腺病毒载体以及关于使用腺病毒载体的方法与流程

腺病毒载体以及关于使用腺病毒载体的方法
1.相关申请的交叉引用
2.本技术要求于2020年8月18日提交的美国申请号16/996,740的优先权，所述美国申请要求于2020年8月17日提交的美国临时申请序列号63/066,740的权益。在先申请的公开内容被视为本技术的公开内容的部分(并通过引用并入)。
3.序列表
4.本文件包括作为ascii文本文件经由电子归档系统提交给美国专利商标局(united states patent and trademark office)的序列表。通过引用并入本文的序列表名称为“07039-1964wo1_st25.txt”，于2021年8月6日创建，且具有892千字节的大小。
技术领域
5.本文件涉及腺病毒载体以及与使用腺病毒载体有关的方法和材料。例如，腺病毒载体可以用于将一种或多种免疫原(例如，与引起感染的病原体相关的一种或多种免疫原)递送至哺乳动物内的细胞，使得哺乳动物产生针对免疫原的有效免疫应答。


技术实现要素：

6.本文件涉及腺病毒载体以及与使用腺病毒载体有关的方法和材料。例如，本文件提供了腺病毒载体、编码腺病毒载体的核酸分子、含有腺病毒载体的细胞系、以及使用腺病毒载体在体外或体内将核酸递送至细胞的方法。本文件还提供了关于使用腺病毒载体在哺乳动物(例如，人)内诱导免疫应答的方法和材料。在一些情况下，腺病毒载体(例如，单周期腺病毒(sc-ad)载体)可以用于递送一种或多种(例如，一种、两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或更多种)免疫原，其在哺乳动物(例如，人)内触发免疫应答。
7.如本文证实的，sc-ad可以进行改造，以将一种或多种免疫原表达为融合且分泌的多肽，其可以诱导针对那些免疫原的有效免疫应答。例如，表达艰难梭菌(c.difficile)tcda/b融合多肽的sc-ad的施用在单次免疫后保护小鼠和叙利亚仓鼠在延长的时期内(例如，超过36周)免受致命毒素攻击。
8.具有在哺乳动物(例如，人)中有效地产生针对病毒和/或细菌病原体(例如，冠状病毒)的免疫应答的能力可以改善存活，并且使感染的影响降到最低。编码一种或多种免疫原的腺病毒载体可以用于为哺乳动物提供针对传染性病原体(例如，冠状病毒)的持续、长期免疫。例如，编码与covid-19相关的一种或多种免疫原(例如，衍生自sars-cov-2的一种或多种免疫原)的腺病毒载体可以用作covid-19大流行中的强效疫苗，以生成针对原发性感染和复发两者的体液免疫。
9.一般而言，本文件的一个方面的特征为sc-ad，其中所述sc-ad具有缺少编码腺病毒多肽的核酸序列的至少一部分的基因组，其中所述sc-ad包括腺病毒多肽，并且其中所述sc-ad包括编码冠状病毒免疫原的核酸序列。腺病毒多肽可以是纤维多肽、v多肽、六邻体多肽、五邻体基座多肽或piiia多肽。冠状病毒免疫原可以包括冠状病毒刺突多肽或其免疫原性片段。冠状病毒免疫原可以由以下组成或可以基本上由以下组成：seq id no:1-4中任何
一个中所示的氨基酸序列。sc-ad还可以包括编码佐剂多肽的核酸序列。佐剂多肽可以是粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(gm-csf)多肽、白细胞介素4(il-4)多肽、白细胞介素21(il-21)多肽、cd40配体(cd40l)多肽、4-1bb配体(4-1bbl)多肽、转化生长因子β(tgf-β)多肽、艰难梭菌tcda多肽、艰难梭菌tcdb多肽或其生物活性片段。冠状病毒刺突多肽可以与佐剂多肽融合。与佐剂多肽融合的冠状病毒刺突多肽可以基本上由以下组成或可以由以下组成：seq id no:5中所示的氨基酸序列。sc-ad还可以包括编码膜片多肽(chaff polypeptide)的核酸序列。膜片多肽可以是ace2多肽的片段。ace2多肽的片段可以包括ace2多肽的细胞外区域并且可以缺少跨膜结构域。膜片多肽可以基本上由以下组成或可以由以下组成：seq id no:8或seq id no:9中所示的氨基酸序列。冠状病毒刺突多肽可以与膜片多肽融合。
10.在另一个方面，本文件的特征为包括sc-ad的组合物，其中所述sc-ad具有缺少编码腺病毒多肽的核酸序列的至少一部分的基因组，其中所述sc-ad包括腺病毒多肽，并且其中所述sc-ad包括编码冠状病毒免疫原的核酸序列。
11.在另一个方面，本文件的特征为用于在哺乳动物中诱导针对冠状病毒的免疫应答的方法。该方法可以包括以下或基本上由以下组成：在其中sc-ad感染哺乳动物的细胞并且其中免疫原在细胞中的表达导致免疫应答的诱导的条件下，向哺乳动物施用i)sc-ad，其中所述sc-ad具有缺少编码腺病毒多肽的核酸序列的至少一部分的基因组，其中所述sc-ad包括腺病毒多肽，并且其中所述sc-ad包括编码冠状病毒免疫原的核酸序列；或ii)包括sc-ad的组合物，其中所述sc-ad具有缺少编码腺病毒多肽的核酸序列的至少一部分的基因组，其中所述sc-ad包括腺病毒多肽，并且其中所述sc-ad包括编码冠状病毒免疫原的核酸序列。哺乳动物可以是人。冠状病毒可以是β冠状病毒。β冠状病毒可以是sars-cov-2。施用可以包括sc-ad的粘膜递送。
12.在另一个方面，本文件的特征为sc-ad，其中所述sc-ad具有缺少编码腺病毒多肽的核酸序列的至少一部分的基因组，其中所述sc-ad包括腺病毒多肽，并且其中所述sc-ad包括(a)编码免疫原的核酸序列和(b)编码佐剂多肽的核酸序列。腺病毒多肽可以是纤维多肽、v多肽、六邻体多肽、五邻体基座多肽或piiia多肽。免疫原可以是冠状病毒免疫原。冠状病毒免疫原可以包括冠状病毒刺突多肽或其免疫原性片段。冠状病毒免疫原可以由以下组成或可以基本上由以下组成：seq id no:1-4中任何一个中所示的氨基酸序列。佐剂多肽可以是gm-csf多肽、il-4多肽、il-21多肽、cd40l多肽、4-1bbl多肽、tgf-β多肽、艰难梭菌tcda多肽、艰难梭菌tcdb多肽或其生物活性片段。冠状病毒刺突多肽可以与佐剂多肽融合。与佐剂多肽融合的冠状病毒刺突多肽可以基本上由以下组成或可以由以下组成：seq id no:5中所示的氨基酸序列。sc-ad还可以包括编码膜片多肽的核酸序列。膜片多肽可以是ace2多肽的片段。ace2多肽的片段可以包括ace2多肽的细胞外区域并且可以缺少跨膜结构域。膜片多肽可以基本上由以下组成或可以由以下组成：seq id no:8或seq id no:9中所示的氨基酸序列。
