seq id no.1~27任意所示的核苷酸序列具有80%以上同源性或与与seq id no.1~27任意所示的核苷酸序列功能相似的衍生引物;和/或,所述hpv检测引物组包括如下引物:与seq id no.1~27任意所示的核苷酸序列互补的引物。
21.所述hpv16 bip引物的5’端优选标记有荧光基团;所述hpv16 lf引物的5’端优选标记有生物素;所述hpv18 fip引物的5’端优选标记有荧光基团;所述hpv18 lf引物的5’端优选标记有生物素;所述引物hpv33 lf的5’端优选标记有荧光基团;所述引物hpv33 bip的5’端优选标记有生物素;所述引物hpv52 bip的5’端优选标记有荧光基团;所述引物hpv52 lb的5’端优选标记有生物素;所述引物hpv58 bip的5’端优选标记有荧光基团;所述引物hpv58 lb的5’端优选标记有生物素;所述荧光基团优选为fam或fitc。
22.本发明还提供了上述hpv检测引物组在制备检测试剂盒中的应用,所述hpv的分型优选包括hpv16、hpv18、hpv33、hpv52和/或hpv58。
23.本发明还提供了一种检测hpv的试剂盒,包括上述hpv检测引物组和检测试剂,所述试剂盒中引物hpv16 fip、引物hpv16 bip、引物hpv18 fip、引物hpv18 bip、引物hpv33 fip、引物hpv33 bip、引物hpv52 fip、引物hpv52 bip、引物hpv58 fip或引物hpv58 bip的终浓度独立的优选为1.6~2.4μmol/l。
24.在本发明中,所述检测试剂优选包括等温扩增缓冲液、dntp和bst dna聚合酶,所述等温扩增缓冲液优选包括tris-hcl、(nh4)2so4、kcl、mgso4和tween-20,所述试剂盒中tris-hcl的浓度优选为15~18mmol/l,进一步优选为16~17mmol/l;所述试剂盒中(nh4)2so4的终浓度优选为7~9mmol/l,进一步优选为7.5~8.5mmol/l,所述试剂盒中kcl的终浓度优选为11~13mmol/l,进一步优选为11.5~12.5mmol/l,所述试剂盒中mgso4的终浓度优选为1~3mmol/l,进一步优选为1.5~2.5mmol/l,所述试剂盒中tween-20的终浓度优选为0.06~0.1%,进一步优选为0.07~0.09%,所述试剂盒中dntp的终浓度优选为0.55~0.65mmol/l,进一步优选为0.58~0.62mmol/l,所述试剂盒中bst dna聚合酶的终酶活优选为0.2~0.3u,进一步优选为0.24~0.28u。
25.在本发明中,所述试剂盒的使用方法优选包括以下步骤:
①
采用基因组dna提取试剂盒提取待测样品的dna;
②
试剂配置:取1.5ml离心管(dnase/rnase-free,灭菌)配制反应体系,将等温扩增pcr反应液和引物混合液加入后,涡旋振荡10秒,离心待用,20μl/管分装至pcr反应管中(无菌和dnase/rnase-free);
③
加样:将提取的核酸转移10μl到每个pcr反应管中,盖紧管盖、离心、转移至pcr检测区;
④
pcr扩增:将pcr反应管放入等温扩增的样品槽中,60℃反应30min,得到样本扩增产物,测定样本扩增产物是否含有hpv16病毒l2基因cds区域的第138-353位核酸序列、hpv18病毒l1基因cds区域的第568-769位核酸序列、hpv33病毒l2基因上cds区域中第441-634位核酸序列、hpv52病毒l2基因上cds区域中第252-462位核酸序列或hpv58病毒l2基因上cds区域中第1058-1268位核酸序列,即可得知样品中是否含有hpv病毒。
26.在本发明中,所述试剂盒还优选包括胶体金免疫层析试纸条,所述胶体金免疫层析试纸条优选包括底板、样品垫、判读区和吸水垫;所述样品垫、判读区和吸水垫设置于底板上;所述判读区上设置检测线(t线)和质控线(c线),所述检测线中包被有fam抗体,fam抗体的浓度优选为0.05~0.15mg/ml,所述fam抗体优选为兔抗;所述质控线中包被有biotin-bsa溶液,所述biotin-bsa溶液的浓度为1.5~3mg/ml。
27.在本发明中,所述胶体金免疫层析试纸条的使用方法优选包括以下步骤:使用移液器取20μl样本扩增产物至试纸条样本垫区域中,再加入80~120μl层析缓冲液,2~3min内读取结果,判断试纸条检测结果的标准如下:c线出现红色线,同时t线出现红色线,说明被检样品为阳性;c线出现红色线,同时t线没有出现红色线,说明被检样品为阴性;c线没有出现红色线,说明试纸条失效。
28.在本发明中,所述胶体金免疫层析试纸条的检测原理为:判读区内结合垫上喷涂有链霉亲和素标记的示踪标志物,示踪标志物为包括胶体金、乳胶微球、荧光微球在内的纳米颗粒,硝酸纤维素膜上c线包被biotin-bsa,t线包被兔抗fam抗体;同时带有fitc/fam和生物素标记的双链扩增产物流经试纸条时,可以被胶体金标记抗体和硝酸纤维素膜上特定的抗体识别和捕获,在相应的t线区(检测线)形成红色条带,而未结合的胶体金标记抗体随缓冲液层析至c线(质控线)区,被膜上固定的特定抗原识别和捕获,形成红色条带,从而完成对试纸条的质控。
29.本试剂盒还配置有常规的dna提取试剂盒、层析缓冲液及备用的一次性移液管和反应管各五支以上。
30.上述环介导等温扩增反应液,引物混合液和层析缓冲液各放置在独立的反应管中无菌密封。
31.下面结合实施例对本发明提供的技术方案进行详细的说明,但是不能把它们理解为对本发明保护范围的限定。
32.实施例1 引物设计与合成本实施例选择hpv16病毒基因组中l2基因cds区域的第138-353位作为检测hpv16的特异性检测靶标,并根据靶标区域序列设计筛选引物:hpv16 f3引物:5
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acaatatggaagtatgggtgta-3’,如seq id no.1所示,位置为l2基因中cds区域上第138-159位;hpv16 fip引物:5
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caatggaatatacccagtgcgtctttggtgggttaggaattgg-3’,如seq id no.2所示,包含两个在cds上相间隔的片段,分别位于cds区域上第163-182和第203-225位;hpv16 lf引物:5
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cctgtacccgaccctgtt-3’,如seq id no.3所示,位于cds区域第183-200位;hpv16 bip引物:5
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cctcccacagctacagatacaagaaggatcagaagggcc-3’,如seq id no.4所示,由位于cds区域上第235-255和第295-312位的两段序列相连接组成;hpv16 lb引物:5
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ctcctgtaagaccccctttaacagt-3’,如seq id no.5所示,位于cds区域上第260-284位;hpv16 b3引物:5
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ccagcatcaataaaactagtttct-3’,如seq id no.6所示,位于cds