13.在另一个方面，本文件的特征为包括sc-ad的组合物，其中所述sc-ad具有缺少编码腺病毒多肽的核酸序列的至少一部分的基因组，其中所述sc-ad包括腺病毒多肽，并且其中所述sc-ad包括(a)编码免疫原的核酸序列和(b)编码佐剂多肽的核酸序列。
14.在另一个方面，本文件的特征为用于在哺乳动物中诱导针对病毒的免疫应答的方法。该方法可以包括以下或基本上由以下组成：在其中sc-ad感染哺乳动物的细胞并且其中
1bbl多肽、tgf-β多肽、艰难梭菌tcda多肽、艰难梭菌tcdb多肽或其生物活性片段。膜片多肽可以是ace2多肽的片段。ace2多肽的片段可以包括ace2多肽的细胞外区域并且可以缺少跨膜结构域。膜片多肽可以基本上由以下组成或可以由以下组成：seq id no:8或seq id no:9中所示的氨基酸序列。
19.在另一个方面，本文件的特征为包括sc-ad的组合物，其中所述sc-ad具有缺少编码腺病毒多肽的核酸序列的至少一部分的基因组，其中所述sc-ad包括腺病毒多肽，并且其中所述sc-ad包括(a)编码免疫原的核酸序列，(b)编码佐剂多肽的核酸序列，和(c)编码膜片多肽的核酸序列。
20.在另一个方面，本文件的特征为用于在哺乳动物中诱导针对病毒的免疫应答的方法。该方法可以包括以下或基本上由以下组成：在其中sc-ad感染哺乳动物的细胞并且其中免疫原在细胞中的表达导致免疫应答的诱导的条件下，向哺乳动物施用i)sc-ad，其中所述sc-ad具有缺少编码腺病毒多肽的核酸序列的至少一部分的基因组，其中所述sc-ad包括腺病毒多肽，并且其中所述sc-ad包括(a)编码免疫原的核酸序列，(b)编码佐剂多肽的核酸序列，和(c)编码膜片多肽的核酸序列，或ii)包括sc-ad的组合物，其中所述sc-ad具有缺少编码腺病毒多肽的核酸序列的至少一部分的基因组，其中所述sc-ad包括腺病毒多肽，并且其中所述sc-ad包括(a)编码免疫原的核酸序列，(b)编码佐剂多肽的核酸序列，和(c)编码膜片多肽的核酸序列。哺乳动物可以是人。病毒可以是冠状病毒，并且免疫原可以与冠状病毒相关。冠状病毒可以是β冠状病毒。β冠状病毒可以是sars-cov-2。施用可以包括sc-ad的粘膜递送。
21.在另一个方面，本文件的特征为sc-ad，其中所述sc-ad具有缺少编码腺病毒多肽的核酸序列的至少一部分的基因组，其中所述sc-ad包括腺病毒多肽，并且其中所述sc-ad包括编码由变应原表达或脱落的免疫原的核酸序列。腺病毒多肽可以是纤维多肽、v多肽、六邻体多肽、五邻体基座多肽或piiia多肽。sc-ad还可以包括编码佐剂多肽的核酸序列。佐剂多肽可以是gm-csf多肽、il-4多肽、il-21多肽、cd40l多肽、4-1bbl多肽、tgf-β多肽、艰难梭菌tcda多肽、艰难梭菌tcdb多肽或其生物活性片段。sc-ad还可以包括编码膜片多肽的核酸序列。膜片多肽可以是ace2多肽的片段。ace2多肽的片段可以包括ace2多肽的细胞外区域并且可以缺少跨膜结构域。膜片多肽可以基本上由以下组成或由以下组成：seq id no:8或seq id no:9中所示的氨基酸序列。
22.在另一个方面，本文件的特征为包括sc-ad的组合物，其中所述sc-ad具有缺少编码腺病毒多肽的核酸序列的至少一部分的基因组，其中所述sc-ad包括腺病毒多肽，并且其中所述sc-ad包括编码由变应原表达或脱落的免疫原的核酸序列。
23.在另一个方面，本文件的特征为用于在哺乳动物中诱导针对变应原的免疫应答的方法。该方法可以包括以下或基本上由以下组成：在其中sc-ad感染哺乳动物的细胞并且其中免疫原在细胞中的表达导致免疫应答的诱导的条件下，向哺乳动物施用i)sc-ad，其中所述sc-ad具有缺少编码腺病毒多肽的核酸序列的至少一部分的基因组，其中所述sc-ad包括腺病毒多肽，并且其中所述sc-ad包括编码由变应原表达或脱落的免疫原的核酸序列，或ii)包括sc-ad的组合物，其中所述sc-ad具有缺少编码腺病毒多肽的核酸序列的至少一部分的基因组，其中所述sc-ad包括腺病毒多肽，并且其中所述sc-ad包括编码由变应原表达或脱落的免疫原的核酸序列。哺乳动物可以是人。
24.在另一个方面，本文件的特征为sc-ad，其中所述sc-ad具有缺少编码腺病毒多肽的核酸序列的至少一部分的基因组，其中所述sc-ad包括腺病毒多肽，并且其中所述sc-ad包括编码由癌细胞表达的免疫原的核酸序列。腺病毒多肽可以是纤维多肽、v多肽、六邻体多肽、五邻体基座多肽或piiia多肽。sc-ad还可以包括编码佐剂多肽的核酸序列。佐剂多肽可以是gm-csf多肽、il-4多肽、il-21多肽、cd40l多肽、4-1bbl多肽、tgf-β多肽、艰难梭菌tcda多肽、艰难梭菌tcdb多肽或其生物活性片段。sc-ad还可以包括编码膜片多肽的核酸序列。膜片多肽可以是ace2多肽的片段。ace2多肽的片段可以包括ace2多肽的细胞外区域并且可以缺少跨膜结构域。膜片多肽可以基本上由以下组成或可以由以下组成：seq id no:8或seq id no:9中所示的氨基酸序列。
25.在另一个方面，本文件的特征为包括sc-ad的组合物，其中所述sc-ad具有缺少编码腺病毒多肽的核酸序列的至少一部分的基因组，其中所述sc-ad包括腺病毒多肽，并且其中所述sc-ad包括编码由癌细胞表达的免疫原的核酸序列。
26.在另一个方面，本文件的特征为用于在哺乳动物中诱导针对癌细胞的免疫应答的方法。该方法可以包括以下或基本上由以下组成：在其中sc-ad感染哺乳动物的细胞并且其中免疫原在细胞中的表达导致免疫应答的诱导的条件下，向哺乳动物施用i)sc-ad，其中所述sc-ad具有缺少编码腺病毒多肽的核酸序列的至少一部分的基因组，其中所述sc-ad包括腺病毒多肽，并且其中所述sc-ad包括编码由癌细胞表达的免疫原的核酸序列；或ii)包括sc-ad的组合物，其中所述sc-ad具有缺少编码腺病毒多肽的核酸序列的至少一部分的基因组，其中所述sc-ad包括腺病毒多肽，并且其中所述sc-ad包括编码由癌细胞表达的免疫原的核酸序列。哺乳动物可以是人。
27.除非另有定义，否则本文使用的所有技术和科学术语都具有与本发明所属领域的普通技术人员通常理解相同的含义。尽管下文描述了合适的方法和材料，但与本文所述的相似或等价的方法和材料可以用于实践本发明。本文提到的所有出版物、专利申请、专利和其它参考文献通过引用以其整体并入。在冲突的情况下，以本说明书包括定义为准。另外，材料、方法和实施例仅是说明性的而不预期是限制性的。
28.本发明的一个或多个实施方案的细节在附图和下文的描述中阐述。本发明的其它特征、目的和优点根据描述和附图以及权利要求将是显而易见的。
附图说明
29.图1a-1b。根据一些实施方案，示例性tcda/b融合蛋白和表达融合蛋白的示例性sc-ad6质粒的示意图。(图1a)tcda/b融合蛋白包括人α1-抗胰蛋白酶(aat)分泌前导序列，以及由两个弗林蛋白酶切割位点分开的tcda和tcdb的rbd。(图1b)使用cmv启动子表达tcda/b融合物的sc-ad6质粒。
30.图2a-2b。艰难梭菌毒素a和b融合蛋白的单周期腺病毒表达。检测从未感染的细胞、由ad对照(sc-ad6-gfp-萤光素酶(gl))感染的细胞、以及由sc-ad6-tcda/b感染的细胞中获取的细胞裂解物和培养基中的(图2a)tcda和(图2b)tcdb片段表达的蛋白质印迹。
31.图3a-3c。免疫的cd1小鼠中的血清抗体应答和毒素a攻击。雄性和雌性cd1小鼠(n＝10)用sc-ad6-peb1、sc-ad6-tcda/b的1x10
10
个病毒颗粒或pbs进行肌内(i.m.)疫苗接种。在第6周收集的血清通过elisa和中和测定进行测定。(图3a)在第6周的血清终点滴度在用
cov-2刺突变体免疫原以及任选地一种或多种佐剂和/或一种或多种膜片多肽。(图12b)示例性sc-ad载体的示意图，所述载体编码sars-cov-2刺突变体免疫原以及任选地一种或多种佐剂和/或一种或多种膜片多肽。通常定位于52k和五邻体之间的piiia多肽编码序列被缺失。
41.图13。具有限制性位点的sars-cov-2刺突基因和rbd-sb子结构域基因。
42.图14。通过sc-ad载体表达的刺突多肽的蛋白质印迹。1
°
＝抗刺突多克隆(1:1000)；2
°
＝蛋白a/g-hrp(1:10,000)；底物＝pico。
43.图15。sc-ad-刺突感染ace2
+
细胞并形成细胞融合事件。
44.图16。sc-ad-刺突感染ace2
+
细胞，形成细胞融合事件，并且表达腺病毒dna和腺病毒蛋白佐剂。
45.图17。293-iiia-ace2细胞中的ace2表达的蛋白质印迹。1
°
＝抗ace2(1:1000)；2
°
＝蛋白a/g-hrp(1:10,000)。
46.图18。由各种质粒表达载体表达的刺突多肽的蛋白质印迹。
47.图19。在表达刺突多肽的质粒载体或阴性对照gfp-萤光素酶(gl)载体施用后2周，小鼠中的抗体应答。
48.图20a-20f。在表达刺突多肽的sc-ad或表达寨卡蛋白的阴性对照sc-ad或缓冲液(pbs)的鼻内(in)或肌内(im)施用后2周(图20a、20c和20d)或6周(图20b)，小鼠中的iga和igg抗体应答。还测量了ifnγ(图20e)和cd8 t细胞计数(图20f)。
49.图21。通过复制缺陷型腺病毒(rd-ad)和表达sars-cov-2刺突的sc-ad的刺突多肽表达的蛋白质印迹。
50.图22。携带sars-cov-2刺突或rbd伴随集中的流感ha基因h1-con的示例性sc-ad。
51.图23。携带集中的覆盖h1血凝素的流感ha基因h1-con和覆盖h1-h5血凝素序列的h1-5 con的示例性sc-ad。
52.图24。通过质粒疫苗生成的血清抗体通过用粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(gm-csf)佐剂质粒的共免疫得到增加。
53.图25。在与表达遗传佐剂的sc-ad组合的sc-ad hiv env的单次i.n.施用后6周的血清抗体。
54.图26。在与表达遗传佐剂的sc-ad组合的sc-ad hiv env的单次i.n.施用后6周的阴道抗体。
55.图27。在与表达遗传佐剂的sc-ad组合的sc-ad hiv env的i.m.施用，并且随后为hiv-1包膜sosip多肽的i.m.或i.n.施用后的阴道抗体。
56.图28。根据一些实施方案，可以用于递送编码γmink刺突多肽变体免疫原的核酸的示例性ad载体的示意性图示。
57.图29。根据一些实施方案，可以用于递送编码b.1.617.2δ刺突多肽变体免疫原的核酸的示例性ad载体的示意性图示。
58.图30。根据一些实施方案，可以用于递送编码b.1.617.2δ+刺突多肽变体免疫原的核酸的示例性ad载体的示意性图示。
59.图31。根据一些实施方案，可以用于递送编码sars-cov-2m/n融合多肽免疫原的核酸的示例性ad载体的示意性图示。
60.图32。由表达原始刺突多肽或γmink刺突多肽的单周期ad6和ad657载体生成的抗体应答。血清的1/1000稀释物通过针对刺突s1多肽的elisa就结合该多肽的igg抗体进行分析。
61.图33。根据一些实施方案，可以用于递送编码艰难梭菌tcdb/b(tcdbx2)融合多肽免疫原的核酸的示例性ad载体的示意性图示。
62.图34。根据一些实施方案，可以用于递送编码λ刺突多肽变体免疫原的核酸的示例性ad载体的示意性图示。
63.图35。根据一些实施方案，可以用于递送编码ε刺突多肽变体免疫原的核酸的示例性ad载体的示意性图示。
具体实施方式