569位和第590-611位;b3引物:5
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atgttacattactactgtctgtg-3’,如seq id no.17所示,位于cds区域上第612-634位。
37.其中,fip引物 5’端标记有fam基团,lf引物 5’端标记有生物素。
38.实施例6 引物设计与合成与实施例1的不同之处仅在于,修饰方案采用:fip引物 5’端标记有fitc基团,lf引物 5’端标记有生物素。
39.实施例7 引物设计与合成以hpv52病毒基因组中l2基因cds区域的第252-462位作为检测hpv52的特异性检测靶标,并根据靶标区域序列设计筛选引物:f3引物:5
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cacgtccactattcgtcc-3’,如seq id no.18所示,位置为l2基因cds区域上第252-269位;fip引物:5
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cgccagactcaataaatgttgtttcgtagaacccattggtccct-3’,如seq id no.19所示,由两个cds上相间隔的片段组合而成,分别位于cds上第280-298和第328-352位;bip引物:5
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ctgctccatctattccatcagcgatgttacattaattattgcaggag-3’,如seq id no.20所示,同fip引物相似,也由两个在cds上相间隔的片段组成,分别位于cds上第356-377位和第413-437位;lb引物:5
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cagggtttgatgttacaacatctgc-3’,如seq id no.21所示,位于cds区域第380-404位;b3引物:5
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tgattgtacagatgattcaccta-3’,如seq id no.22所示,位于cds区域上第440-462位。
40.其中,bip引物 5’端标记有fam基团,lb引物 5’端标记有生物素。
41.实施例8 引物设计与合成与实施例1的不同之处仅在于,修饰方案采用:bip引物 5’端标记有fitc基团,bf引物 5’端标记有生物素。
42.实施例9 引物设计与合成以hpv58病毒基因组中l2基因cds区域的第1058-1268位作为检测hpv58的特异性检测靶标,并根据靶标区域序列设计筛选引物:f3引物:5
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tttctccctatagtattaatgatgg-3’,如seq id no.23所示,位置为l2基因cds区域上第1058-1082位;fip引物:5
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tggcaaaggaggtatgtgagtgacgatgctgatactatacatga-3’,如seq id no.24所示,由两个cds上相间隔的片段组合而成,分别位于cds上第1102-1124和第1142-1162位;bip引物:5
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ccacacgtaccagtaatgtgtccaatgtctggaccaggttc-3’,如seq id no.25所示,同fip引物相似,也由两个在cds上相间隔的片段组成,分别位于cds上第1163-1185位和第1228-1245位;lb引物:5
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actggatttgacactcctcttgt-3’,如seq id no.26所示,位于cds区域第1198-1220位;
b3引物:5
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gacatagatgttacagaagatgt-3’,如seq id no.27所示,位于cds区域上第1246-1268位。
43.其中,bip引物 5’端标记有fam基团,lb引物 5’端标记有生物素。
44.实施例10 引物设计与合成与实施例1的不同之处仅在于,修饰方案采用:bip引物 5’端标记有fitc基团,bf引物 5’端标记有生物素。
45.实施例11 检测试剂盒的制备1)采用实施例1中得到的引物组配制混合液,各引物浓度为:hpv16 f3 0.2μmol/l;hpv16 fip 1.6μmol/l;hpv16 lf 0.67μmol/l;hpv16 bip 1.6μmol/l;hpv16 b3 0.2μmol/l;hpv16 lb 0.67μmol/l。
46.2) 配制环介导等温扩增反应液,各组分的含量为:dntp 0.58mmol/l;tris-hcl 16.67mmol/l;(nh4)2so48.33mmol/l;kcl 12.5mmol/l;mgso41.67mmol/l;tween-20 0.08%;bst聚合酶 0.27u/l。
47.3)制备检测卡(可选用江苏猎阵,hdu01),检测卡包括试纸条和外壳;试纸条的结构包括样品垫、判读区和吸水垫;判读区包括结合垫和硝酸纤维素膜;样品垫、结合垫、硝酸纤维素膜和吸水垫依次互相交错搭接成长条状后粘贴在底板上,底板为pvc板;结合垫上喷涂有链霉亲和素标记的示踪标志物,示踪标志物为包括胶体金、乳胶微球、荧光微球在内的纳米颗粒,在硝酸纤维素膜上从吸水纸往结合垫方向依次设有c线(质控线)和t线(检测线),其中c线区包被有biotin-bsa溶液,t线区包被有兔抗fam抗体。所述biotin-bsa溶液的浓度为1.5-3mg/ml,兔抗fam抗体的浓度为0.05-0.15mg/ml。把试纸条装配进外壳中即制备成检测卡。
48.其检测原理为:判读区内结合垫上喷涂有链霉亲和素标记的示踪标志物,示踪标志物为包括胶体金、乳胶微球、荧光微球在内的纳米颗粒,硝酸纤维素膜上c线包被biotin-bsa,t线包被兔抗fam抗体;同时带有fitc/fam和生物素标记的双链扩增产物流经试纸条时,可以被胶体金标记抗体和硝酸纤维素膜上特定的抗体识别和捕获,在相应的t线区(检测线)形成红色条带,而未结合的胶体金标记抗体随缓冲液层析至c线(质控线)区,被膜上固定的特定抗原识别和捕获,形成红色条带,从而完成对试纸条的质控。
49.4)本试剂盒还配置有常规的dna提取试剂盒、层析缓冲液及备用的一次性移液管和反应管各五支以上。
50.上述环介导等温扩增反应液,引物混合液和层析缓冲液各放置在独立的反应管中无菌密封。
51.实施例12 检测试剂盒的制备1)采用实施例3中得到的引物组配制混合液,各引物浓度为:hpv18 f3 0.2μmol/l;hpv18 fip 1.6μmol/l;hpv18 lf 0.67μmol/l;hpv18 bip 1.6μmol/l;hpv18 b3 0.2μmol/l;hpv18 lb 0.67μmol/l。
52.2) 配制环介导等温扩增反应液,各组分的含量为:dntp 0.58mmol/l;tris-hcl 16.67mmol/l;(nh4)2so48.33mmol/l;kcl 12.5mmol/l;mgso41.67mmol/l;tween-20 0.08%;bst聚合酶 0.27u/l。
53.3)制备检测卡(可选用江苏猎阵,hdu01),检测卡包括试纸条和外壳;
试纸条的结构包括样品垫、判读区和吸水垫;判读区包括结合垫和硝酸纤维素膜;样品垫、结合垫、硝酸纤维素膜和吸水垫依次互相交错搭接成长条状后粘贴在底板上,底板为pvc板;结合垫上喷涂有链霉亲和素标记的示踪标志物,示踪标志物为包括胶体金、乳胶微球、荧光微球在内的纳米颗粒,在硝酸纤维素膜上从吸水纸往结合垫方向依次设有c线(质控线)和t线(检测线),其中c线区包被有biotin-bsa溶液,t线区包被有兔抗fam抗体。所述biotin-bsa溶液的浓度为1.5-3mg/ml,兔抗fam抗体的浓度为0.05-0.15mg/ml。把试纸条装配进外壳中即制备成检测卡。
54.其检测原理为:判读区内结合垫上喷涂有链霉亲和素标记的示踪标志物,示踪标志物为包括胶体金、乳胶微球、荧光微球在内的纳米颗粒,硝酸纤维素膜上c线包被biotin-bsa,t线包被兔抗fam抗体;同时带有fitc/fam和生物素标记的双链扩增产物流经试纸条时,可以被胶体金标记抗体和硝酸纤维素膜上特定的抗体识别和捕获,在相应的t线区(检测线)形成红色条带,而未结合的胶体金标记抗体随缓冲液层析至c线(质控线)区,被膜上固定的特定抗原识别和捕获,形成红色条带,从而完成对试纸条的质控。
55.4)本试剂盒还配置有常规的dna提取试剂盒、层析缓冲液及备用的一次性移液管和反应管各五支以上。
56.上述环介导等温扩增反应液,引物混合液和层析缓冲液各放置在独立的反应管中无菌密封。
57.实施例13 检测试剂盒的制备1)采用实施例5中得到的引物组配制混合液,各引物浓度为:hpv33 f3 0.2μmol/l;hpv33 fip 1.6μmol/l;hpv33 lf 0.67μmol/l;hpv33 bip 1.6μmol/l;hpv33 b3 0.2μmol/l。
58.2) 配制环介导等温扩增反应液,各组分的含量为:dntp 0.58mmol/l;tris-hcl 16.67mmol/l;(nh4)2so48.33mmol/l;kcl 12.5mmol/l;mgso41.67mmol/l;tween-20 0.08%;bst聚合酶 0.27u/l。
59.3)制备检测卡(可选用江苏猎阵,hdu01),检测卡包括试纸条和外壳;试纸条的结构包括样品垫、判读区和吸水垫;判读区包括结合垫和硝酸纤维素膜;样品垫、结合垫、硝酸纤维素膜和吸水垫依次互相交错搭接成长条状后粘贴在底板上,底板为pvc板;结合垫上喷涂有链霉亲和素标记的示踪标志物,示踪标志物为包括胶体金、乳胶微球、荧光微球在内的纳米颗粒,在硝酸纤维素膜上从吸水纸往结合垫方向依次设有c线(质控线)和t线(检测线),其中c线区包被有biotin-bsa溶液,t线区包被有兔抗fam抗体。所述biotin-bsa溶液的浓度为1.5-3mg/ml,兔抗fam抗体的浓度为0.05-0.15mg/ml。把试纸条装配进外壳中即制备成检测卡。
60.其检测原理为:判读区内结合垫上喷涂有链霉亲和素标记的示踪标志物,示踪标志物为包括胶体金、乳胶微球、荧光微球在内的纳米颗粒,硝酸纤维素膜上c线包被biotin-bsa,t线包被兔抗fam抗体;同时带有fitc/fam和生物素标记的双链扩增产物流经试纸条时,可以被胶体金标记抗体和硝酸纤维素膜上特定的抗体识别和捕获,在相应的t线区(检测线)形成红色条带,而未结合的胶体金标记抗体随缓冲液层析至c线(质控线)区,被膜上固定的特定抗原识别和捕获,形成红色条带,从而完成对试纸条的质控。
61.4)本试剂盒还配置有常规的dna提取试剂盒、层析缓冲液及备用的一次性移液管
和反应管各五支以上。
62.上述环介导等温扩增反应液,引物混合液和层析缓冲液各放置在独立的反应管中无菌密封。
63.实施例14 检测试剂盒的制备1)采用实施例7中得到的引物组配制混合液,各引物浓度为:hpv52 f3 0.2μmol/l;hpv52 fip 1.6μmol/l;hpv52 bip 1.6μmol/l;hpv52 b3 0.2μmol/l;hpv52 lb 0.67μmol/l。
64.2) 配制环介导等温扩增反应液,各组分的含量为:dntp 0.58mmol/l;tris-hcl 16.67mmol/l;(nh4)2so48.33mmol/l;kcl 12.5mmol/l;mgso41.67mmol/l;tween-20 0.08%;bst聚合酶 0.27u/l。
65.3)制备检测卡(可选用江苏猎阵,hdu01),检测卡包括试纸条和外壳;试纸条的结构包括样品垫、判读区和吸水垫;判读区包括结合垫和硝酸纤维素膜;样品垫、结合垫、硝酸纤维素膜和吸水垫依次互相交错搭接成长条状后粘贴在底板上,底板为pvc板;结合垫上喷涂有链霉亲和素标记的示踪标志物,示踪标志物为包括胶体金、乳胶微球、荧光微球在内的纳米颗粒,在硝酸纤维素膜上从吸水纸往结合垫方向依次设有c线(质控线)和t线(检测线),其中c线区包被有biotin-bsa溶液,t线区包被有兔抗fam抗体。所述biotin-bsa溶液的浓度为1.5-3mg/ml,兔抗fam抗体的浓度为0.05-0.15mg/ml。把试纸条装配进外壳中即制备成检测卡。
66.其检测原理为:判读区内结合垫上喷涂有链霉亲和素标记的示踪标志物,示踪标志物为包括胶体金、乳胶微球、荧光微球在内的纳米颗粒,硝酸纤维素膜上c线包被biotin-bsa,t线包被兔抗fam抗体;同时带有fitc/fam和生物素标记的双链扩增产物流经试纸条时,可以被胶体金标记抗体和硝酸纤维素膜上特定的抗体识别和捕获,在相应的t线区(检测线)形成红色条带,而未结合的胶体金标记抗体随缓冲液层析至c线(质控线)区,被膜上固定的特定抗原识别和捕获,形成红色条带,从而完成对试纸条的质控。
67.4)本试剂盒还配置有常规的dna提取试剂盒、层析缓冲液及备用的一次性移液管和反应管各五支以上。
68.上述环介导等温扩增反应液,引物混合液和层析缓冲液各放置在独立的反应管中无菌密封。
69.实施例15 检测试剂盒的制备1)采用实施例9中得到的引物组配制混合液,各引物浓度为:hpv58 f3引物:0.2μmol/l;hpv58 fip引物:1.6μmol/l;hpv58 bip引物:1.6μmol/l;hpv58 lb引物:0.67μmol/l;hpv58 b3引物:0.2μmol/l。
70.2) 配制环介导等温扩增反应液,各组分的含量为:dntp 0.58mmol/l;tris-hcl 16.67mmol/l;(nh4)2so48.33mmol/l;kcl 12.5mmol/l;mgso41.67mmol/l;tween-20 0.08%;bst聚合酶 0.27u/l。
71.3)制备检测卡(可选用江苏猎阵,hdu01),检测卡包括试纸条和外壳;试纸条的结构包括样品垫、判读区和吸水垫;判读区包括结合垫和硝酸纤维素膜;样品垫、结合垫、硝酸纤维素膜和吸水垫依次互相交错搭接成长条状后粘贴在底板上,底板为pvc板;结合垫上喷涂有链霉亲和素标记的
示踪标志物,示踪标志物为包括胶体金、乳胶微球、荧光微球在内的纳米颗粒,在硝酸纤维素膜上从吸水纸往结合垫方向依次设有c线(质控线)和t线(检测线),其中c线区包被有biotin-bsa溶液,t线区包被有兔抗fam抗体。所述biotin-bsa溶液的浓度为1.5-3mg/ml,兔抗fam抗体的浓度为0.05-0.15mg/ml。把试纸条装配进外壳中即制备成检测卡。