64.本文件提供了腺病毒载体以及关于使用腺病毒载体的方法和材料。在一些情况下，编码一种或多种(例如，一种、两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或更多种)免疫原的腺病毒载体可以用于将免疫原递送至哺乳动物(例如，人)，使得哺乳动物产生有效的免疫应答(例如，针对这些免疫原的免疫应答)。例如，编码一种或多种免疫原的腺病毒载体可以用于将免疫原递送至哺乳动物(例如，人)，使得哺乳动物产生针对与那些免疫原相关的病原体、变应原和/或癌细胞的抗体。在一些情况下，可以编码腺病毒载体(其编码一种或多种免疫原)的核酸分子可以用于将免疫原递送至哺乳动物(例如，人)，使得哺乳动物产生有效的免疫应答(例如，针对那些免疫原的免疫应答)。例如，可以编码腺病毒载体(其编码一种或多种免疫原)的核酸分子可以用于将免疫原递送至哺乳动物(例如，人)，使得哺乳动物产生针对与那些免疫原相关的病原体、变应原和/或癌细胞的抗体。
65.本文件还提供了编码一种或多种(例如，一种、两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或更多种)免疫原的腺病毒载体(例如，编码一种或多种免疫原的sc-ad)，编码腺病毒载体(其编码一种或多种免疫原)的核酸分子，含有编码一种或多种免疫原的腺病毒载体的细胞系，关于使用编码一种或多种免疫原的腺病毒载体在体外或体内将免疫原递送至细胞的方法，以及关于使用编码一种或多种免疫原的腺病毒载体在哺乳动物(例如，人)内诱导免疫应答方法。
66.本文提供的腺病毒载体(例如，编码一种或多种免疫原的腺病毒载体)可以衍生自任何腺病毒。用于产生本文提供的腺病毒载体的腺病毒可以是任何适当的血清型(例如，ad1
–
ad57)。在一些情况下，腺病毒可以是可复制型腺病毒。在一些情况下，腺病毒可以是复制缺陷型腺病毒。在一些情况下，腺病毒能够感染人细胞(例如，可以是人腺病毒)。在一些情况下，腺病毒能够感染非人细胞(例如，可以是非人腺病毒)，例如黑猩猩细胞。可以用于制备本文提供的腺病毒载体的腺病毒的实例包括但不限于ad5腺病毒、ad6腺病毒、chadox1和chadox2。
67.在一些情况下，本文提供的腺病毒载体(例如，编码一种或多种免疫原的腺病毒载体)可以是sc-ad。sc-ad可以具有缺少下述腺病毒核酸序列中的至少一种的全部或一部分的基因组：纤维蛋白编码序列、v蛋白编码序列、六邻体编码序列、五邻体基座编码序列(也被称为piii编码序列)、varna编码序列、piiia蛋白编码序列(也被称为次要衣壳蛋白编码序列)、或者其它早期或晚期基因产物编码序列。编码腺病毒多肽的核酸序列的实例包括但
不限于genbank gi编号209842、58478或2935210中所示的和/或genbank登录号m73260、x17016或af030154中注释的那些核酸序列。在一些情况下，编码下述多肽中的一种或多种的核酸的全部或一部分的缺失可以改造到编码腺病毒的核酸内，使得腺病毒载体并不编码该全长腺病毒多肽或该腺病毒多肽的完整功能形式：纤维蛋白编码序列、v蛋白编码序列、六邻体编码序列、五邻体基座编码序列、va rna编码序列、piiia蛋白编码序列或者其它早期或晚期基因产物编码序列。此类缺失可以是导致一个或多个编码氨基酸的缺失以及该多肽的正常功能减少或消除的任何长度。例如，可以去除腺病毒的核酸序列的一部分，使得以其它方式编码的多肽缺少5、6、7、8、9、10、15、20、25、30个或更多个氨基酸残基，并且缺少其正常活性。待缺失的一个或多个部分可以从沿着序列长度的任何定位处去除。例如，腺病毒核酸序列的一部分可以在腺病毒核酸的5'端、3'端或内部区域处去除，所述腺病毒核酸例如纤维蛋白编码序列、v蛋白编码序列、六邻体编码序列、五邻体基座编码序列、va rna编码序列、piiia蛋白编码序列或者其它早期或晚期基因产物编码序列。在一些情况下，sc-ad可以如其它地方描述的(参见例如，matchett等人，j.of virol.，2019 93(10):e02016-18(2019)；以及国际pct专利申请公开号wo 2009/111738)。
68.本文提供的腺病毒载体(例如，编码一种或多种免疫原的腺病毒载体)可以包括编码任何适当的免疫原的核酸序列(例如，驱动任何适当的免疫原表达的核酸)。在一些情况下，免疫原可以是抗原。免疫原可以是全长免疫原性多肽或其一部分(例如，可以衍生自免疫原性多肽)。
69.当免疫原性多肽来自病原体时，免疫原性多肽可以来自任何类型的病原体(例如，病毒、细菌、原生动物、朊病毒、类病毒或真菌)。在一些情况下，免疫原性多肽可以是由病毒表达的多肽(例如，病毒多肽)。例如，免疫原性多肽可以是由冠状病毒(例如，β冠状病毒)表达的多肽。可以表达免疫原性多肽的病毒的实例包括但不限于sars-cov、hcov nl63、hku1、mers-cov、sars-cov-2、hiv-1、乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒、丁型肝炎病毒、戊型肝炎病毒、流感、埃博拉病毒、基孔肯雅病毒、寨卡病毒、巨细胞病毒、西尼罗河病毒、以及“learning from sars:preparing for the next disease outbreak:workshop summary.”institute of medicine(us)forum on microbial threats；knobler s，mahmoud a，lemon s等人，编辑.washington(dc):national academies press(us)；2004的表3-1中描述的那些病毒。在一些情况下，免疫原可以衍生自由细菌表达的多肽(例如，细菌多肽)。表达可以衍生为免疫原的多肽的细菌的实例包括但不限于梭菌属(clostridium)(例如，艰难梭菌)、金黄色葡萄球菌(staphylococcus aureus)(例如，耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant s.aureus))、弯曲杆菌属(campylobacter)(例如，空肠弯曲杆菌(campylobacter jejuni))、分枝杆菌属(mycobacteria)(例如，结核分枝杆菌(m.tuberculosis))和疏螺旋体属(borrelia)(伯氏疏螺旋体(b.burgdorferi))。可以由病原体表达的免疫原性多肽的实例包括但不限于艰难梭菌毒素a(tcda)多肽、艰难梭菌毒素b(tcdb)多肽、冠状病毒刺突多肽、seq id no:1中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)、冠状病毒核蛋白、冠状病毒膜蛋白、冠状病毒包膜蛋白和冠状病毒非结构蛋白(例如，冠状病毒非结构蛋白1-16)。例如，与病原体相关的免疫原性多肽可以具有以下或可以由以下编码：例如美国国家生物技术信息中心(national center for biotechnology information)(ncbi)登录号：mn938384和ay772062中所示的序列。
70.当免疫原性多肽来自变应原时，免疫原性多肽可以来自任何类型的变应原(例如，能够触发导致过敏反应的免疫应答的物质)。可以表达和/或脱落免疫原性多肽的变应原的实例包括但不限于fel d 7、can f1、β-乳球蛋白、醇溶蛋白、小白蛋白、麦醇溶蛋白、fel d1、几丁质酶、麦谷蛋白、cupin、醇溶蛋白、抑制蛋白(profilins)、polcalcins、bet v-1相关蛋白、2s白蛋白、豌豆球蛋白(vicilins)、豆球蛋白、nsltp和aed a 2。例如，本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体可以用于将免疫原递送至哺乳动物(例如，人)，使得哺乳动物产生针对与那些免疫原相关的变应原的抗体。例如，可以编码腺病毒载体(其编码一种或多种免疫原)的核酸分子可以用于将免疫原递送至哺乳动物(例如，人)，使得哺乳动物产生针对与那些免疫原相关的变应原的抗体。例如，与变应原相关的免疫原性多肽可以具有以下或可以由以下编码：例如下述ncbi登录号中所示的序列：np_001363134.1、aad56719、np_001363136.1、np_001363139.1、p27762.1、p10414.2、p15494.2、p43176.2、np_001191706.1、np_001003190.1、xp_030099003.1或xp_001657779.1。
71.当免疫原性多肽来自癌细胞(例如，在患有癌症的哺乳动物内的癌细胞)时，免疫原性多肽可以由任何癌细胞表达。例如，由癌细胞表达的免疫原性多肽可以是肿瘤抗原。在一些情况下，由癌细胞表达的免疫原性多肽可以是细胞表面肿瘤抗原。在一些情况下，由癌细胞表达的免疫原性多肽可以是肿瘤相关抗原(taa；例如，存在于肿瘤细胞上的抗原，例如异常蛋白质)。在一些情况下，免疫原性多肽可以是肿瘤特异性抗原(tsa；例如，仅存在于肿瘤细胞上的抗原)。可以由癌细胞表达并且如本文所述使用的免疫原性多肽的实例包括但不限于叶酸受体α、粘蛋白1(muc-1)、人表皮生长因子受体2(her-2)、雌激素受体(er)、表皮生长因子受体(egfr)、叶酸受体α、间皮素、甲胎蛋白(afp)、癌胚抗原(cea)、ca-125、上皮肿瘤抗原(eta)、黑色素瘤相关抗原(mage)、由eb病毒产生的抗原以及人乳头状瘤病毒产生的抗原。例如，如本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体可以用于将免疫原递送至哺乳动物(例如，人)，使得哺乳动物产生针对与那些免疫原相关的癌细胞的抗体。例如，可以编码如本文所述的腺病毒载体(其编码一种或多种免疫原)的核酸分子可以用于将免疫原递送至哺乳动物(例如，人)，使得哺乳动物产生针对与那些免疫原相关的癌细胞的抗体。例如，与癌细胞相关的免疫原性多肽可以具有以下或可以由以下编码：例如下述ncbi登录号中所示的序列：xp_002754883.1、aaa03229.1、q02496.2、aad33253.1、ceq32409.1、yp_401631.1、yp_401632.1或qar15051.1。
72.当免疫原性多肽来自癌细胞(例如，在患有癌症的哺乳动物内的癌细胞)时，免疫原性多肽可以由任何类型的癌细胞表达。此类癌症的实例包括但不限于肺癌、乳腺癌、前列腺癌、肝癌、肾癌、脑癌、b细胞癌、t细胞癌、卵巢癌和皮肤癌。
73.免疫原可以是全长免疫原性多肽或其一部分(例如，可以衍生自免疫原性多肽)。例如，编码免疫原性多肽的核酸序列可以进行修饰，以去除核酸的一部分，使得所编码的多肽缺少任何数目的氨基酸(例如，免疫原性多肽的5、10、15、20、30个氨基酸，或所有氨基酸)。在一些情况下，编码免疫原性多肽的核酸序列的一部分可以从沿着序列长度的任何地方处去除。例如，核酸序列的一部分可以在靶核酸的5'端、3'端或内部区域处去除。在一些情况下，免疫原可以设计为由用编码免疫原的腺病毒载体感染的细胞分泌。例如，可以从编码免疫原的核酸序列中去除编码er保留序列的核酸序列(例如，使得所编码的免疫原缺少er保留序列)。在一些情况下，免疫原可以设计为从用编码免疫原的腺病毒载体感染的细胞
延伸到细胞外空间内。例如，免疫原可以包括免疫原性多肽的胞外结构域。在一些情况下，免疫原可以结合(例如，可以设计为结合)病毒受体(例如，ace2多肽)。例如，免疫原可以包括免疫原性多肽的受体结合结构域。
74.在一些情况下，免疫原可以包括两种或更多种本文所述的免疫原性多肽(例如，可以是其融合多肽)。例如，免疫原可以包括第一免疫原性多肽和第二免疫原性多肽。在一些情况下，第一免疫原性多肽和第二免疫原性多肽可以是不同的多肽。例如，免疫原可以包括tcda多肽和tcdb多肽(例如，tcda/b融合多肽)。在一些情况下，第一免疫原性多肽和第二免疫原性多肽可以是相同的多肽。例如，免疫原可以包括tcdb多肽和tcdb多肽(例如，tcdb/b融合多肽)。当免疫原包括第一免疫原性多肽和第二免疫原性多肽时，第一免疫原性多肽可以衍生自第一病原体，而第二免疫原性多肽可以衍生自第二病原体。第一病原体和第二病原体可以是相同的病原体或不同的病原体。当第一病原体和第二病原体是相同病原体时，第一免疫原性多肽和第二免疫原性多肽可以衍生自该病原体的不同株。例如，第一免疫原性多肽和第二免疫原性多肽可以衍生自相同细菌(例如，艰难梭菌)的不同菌株。