72.其检测原理为:判读区内结合垫上喷涂有链霉亲和素标记的示踪标志物,示踪标志物为包括胶体金、乳胶微球、荧光微球在内的纳米颗粒,硝酸纤维素膜上c线包被biotin-bsa,t线包被兔抗fam抗体;同时带有fitc/fam和生物素标记的双链扩增产物流经试纸条时,可以被胶体金标记抗体和硝酸纤维素膜上特定的抗体识别和捕获,在相应的t线区(检测线)形成红色条带,而未结合的胶体金标记抗体随缓冲液层析至c线(质控线)区,被膜上固定的特定抗原识别和捕获,形成红色条带,从而完成对试纸条的质控。
73.4)本试剂盒还配置有常规的dna提取试剂盒、层析缓冲液及备用的一次性移液管和反应管各五支以上。
74.上述环介导等温扩增反应液,引物混合液和层析缓冲液各放置在独立的反应管中无菌密封。
75.实验例1 hpv的检测过程1. 取患者宫颈液,采用基因组dna提取试剂盒提取,得到待测样品的dna;2. 试剂配置:取环介导等温扩增反应液和引物混合液,在离心管中混合,涡旋振荡摇匀,取20μl/管分装至pcr反应管中;3. 加样:将待测样品的dna 溶液10μl转移到上述pcr反应管中;4. pcr扩增:将pcr反应管放入等温扩增的样品槽中,60℃反应30min,居家检测可采用家庭内任意常规恒温设备或方法保持60℃恒温。
76.5. 准备检测卡:将检测卡从铝箔袋中取出,放置于干燥的水平台面上。
77.6. 加样检测:移取20μl样本扩增产物至检测卡的加样孔中,再加入80-120μl层析缓冲液,2-3min内读取结果。
78.7. 检测及结果判定:结果判定标准:c线出现红色的线,同时t线出现红色的线,说明待测样品为hpv16阳性;c线出现红色的线,同时t线没有出现红色的线,说明待测样品为hpv16阴性;c线没有出现红色的线,说明检测卡失效。
79.利用实施例11中的试剂盒,采用上述方法hpv16参考品进行验证检测,hpv16样本的浓度约为5000 copies/ml,重复检测10次,检测结果如图1所示。由图1可以看出,10次检测的结果均为hpv16阳性,且显色均一,表明本发明提供的引物组具有良好的检测一致性。
80.利用实施例12中的试剂盒,采用上述方法hpv18参考品进行验证检测,hpv18样本的浓度约为2500 copies/ml,重复检测10次,检测结果如图2所示。由图2可以看出,10次检测的结果均为hpv18阳性,且显色均一,表明本发明提供的引物组具有良好的检测一致性。
81.利用实施例13中的试剂盒,采用上述方法hpv33参考品进行验证检测,hpv33样本的浓度约为5000 copies/ml,重复检测10次,检测结果如图3所示。由图3可以看出,10次检测的结果均为hpv33阳性,且显色均一,表明本发明提供的引物组具有良好的检测一致性。
82.利用实施例14中的试剂盒,采用上述方法hpv52参考品进行验证检测,hpv52样本
的浓度约为5000 copies/ml,重复检测10次,检测结果如图4所示。由图4可以看出,10次检测的结果均为hpv52阳性,且显色均一,表明本发明提供的引物组具有良好的检测一致性。
83.利用实施例15中的试剂盒,采用上述方法hpv58参考品进行验证检测,hpv58样本的浓度约为5000 copies/ml,重复检测10次,检测结果如图5所示。由图5可以看出,10次检测的结果均为hpv58阳性,且显色均一,表明本发明提供的引物组具有良好的检测一致性。
84.实验例2 灵敏度测试hpv16病毒检测试剂盒的检测灵敏度:将hpv16病毒制备成浓度为2500 copies/ml、1000 copies/ml、500 copies/ml、250 copies/ml和100 copies/ml的待测样本,采用实施例11的试剂盒对每个梯度重复测试5次,记录结果,以全部检出时的样本浓度为检测限,结果如下表1所示:表1 hpv16病毒检测限检测结果结果如表1所示,2500 copies/ml、1000 copies/ml和500 copies/ml浓度样本全部检出,250 copies/ml和100 copies/ml浓度样本概率检出。由此可以看出,本发明的组合试剂,对于hpv16的检出限为500 copies/ml,灵敏度较高,可以用于hpv16核酸检测的试剂盒。
85.hpv18病毒检测试剂盒的检测灵敏度:将hpv18病毒制备成浓度为2500 copies/ml、1000 copies/ml、500 copies/ml、250 copies/ml和100 copies/ml的待测样本,采用实施例12的试剂盒对每个梯度重复测试5次,记录结果,以全部检出时的样本浓度为检测限,结果如下表2所示:表2 hpv18病毒检测限检测结果
结果如表2所示,2500 copies/ml、1000 copies/ml和500 copies/ml浓度样本全部检出,250 copies/ml和100 copies/ml浓度样本概率检出。由此可以看出,本发明的组合试剂,对于hpv18的检出限为500 copies/ml,灵敏度较高,可以用于hpv18核酸检测的试剂盒。
86.将hpv33病毒制备成浓度为2500 copies/ml、1000 copies/ml、500 copies/ml、250 copies/ml和100 copies/ml的待测样本,采用实施例13的试剂盒对每个梯度重复测试5次,记录结果,以全部检出时的样本浓度为检测限,结果如表3所示(“+”为阳性,
“‑”
为阴性):表3 检测限检测结果
由表3可知,2500 copies/ml、1000 copies/ml和500 copies/ml浓度样本全部检出,250 copies/ml和100 copies/ml浓度样本概率检出。由此可以看出,本发明的组合试剂,对于hpv33的检出限为500 copies/ml,灵敏度较高,可以用于hpv33核酸检测的试剂盒。
87.将hpv52病毒制备成浓度为2500 copies/ml、1000 copies/ml、500 copies/ml、250 copies/ml和100 copies/ml的待测样本,采用实施例14的试剂盒对每个梯度重复测试5次,记录结果,以全部检出时的样本浓度为检测限,结果如表4所示(“+”为阳性,
“‑”
为阴性):表4 检测限检测结果
由表4可知,2500 copies/ml、1000 copies/ml和500 copies/ml浓度样本全部检出,250 copies/ml和100 copies/ml浓度样本概率检出。由此可以看出,本发明的组合试剂,对于hpv52的检出限为500 copies/ml,灵敏度较高,可以用于hpv52核酸检测的试剂盒。
88.将hpv58病毒制备成浓度为2500 copies/ml、1000 copies/ml、500 copies/ml、250 copies/ml和100 copies/ml的待测样本,采用实施例15的试剂盒对每个梯度重复测试5次,记录结果,以全部检出时的样本浓度为检测限,结果如表5所示(“+”为阳性,
“‑”
为阴性):表5 检测限检测结果由表5可知,2500 copies/ml、1000 copies/ml和500 copies/ml浓度样本全部检
出,250 copies/ml和100 copies/ml浓度样本概率检出。由此可以看出,本发明的组合试剂,对于hpv58的检出限为500 copies/ml,灵敏度较高,可以用于hpv58核酸检测的试剂盒。