75.可以如本文所述使用的衍生自免疫原性多肽的免疫原的实例包括但不限于seq id no:2中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)，seq id no:3中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)，seq id no:4中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)，seq id no:11中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)，seq id no:12中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)，seq id no:13中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)，seq id no:14中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)，seq id no:15中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)，seq id no:16中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)，seq id no:17中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)，seq id no:18中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)，seq id no:19中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)，seq id no:42中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)，seq id no:43中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)，seq id no:44中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)，seq id no:45中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)，seq id no:46中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)，seq id no:47中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)，以及seq id no:48中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)。
76.在一些情况下，本文所述的免疫原可以是野生型免疫原的变体。例如，冠状病毒刺突多肽(例如，sars-cov-2刺突多肽)的变体可以包含以下或基本上由以下组成：seq id no:1-4中任何一个中所示的氨基酸序列，其具有一个或多个(例如，一个、两个、三个、四个、五个、六个、七个、八个、九个、十个或更多个)氨基酸缺失、添加、取代或其组合。可以存在于冠状病毒刺突多肽(例如，如seq id no:1-4中任何一个中编号的)的变体中的氨基酸缺失的实例包括但不限于残基69-70的缺失、残基144的缺失、残基156-157的缺失、残基241-243的缺失和残基246-252的缺失。可以存在于冠状病毒刺突多肽(例如，如seq id no:1-4中任何一个中编号的)的变体中的氨基酸取代的实例包括但不限于l5f氨基酸取代、s13i氨基酸取代、l18f氨基酸取代、t19r氨基酸取代、t20n氨基酸取代、p26s氨基酸取代、g75i氨基酸取代、a67v氨基酸取代、v70f氨基酸取代、t76i氨基酸取代、d80a氨基酸取代、d80g氨基酸取代、t95i氨基酸取代、d138y氨基酸取代、g142d氨基酸取代、w152c氨基酸取代、e154k氨基酸取代、f157s氨基酸取代、r158g氨基酸取代、r190s氨基酸取代、d215g氨基酸取代、a222v氨
基酸取代、d253g氨基酸取代、w258l氨基酸取代、k417n氨基酸取代、k417t氨基酸取代、l452r氨基酸取代、l452q氨基酸取代、y453f氨基酸取代、s477n氨基酸取代、t478k氨基酸取代、e484q氨基酸取代、e484k氨基酸取代、f490s氨基酸取代、e484k氨基酸取代、s494p氨基酸取代、n501y氨基酸取代、a570d氨基酸取代、d614g氨基酸取代、h655y氨基酸取代、q677h氨基酸取代、p681h氨基酸取代、p681r氨基酸取代、a701v氨基酸取代、t716i氨基酸取代、t859n氨基酸取代、f888l氨基酸取代、d950n氨基酸取代、q957r氨基酸取代、s982a氨基酸取代、k986p氨基酸取代、v987p氨基酸取代、t1027i氨基酸取代、q1071h氨基酸取代、d1118h氨基酸取代和k1191n氨基酸取代。例如，冠状病毒刺突多肽的变体可以包括k986p氨基酸取代和v987p氨基酸取代(例如，pp取代)。在一些情况下，冠状病毒刺突多肽的变体可以是冠状病毒刺突多肽的γmink变体。在一些情况下，冠状病毒刺突多肽的变体可以是冠状病毒刺突多肽的δ变体。在一些情况下，冠状病毒刺突多肽的变体可以是冠状病毒刺突多肽的λ变体。在一些情况下，冠状病毒刺突多肽的变体可以是冠状病毒刺突多肽的ε变体。在一些情况下，冠状病毒刺突多肽的变体可以是冠状病毒刺突多肽的δ+变体。
77.在一些情况下，本文所述的免疫原可以具有这样的氨基酸序列，其与seq id no:1-4中任何一个中所示的氨基酸序列具有至少85％序列同一性(例如，至少88％序列同一性、至少90％序列同一性、至少93％序列同一性、至少95％序列同一性、至少97％序列同一性、至少98％序列同一性、或至少99％序列同一性)。
78.如下确定特定氨基酸序列与通过特定序列标识号所提及的序列之间的百分比序列同一性。首先，使用来自含有blastn版本2.0.14和blastp版本2.0.14的blastz独立版本的blast 2sequences(bl2seq)程序，将氨基酸序列与特定序列标识号中所示的序列进行比较。blastz的这种独立版本可以在fr.com/blast或ncbi.nlm.nih.gov处在线获得。可以在伴随blastz的自述文件中找到解释如何使用bl2seq程序的说明书。bl2seq使用blastn或blastp算法来执行两个序列之间的比较。blastn用于比较核酸序列，而blastp用于比较氨基酸序列。为了比较两个核酸序列，选项如下进行设定：-i设定为含有待比较的第一核酸序列的文件(例如，c:\seq1.txt)；-j设定为含有待比较的第二核酸序列的文件(例如，c:\seq2.txt)；-p设定为blastn；-o设定为任何所需的文件名(例如，c:\output.txt)；-q设定为-1；-r设定为2；并且所有其它选项保留其默认设置。例如，下述命令可以用于生成含有两个序列之间的比较的输出文件：c:\bl2seq-ic:\seq1.txt-j c:\seq2.txt-p blastn-o c:\output.txt-q-1-r 2。为了比较两个氨基酸序列，bl2seq的选项如下进行设定：-i设定为含有待比较的第一氨基酸序列的文件(例如，c:\seq1.txt)；-j设定为含有待比较的第二氨基酸序列的文件(例如，c:\seq2.txt)；-p设定为blastp；-o设定为任何所需的文件名(例如，c:\output.txt)；并且所有其它选项保留其默认设置。例如，下述命令可以用于生成含有两个氨基酸序列之间的比较的输出文件：c:\bl2seq-i c:\seq1.txt-j c:\seq2.txt-p blastp-oc:\output.txt。如果两个比较序列共享同源性，则指定的输出文件将那些同源区域呈现为比对的序列。如果两个比较序列并不共享同源性，则指定的输出文件将不呈现比对的序列。一旦比对，就通过计数其中等同的核苷酸或氨基酸残基存在于两个序列中的位置数目来确定匹配的数目。匹配的位置指其中等同的氨基酸出现在比对序列中的相同位置处的位置。百分比序列同一性通过以下进行确定：将匹配数目除以鉴定序列(例如，seq id no:1、seq id no:2、seq id no:3或seq id no:4)中所示的序列长度，随后将所得到的值乘
以100。例如，当与seq id no:2中所示的序列进行比对时具有220个匹配的氨基酸序列与seq id no:2中所示的序列是93.2％等同的(即220
÷
236x100＝93.2)。应注意百分比序列同一性值四舍五入到最接近的十分之一。例如，75.1、75.2、75.3和75.4向下舍入为75，而75.5、75.6、75.7、75.8和75.9向上舍入为76。还应注意，长度值始终为整数。
79.在一些情况下，冠状病毒刺突多肽变体可以含有seq id no:1-4中任何一个中所示的完整氨基酸序列，除了氨基酸序列含有1个至10个(例如，1个至9个、2个至9个、1个至8个、2个至8个、1个至7个、1个至6个、1个至5个、1个至4个、1个至3个、2个或1个)氨基酸添加、缺失、取代或其组合，条件是冠状病毒刺突多肽变体具有在哺乳动物(例如，人)内诱导针对冠状病毒的免疫应答的能力。在一些情况下，冠状病毒刺突多肽变体可以基本上由seq id no:1-4中任何一个中所示的氨基酸序列组成，除了氨基酸序列含有在序列标识符(例如，seq id no:1)的联接序列之前的一个、两个、三个、四个或五个氨基酸残基，和/或具有在序列标识符(例如，seq id no:1)的联接序列之后的一个、两个、三个、四个或五个氨基酸残基之外，条件是冠状病毒刺突多肽具有在哺乳动物(例如，人)内诱导针对冠状病毒的免疫应答的能力。
80.在一些情况下，本文提供的腺病毒载体(例如，编码一种或多种免疫原的腺病毒载体)可以包括编码来自不同免疫原性多肽的两种或更多种(例如，两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或更多种)免疫原的核酸序列。例如，本文提供的腺病毒载体可以包括编码衍生自第一病原体的免疫原(例如，衍生自通过sars-cov-2表达的免疫原性多肽的免疫原)的核酸序列，并且可以包括编码衍生自第二病原体的免疫原(例如，衍生自通过除sars-cov-2外的病原体表达的免疫原性多肽的免疫原)的核酸序列。在一些情况下，包括核酸序列(其编码衍生自通过不同病原体表达的免疫原性多肽的两种或更多种免疫原)的本文提供的腺病毒载体可以包括编码多肽的核酸序列，所述多肽包含以下、由以下组成或基本上由以下组成：seq id no:1-4中任何一个中所示的氨基酸序列，并且可以包括编码多肽的核酸序列，所述多肽包含以下、由以下组成或基本上由以下组成：seq id no:20-21中任何一个中所示的氨基酸序列。当本文提供的腺病毒载体包括编码来自通过不同病原体表达的免疫原性多肽的两种或更多种免疫原的核酸序列时，腺病毒载体可以用于诱导针对两种或更多种病原体的免疫应答。
81.在一些情况下，本文提供的腺病毒载体(例如，编码一种或多种免疫原的腺病毒载体)可以包括编码来自相同免疫原性多肽和/或相同病原体的两种或更多种(例如，两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或更多种)免疫原的核酸序列。例如，本文提供的腺病毒载体可以包括编码衍生自相同病原体的两种或更多种免疫原的核酸序列。在一些情况下，包括核酸序列(其编码衍生自通过流感病毒表达的免疫原性多肽的两种或更多种免疫原)的本文提供的腺病毒载体可以包括编码多肽的核酸序列，所述多肽包含以下、由以下组成或基本上由以下组成：seq id no:20中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)，并且可以包括编码多肽的核酸序列，所述多肽包含以下、由以下组成或基本上由以下组成：seq id no:21中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)。