89.实验例3 特异性测试选取13例hr-hpv型别(hpv16、18、31、33、35、39、45、51、52、56、58、59、68)、1例白色念珠菌(candida albicans,ca;购自美国atcc保藏中心,no.atcc 10231)、1例阴道毛滴虫(trichomonas vaginalis,tv;购自美国atcc保藏中心,no.atcc 30184)和1例加德纳菌(gardnerella vaginalis,gv;购自美国atcc保藏中心,no.atcc 14018),共16例样本进行特异性检测,各待测样本的浓度为2500copies/ml,分别采用实施例11~15中的试剂盒进行检测,检测方法同实验例1,检测结果如图6~10所示。
90.由图6可知,采用实施例11中的试剂盒对13例hr-hpv样本的检测结果中,仅hpv16为阳性,其余型别皆为阴性,1例白色念珠菌、1例阴道毛滴虫和1例加德纳菌的检测结果均为阴性,说明本发明提供的试剂盒可以排除不同病原体的干扰,精准检测出hpv16。
91.由图7可知,采用实施例12中的试剂盒对13例hr-hpv样本的检测结果中,仅hpv18为阳性,其余型别皆为阴性,1例白色念珠菌、1例阴道毛滴虫和1例加德纳菌的检测结果均为阴性,说明本发明提供的试剂盒可以排除不同病原体的干扰,精准检测出hpv18。
92.由图8可知,采用实施例13中的试剂盒对13例hr-hpv样本的检测结果中,仅hpv33为阳性,其余型别皆为阴性,1例白色念珠菌、1例阴道毛滴虫和1例加德纳菌的检测结果均为阴性,说明本发明提供的试剂盒可以排除不同病原体的干扰,精准检测出hpv33。
93.由图9可知,采用实施例14中的试剂盒对13例hr-hpv样本的检测结果中,仅hpv52为阳性,其余型别皆为阴性,1例白色念珠菌、1例阴道毛滴虫和1例加德纳菌的检测结果均为阴性,说明本发明提供的试剂盒可以排除不同病原体的干扰,精准检测出hpv52。
94.由图10可知,采用实施例15中的试剂盒对13例hr-hpv样本的检测结果中,仅hpv58为阳性,其余型别皆为阴性,1例白色念珠菌、1例阴道毛滴虫和1例加德纳菌的检测结果均为阴性,说明本发明提供的试剂盒可以排除不同病原体的干扰,精准检测出hpv58。
95.实验例4 引物组合对比实验引物组合(核酸序列和修饰方式)是影响核酸检测平台检测能力的关键性因素,要求所用引物组合具有较高的特异性和灵敏度,故优选引物组合尤为重要。在本发明试剂盒的研发阶段,分别进行了不同引物组合的比较和不同修饰位点的比较。
96.针对hpv16,本发明设计了以下备选引物:hpv16备选引物组合1选择位于l2基因cds区域第176-395位序列设计引物,具体地:hpv16 f3-1引物的位置为l2基因cds区域上第176-193位,序列为:gaattggaacagggtcgg,如seq id no.28所示;hpv16 fip-1引物由两个cds上相间隔的片段组合而成,分别位于cds上第208-228和第248-271位,序列为:gtcttacaggagcaagtgtatctgactgggtatattccattggga,如seq id no.29所示;hpv16 lf-1引物位于cds区域第229-247位,序列为:tagctgtgggaggccttgt,如seq id no.30所示;hpv16 bip-1引物同fip引物相似,也由两个在cds上相间隔的片段组成,分别位于
cds上第293-315位和第357-375位,序列为:tgggcccttctgatccttctataggaaggtacagatgttggt,如seq id no.31所示;hpv16 b3-1引物位于cds区域上第377-395位,序列为:cctgatacatctgggggaa,如seq id no.32所示。
97.hpv16备选引物组合2选择位于 l2基因cds区域第111-297位设计引物序列,具体地:hpv16 f3-2引物的位置为l2基因cds区域上第111-130位,序列为:aggcaaaactattgctgatc,如seq id no.33所示;hpv16 fip-2引物由两个cds上相间隔的片段组合而成,分别位于cds上第135-159和第176-195位,序列为:acccgaccctgttccaattcattacaatatggaagtatgggtgta,如seq id no.34所示;hpv16 bip-2引物同fip引物相似,也由两个在cds上相间隔的片段组成,分别位于cds上第200-219位和第243-262位,序列为:gcggacgcactgggtatattgagcaagtgtatctgtagct,如seq id no.35所示;hpv16 lf-2引物位于cds区域第221-239位,序列为:cattgggaacaaggcctcc,如seq id no.36所示;hpv16 b3-2引物位于cds区域上第280-297位,序列为:gcccacaggatctactgt,如seq id no.37所示。
98.上述对比组合反应体系中f3引物和b3引物浓度都为0.2μm、fip引物和bip引物浓度都为1.6μm,lf引物(如果有)和lb引物(如果有)浓度都为0.67μm;反应体系中用到的其它组分及浓度同实施例11。
99.除了上述靶点、引物的变化,本实施例还进行了不同修饰位点的比较,包括本发明实施例1引物组合、备选修饰1和备选修饰2,是在本发明实施例1引物序列组合不变的基础上叠加不同的修饰方案,分别为:bip 5’端(fam)+ lf 5’端(biotin)修饰(本发明实施例1);fip 5’端(fam)+ lf 5’端(biotin)修饰(备选修饰1);bip 5’端(fam)+ lb 5’端(biotin)修饰(备选修饰2)。
100.上述各组合以制备的hpv16参考品作为待测样本进行检测,并制备成浓度为2500 copies/ml、1000 copies/ml、500 copies/ml、250 copies/ml和100 copies/ml的待测样本,检测方法参照实验例1,结果如表6所示。
101.表6 hpv16各引物组合检测限检测结果
从表6可知,相比不同引物组合和修饰方式,本发明实施例1中的引物组合和修饰方法不但检测限最低,而且灵敏度最高。
102.针对hpv18,本发明设计了以下备选引物:hpv18备选引物组合1位于l1基因cds区域第569-769位核酸序列,具体地:hpv18 f3-1引物的位置为l2基因cds区域上第569-586位,序列为:ctgaaagttcccatgccg,如seq id no.38所示;hpv18 fip-1引物由两个cds上相间隔的片段组合而成,分别位于cds上第596-615和第641-665位,序列为:cagcccaaaatacataactgtgtctatgtttctgaggacgttagg,如seq id no.39所示;hpv18 bip-1引物同fip引物相似,也由两个在cds上相间隔的片段组成,分别位于cds上第671-691位和第714-731位,序列为:ctgctattggggaacactgggccctgtgataaaggacgc,如seq id no.40所示;hpv18 b3-1引物位于cds区域上第747-769位,序列为:ccaaaactgtgtttttaagttct,如seq id no.41所示。
103.hpv18备选引物组合2位于l1基因cds区域第569-769位核酸序列,具体地:hpv18 f3-2引物的位置为l2基因cds区域上第569-586位,序列为:
ctgaaagttcccatgccg,如seq id no.42所示;hpv18 fip-2引物由两个cds上相间隔的片段组合而成,分别位于cds上第606-623和第646-669位,序列为:ggcacagcccaaaatacataactgggacgttagggacaatgt,如seq id no.43所示;hpv18 bip-2引物同fip引物相似,也由两个在cds上相间隔的片段组成,分别位于cds上第671-691位和第714-731位,序列为:ctgctattggggaacactgggccctgtgataaaggacgc,如seq id no.44所示;hpv18 b3-2引物位于cds区域上第747-769位,序列为:ccaaaactgtgtttttaagttct,如seq id no.45所示。
104.其中,各对比组合反应体系中f3引物和b3引物浓度都为0.2μm、fip引物和bip引物浓度都为1.6μm,lf引物(如果有)和lb引物(如果有)浓度都为0.67μm;反应体系中用到的其它组分及浓度同实施例12。
105.不同修饰位点的比较包括 本发明实施例3引物组合、备选修饰1和备选修饰2,是在 本发明实施例3引物序列组合不变的基础上叠加不同的修饰方案,分别为:fip 5’端(fam)+ lf 5’端(biotin)修饰(本发明实施例3);bip 5’端(fam)+ lf 5’端(biotin)修饰(备选修饰1);bip 5’端(fam)+ lb 5’端(biotin)修饰(备选修饰2)。
106.各组合以制备的hpv18参考品作为待测样本进行检测,结果如表7所示:表7 hpv18各引物组合检测限检测结果
从表7可知,备选修饰1、备选修饰2和备选引物组1的检出限都为1000copies/ml,备选引物组2的检出限为2500copies/ml。综上,本发明实施例3中的引物组合和修饰方法检测限最低、灵敏度最高。
107.针对hpv33,本发明设计了以下备选引物:hpv33备选引物组合1位于l2基因cds区域的第246-491位核酸序列,具体地:hpv33 f3-1引物的位置为cds区域上第246-263位,序列为:aatccccttgcagcctat,如seq id no.46所示;hpv33 fip-1引物由两个cds上相间隔的片段组合而成,分别位于cds上第270-289和第329-353位,序列为:gcacctgcctctataaaacttgttttccggttactgtagacactg,如seq id no.47所示;hpv33 lf-1引物位于cds区域第294-318位,序列为:tgacactatagacgagtctaaaggt,如seq id no.48所示;hpv33 bip-1引物同fip引物相似,也由两个在cds上相间隔的片段组成,分别位于cds上第367-390位和第430-448位,序列为:attcctacaccatcaggttttgatactccccaacagatgaaac,如seq id no.49所示;hpv33 b3-1引物位于cds区域上第469-491位,序列为:
gtaaatgtgggatttaaatgtgt,如seq id no.50所示。
108.hpv33备选引物组合2位于l2基因cds区域的第270-491位核酸序列,具体地:hpv33 f3-2引物的位置为cds区域上第270-288位,序列为:tccggttactgtagacact,如seq id no.51所示;hpv33 fip-2引物由两个cds上相间隔的片段组合而成,分别位于cds上第295-316和第335-357位,序列为:tggtgcacctgcctctataaaaccctttagactcgtctatagtgt,如seq id no.52所示;hpv33 bip-2引物同fip引物相似,也由两个在cds上相间隔的片段组成,分别位于cds上第367-390位和第430-448位,序列为:attcctacaccatcaggttttgatactccccaacagatgaaac,如seq id no.53所示;hpv33 lb-2引物位于cds区域第398-422位,序列为:catctgcagatactacacctgcaat,如seq id no.54所示;hpv33 b3-2引物位于cds区域上第469-491位,序列为:gtaaatgtgggatttaaatgtgt,如seq id no.55所示。
109.其中,各对比组合反应体系中f3引物和b3引物浓度都为0.2μm、fip引物和bip引物浓度都为1.6μm,lf引物(如果有)和lb引物(如果有)浓度都为0.67μm;反应体系中用到的其它组分及浓度同实施例13。
110.不同修饰位点的比较包括本发明实施例5引物组合、备选修饰1和备选修饰2,是在本发明实施例5引物序列组合不变的基础上叠加不同的修饰方案,分别为:fip 5’端(fam)+ lf 5’端(biotin)修饰(本发明实施例5);bip 5’端(fam)+ lf 5’端(biotin)修饰(备选修饰1);fip 5’端(fam)+ bip 5’端(biotin)修饰(备选修饰2)。
111.各组合以制备的hpv33参考品作为待测样本进行检测,结果如表8所示:表8 hpv33各引物组合检测限检测结果
从表8可知,备选修饰1、备选修饰2、备选引物组1和备选引物组2的检出限都为1000 copies/ml。综上,本发明实施例5的检测限最低,灵敏度最高。
112.针对hpv52,本发明设计了以下备选引物:hpv52备选引物组合1位于l2基因cds区域的第252-462位核酸序列,具体地:hpv52 f3-1引物的位置为cds区域上第252-269位,序列为:cacgtccactattcgtcc,如seq id no.56所示;hpv52 fip-1引物由两个cds上相间隔的片段组合而成,分别位于cds上第270-289和第328-352位,序列为:cgccagactcaataaatgttgtttcccctgtaactgtagaaccca,如seq id no.57所示;hpv52 lf-1引物位于cds区域第291-314位,序列为:actatagatggttctaagggacca,如seq id no.58所示;hpv52 bip-1引物同fip引物相似,也由两个在cds上相间隔的片段组成,分别位于cds上第356-377位和第413-437位,序列为:ctgctccatctattccatcagcgatgttacattaattattgcaggag,如seq id no.59所示;hpv52 lb-1引物位于cds区域第380-404位,序列为:cagggtttgatgttacaacatctgc,如seq id no.60所示;hpv52 b3-1引物位于cds区域上第440-462位,序列为:
tgattgtacagatgattcaccta,如seq id no.61所示。
113.hpv52备选引物组合2位于l2基因cds区域的第402-614位核酸序列,具体地:hpv52 f3-2引物的位置为cds区域上第402-423位,序列为:tgcaaataatactcctgcaata,如seq id no.62所示;hpv52 fip-2引物由两个cds上相间隔的片段组合而成,分别位于cds上第433-455和第493-516位,序列为:cgggggctgtattatagatggttcacatctataggtgaatcatctgt,如seq id no.63所示;hpv52 lf-2引物位于cds区域第467-492位,序列为:agtgaatgtaggatttaaatgtgtag,如seq id no.64所示;hpv52 bip-2引物同fip引物相似,也由两个在cds上相间隔的片段组成,分别位于cds上第523-544位和第571-591位,序列为:gcagaagcatctggtcatgtatagggatttcttcataggtgtg,如seq id no.65所示;hpv52 b3-2引物位于cds区域上第592-614位,序列为:gtagaggtaacaaatgtatccat,如seq id no.66所示。
114.其中,各对比组合反应体系中f3引物和b3引物浓度都为0.2μm、fip引物和bip引物浓度都为1.6μm,lf引物(如果有)和lb引物(如果有)浓度都为0.67μm;反应体系中用到的其它组分及浓度同实施例14。
115.不同修饰位点的比较包括 本发明实施例7引物组合、备选修饰1和备选修饰2,是在本发明实施例7引物序列组合不变的基础上叠加不同的修饰方案,分别为:bip 5’端(fam)+ lb 5’端(biotin)修饰(本发明实施例7);fip 5’端(fam)+ lb 5’端(biotin)修饰(备选修饰1);bip 5’端(fam)+ fip 5’端(biotin)修饰(备选修饰2)。
116.各组合以制备的hpv52参考品作为待测样本进行检测,结果如表9所示:表9 hpv52各引物组合检测限检测结果
从表9可知,备选修饰1、备选修饰2和备选引物组1的检出限都为1000 copies/ml,备选引物组2的检出限为2500 copies/ml。综上,本发明实施例7中的引物组合和修饰方法检测限最低、灵敏度最高。
117.针对hpv58,本发明设计了以下备选引物:hpv58备选引物组合1位于l2基因cds区域第1044-1244位核酸序列,具体地:hpv58 f3-1引物的位置为l2基因cds区域上第1044-1066位,序列为:tttaaatacttctgtttctccct,如seq id no.67所示;hpv58 fip-1引物由两个cds上相间隔的片段组合而成,分别位于cds上第1080-1104和第1120-1142位,序列为:tgcagaggactctgaaaatcatgtggactttatgatatttatgctgac,如seq id no.68所示;hpv58 bip-1引物同fip引物相似,也由两个在cds上相间隔的片段组成,分别位于cds上第1143-1163位和第1205-1223位,序列为:ctcacatacctcctttgccacgacacaagaggagtgtcaa,如seq id no.69所示;hpv58 lb-1引物位于cds区域第1164-1185位,序列为:cacacgtaccagtaatgtgtcc,如seq id no.70所示;hpv58 b3-1引物位于cds区域上第1227-1244位,序列为:atgtctggaccaggttcc,如seq id no.71所示。
118.hpv58备选引物组合2位于 l2基因cds区域第1108-1332位核酸序列,具体地:hpv58 f3-2引物的位置为l2基因cds区域上第1108-1132位,序列为:
gctgatactatacatgattttcaga,如seq id no.72所示;hpv58 fip-2引物由两个cds上相间隔的片段组合而成,分别位于cds上第1136-1154和第1194-1218位,序列为:aagaggagtgtcaaatccagtatttctctgcactcacatacctc,如seq id no.73所示;hpv58 lf-2引物位于cds区域第1158-1176位,序列为:actggtacgtgtggtggca,如seq id no.74所示;hpv58 bip-2引物同fip引物相似,也由两个在cds上相间隔的片段组成,分别位于cds上第1221-1241位和第1279-1301位,序列为:gtcattggaacctggtccagaggagttagtggagatataggaat,如seq id no.75所示;hpv58 b3-2引物位于cds区域上第1315-1332位,序列为:atcagcaccatccacaat,如seq id no.76所示。
119.其中,各对比组合反应体系中f3引物和b3引物浓度都为0.2μm、fip引物和bip引物浓度都为1.6μm,lf引物(如果有)和lb引物(如果有)浓度都为0.67μm;反应体系中用到的其它组分及浓度同实施例15。
120.不同修饰位点的比较包括本发明实施例9引物组合、备选修饰1和备选修饰2,是在本发明实施例9引物序列组合不变的基础上叠加不同的修饰方案,分别为:bip 5’端(fam)+ lb 5’端(biotin)修饰(本发明实施例9);fip 5’端(fam)+ lb 5’端(biotin)修饰(备选修饰1);bip 5’端(fam)+ fip 5’端(biotin)修饰(备选修饰2)。
121.各组合以制备的hpv58参考品作为待测样本进行检测,结果如表10所示:表10 hpv58各引物组合检测限检测结果
从表10可知,备选修饰1、备选引物组1和备选引物组2的检出限都为1000 copies/ml,备选修饰2的检测限为2500 copies/ml。综上,本发明实施例9中的引物组合和修饰方法检测限最低、灵敏度最高。
122.实验例5 引物浓度对比实验鉴于lamp反应体系中fip和bip的引物浓度对检测灵敏度影响较大,本发明的引物组合进行fip和bip的不同浓度检测对比实验,以获得最适反应浓度。
123.针对hpv16的检测试剂盒,对比实验设计详见下表11,反应体系中其它组分及浓度同实施例11。
124.表11 hpv16不同引物浓度反应体系对比实验设计
各组合以制备的hpv16参考品(500 copies/ml) 作为待测样本进行检测,重复检测10次,结果如表12所示:表12 hpv16不同引物浓度反应体系检测结果由表12可知,组合1、2、3、4、7的重复性较差,均出现了无法检测的情况,而组合5、6、8、9,在hpv16参考品的浓度为500 copies/ml的情况下,检测结果均为阳性,重复性较好。从而,当反应体系中fip和bip浓度均不低于1.6μm时,才能稳定检出500 copies/ml的hpv16参考品,达到灵敏度的要求。因此,结合检测结果和试剂成本考虑,将反应体系中fip和bip引物浓度定为1.6μm。
125.针对hpv18的检测试剂盒,对比实验设计详见下表13,反应体系中其它组分及浓度同实施例12。
126.表13 hpv18不同引物浓度反应体系对比实验设计
各组合以制备的hpv18参考品(500 copies/ml) 作为待测样本进行检测,重复检测10次,结果如表14所示:表14 hpv18不同引物浓度反应体系检测结果由表14可知,组合5、6、8、9,即反应体系中fip和bip浓度均不低于1.6μm时,才能稳定检出500 copies/ml的hpv18参考品,因此,结合试剂成本考虑,反应体系中fip和bip引物浓度定为1.6μm。
127.针对hpv33的检测试剂盒,对比实验设计详见下表15,反应体系中其它组分及浓度同实施例13。
128.表15 hpv33不同引物浓度反应体系对比实验设计
各组合以制备的hpv33参考品(500 copies/ml) 作为待测样本进行检测,重复检测10次,结果如表16所示:表16 hpv33不同引物浓度反应体系检测结果由表16可知,组合5、6、8、9,即反应体系中fip和bip浓度均不低于1.6μm时,才能稳定检出500 copies/ml的hpv33参考品,因此,结合试剂成本考虑,反应体系中fip和bip引物浓度定为1.6μm。
129.针对hpv52的检测试剂盒,对比实验设计详见下表17,反应体系中其它组分及浓度同实施例14。
130.表17 hpv52不同引物浓度反应体系对比实验设计
各组合以制备的hpv52参考品(500 copies/ml) 作为待测样本进行检测,重复检测10次,结果如表18所示:表18 hpv52不同引物浓度反应体系检测结果由表18可知,组合5、6、8、9,即反应体系中fip和bip浓度均不低于1.6μm时,才能稳定检出500 copies/ml的hpv52参考品,因此,结合试剂成本考虑,反应体系中fip和bip引物浓度定为1.6μm。
131.针对hpv58的检测试剂盒,对比实验设计详见下表19,反应体系中其它组分及浓度同实施例15。
132.表19 hpv58不同引物浓度反应体系对比实验设计
各组合以制备的hpv58参考品(500 copies/ml)作为待测样本进行检测,重复检测10次,结果如表20所示:表20 hpv58不同引物浓度反应体系检测结果由表20可知,组合5、6、8、9,即反应体系中fip和bip浓度均不低于1.6μm时,才能稳定检出500 copies/ml的hpv58参考品,因此,结合试剂成本考虑,反应体系中fip和bip引物浓度定为1.6μm。
133.以上所述仅是本发明的优选实施方式,应当指出,对于本技术领域的普通技术人员来说,在不脱离本发明原理的前提下,还可以做出若干改进和润饰,这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。
技术特征:
1.hpv检测引物组,其特征在于,所述hpv检测引物组包括如下引物:核苷酸序列如seq id no.1所示的引物hpv16 f3;核苷酸序列如seq id no.2所示的引物hpv16 fip;核苷酸序列如seq id no.3所示的引物hpv16 lf;核苷酸序列如seq id no.4所示的引物hpv16 bip;核苷酸序列如seq id no.5所示的引物hpv16 lb;核苷酸序列如seq id no.6所示的引物hpv16 b3;和/或,所述hpv检测引物组包括如下引物:核苷酸序列如seq id no.7所示的引物hpv18 f3;核苷酸序列如seq id no.8所示的引物hpv18 fip;核苷酸序列如seq id no.9所示的引物hpv18 lf;核苷酸序列如seq id no.10所示的引物hpv18 bip;核苷酸序列如seq id no.11所示的引物hpv18 lb;核苷酸序列如seq id no.12所示的引物hpv18 b3;和/或,所述hpv检测引物组包括如下引物:核苷酸序列如seq id no.13所示的引物hpv33 f3;核苷酸序列如seq id no.14所示的引物hpv33 fip;核苷酸序列如seq id no.15所示的引物hpv33 lf;核苷酸序列如seq id no.16所示的引物hpv33 bip;核苷酸序列如seq id no.17所示的引物hpv33 b3;和/或,所述hpv检测引物组包括如下引物:核苷酸序列如seq id no.18所示的引物hpv52 f3;核苷酸序列如seq id no.19所示的引物hpv52 fip;核苷酸序列如seq id no.20所示的引物hpv52 bip;核苷酸序列如seq id no.21所示的引物hpv52 lb;核苷酸序列如seq id no.22所示的引物hpv52 b3;和/或,所述hpv检测引物组包括如下引物:核苷酸序列如seq id no.23所示的引物hpv58 f3;核苷酸序列如seq id no.24所示的引物hpv58 fip;核苷酸序列如seq id no.25所示的引物hpv58 bip;核苷酸序列如seq id no.26所示的引物hpv58 lb;核苷酸序列如seq id no.27所示的引物hpv58 b3;和/或,所述hpv检测引物组包括如下引物:具有seq id no.1~27任意所示的核苷酸序列经删除或增加一个或几个核苷酸,得到与所述核苷酸序列具有相同功能的核苷酸序列的衍生引物;和/或,所述hpv检测引物组包括如下引物:具有seq id no.1~27任意所示的核苷酸序列经核苷酸取代或修饰,得到与所述核苷酸序列具有相同功能的核苷酸序列的衍生引物;和/或,所述hpv检测引物组包括如下引物:
与seq id no.1~27任意所示的核苷酸序列具有80%以上同源性或与与seq id no.1~27任意所示的核苷酸序列功能相似的衍生引物;和/或,所述hpv检测引物组包括如下引物:与seq id no.1~27任意所示的核苷酸序列互补的引物。2.根据权利要求1所述的hpv检测引物组,其特征在于,所述hpv16 bip引物的5’端标记有荧光基团;所述hpv16 lf引物的5’端标记有生物素;所述hpv18 fip引物的5’端标记有荧光基团;所述hpv18 lf引物的5’端标记有生物素;所述引物hpv33 lf的5’端标记有荧光基团;所述引物hpv33 bip的5’端标记有生物素;所述引物hpv52 bip的5’端标记有荧光基团;所述引物hpv52 lb的5’端标记有生物素;所述引物hpv58 bip的5’端标记有荧光基团;所述引物hpv58 lb的5’端标记有生物素。3.根据权利要求2所述的hpv检测引物组,其特征在于,所述荧光基团为fam或fitc。4.权利要求1~3任一项所述的hpv检测引物组在制备检测试剂盒中的应用。5.根据权利要求4所述的应用,其特征在于,所述hpv的分型包括hpv16、hpv18、hpv33、hpv52和hpv58的一种或多种。6.一种检测hpv的试剂盒,其特征在于,包括权利要求1~3任一项所述的hpv检测引物组和检测试剂。7.根据权利要求6所述的检测hpv的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒中引物hpv16 fip、引物hpv16 bip、引物hpv18 fip、引物hpv18 bip、引物hpv33 fip、引物hpv33 bip、引物hpv52 fip、引物hpv52 bip、引物hpv58 fip或引物hpv58 bip的终浓度独立的为1.6~2.4μmol/l。8.根据权利要求6所述的检测hpv的试剂盒,其特征在于,所述检测试剂包括等温扩增缓冲液、dntp和bst dna聚合酶。9.根据权利要求8所述的检测hpv的试剂盒,其特征在于,所述等温扩增缓冲液包括tris-hcl、(nh4)2so4、kcl、mgso4和tween-20。10.根据权利要求6所述的检测hpv的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒还包括胶体金免疫层析试纸条,所述胶体金免疫层析试纸条包括底板、样品垫、判读区和吸水垫;所述样品垫、判读区和吸水垫设置于底板上;所述判读区上设置检测线和质控线;所述检测线中包被有fam抗体,fam抗体的浓度为0.05~0.15mg/ml;所述质控线中包被有biotin-bsa溶液,所述biotin-bsa溶液的浓度为1.5~3mg/ml。
技术总结
本发明提供了HPV检测引物组、试剂盒及其应用,属于HPV病毒检测技术领域。本发明提供的HPV检测引物组包括如SEQ ID NO.1~27所示的引物,利用该引物组可对HPV16、HPV18、HPV33、HPV52、HPV58进行检测,且灵敏度高;本发明提供的含有该引物组的试剂盒,使用该试剂盒可实现对HPV的居家检测,便于及时进行干预治疗和控制病情,可在35min内完成检测反应,结果判断简便,仪器设备要求低,适用于基层医疗单位,具有发展为居家自测的潜力,同时保持了检测的低成本化,有助于宫颈癌的早筛早诊。有助于宫颈癌的早筛早诊。有助于宫颈癌的早筛早诊。
技术研发人员:陈冬冬 李翔 曾彦达 陈海琴 童本福
受保护的技术使用者:江苏美克医学技术有限公司
技术研发日:2023.08.15
技术公布日:2023/9/20
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