82.在一些情况下，包括编码一种或多种(例如，一种、两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或更多种)免疫原的核酸序列的本文提供的腺病毒载体(例如，编码一种或多种免疫原的腺病毒载体)，还可以包括一种或多种调控序列(例如，增强子或启动子
序列，例如组成型、诱导型和/或组织特异性启动子序列)，以驱动免疫原的转录。可以用于驱动编码本文提供的腺病毒的一种或多种免疫原的核酸序列表达的增强子和启动子的实例包括但不限于cmv增强子序列、cmv启动子序列、cag增强子序列、cag启动子序列、rsv增强子序列、rsv启动子序列、ef1α增强子序列、ef1α启动子序列、泛素蛋白质增强子序列、泛素蛋白质启动子序列、腺病毒增强子序列和腺病毒启动子序列。任何适当的方法可以用于检测来自腺病毒载体感染的细胞的免疫原的表达。例如，识别免疫原的抗体可以用于检测免疫原的存在或不存在。
83.在一些情况下，本文提供的腺病毒载体(例如，编码一种或多种免疫原的腺病毒载体)可以包括编码一种或多种(例如，一种、两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或更多种)佐剂多肽的核酸序列(例如，驱动一种或多种佐剂多肽的表达的核酸)。例如，腺病毒载体可以包括编码一种或多种多肽的核酸序列，所述多肽可以增强哺乳动物内的免疫应答。在一些情况下，佐剂多肽可以是细胞因子。在一些情况下，佐剂多肽可以是免疫刺激物。在一些情况下，佐剂多肽可以是毒素。在一些情况下，佐剂多肽可以加速针对存在于哺乳动物内的病原体的全身性t细胞应答。在一些情况下，佐剂多肽可以在其中病原体可以进入哺乳动物的体内的部位处增加针对病原体的抗体浓度。例如，佐剂多肽可以在其中病毒可以进入哺乳动物的体内的粘膜部位处增加针对病毒(例如，冠状病毒)的抗体浓度。可以通过本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体编码的佐剂多肽的实例包括但不限于粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(gm-csf)多肽、白细胞介素4(il-4)多肽、白细胞介素21(il-21)多肽、cd40配体(cd40l)多肽、4-1bb配体(4-1bbl)多肽、转化生长因子β(tgf-β)多肽、艰难梭菌毒素多肽(例如，艰难梭菌tcda多肽(参见例如，seq id no:22)、艰难梭菌tcdb多肽(参见例如，seq id no:23)、和/或seq id no:10中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5))和流感多肽(例如，n多肽、h多肽、m多肽、seq id no:20中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)和/或seq id no:21中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5))。在一些情况下，佐剂多肽(例如，seq id no:22)之前可以为aat分泌序列(例如，mpssvswgilllaglcclvpvslaedp；seq id no:28)。在一些情况下，编码佐剂多肽(例如，seq id no:23)的核酸序列之前可以为切割位点，例如合成的弗林蛋白酶切割位点(例如，rgrrsrgrrs；seq id no:29)。可以编码本文所述的佐剂多肽的核酸序列的实例包括但不限于seq id no:24中所示的核酸序列(参见例如，实施例5)和seq id no:25中所示的核酸序列(参见例如，实施例5)。在一些情况下，编码佐剂多肽的核酸序列(例如，seq id no:24)之前可以为aat分泌序列(例如，atgccttcatccgtgtcatggggaatcctgctgctggctggactg tgctgtctggtgcctgtctcactggccgaggaccct；seq id no:40)。在一些情况下，编码佐剂多肽的核酸序列(例如，seq id no:25)之前可以为切割位点，例如合成的弗林蛋白酶切割位点(例如，agaggacggagatcaagaggaaggcgcagc；seq id no:41)。佐剂多肽可以是本文所述的佐剂多肽的全长多肽或片段，条件是所述片段具有增强免疫应答的能力(例如，生物活性片段)。在一些情况下，佐剂多肽可以如其它地方描述的(参见例如，matchett等人，vaccines，8(1):64(2020))。
84.在一些情况下，本文提供的腺病毒载体(例如，编码一种或多种免疫原的腺病毒载体)可以编码(例如，可以设计为编码)包括与佐剂多肽融合的免疫原的多肽。例如，编码免疫原的核酸序列可以与编码佐剂多肽的核酸序列融合(例如，使得所编码的免疫原与所编
码的佐剂多肽融合)。可以由本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体编码的，与佐剂多肽融合的免疫原的实例包括但不限于seq id no:5中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)。
85.在一些情况下，本文提供的腺病毒载体(例如，编码一种或多种免疫原的腺病毒载体)可以包括编码一种或多种(例如，一种、两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或更多种)膜片多肽的核酸序列(例如，驱动一种或多种膜片多肽的表达的核酸)。膜片多肽可以是全长多肽或其片段，条件是它减少病原体进入哺乳动物内的细胞内的速率或抑制病原体进入哺乳动物内的细胞内。在一些情况下，膜片多肽可以是可溶性多肽。例如，可溶性膜片多肽可以是全长膜片多肽或缺少跨膜结构域的膜片多肽的片段。例如，可溶性膜片多肽可以包括膜片多肽的胞外结构域。在一些情况下，膜片多肽可以靶向(例如，靶向并结合)特定病原体(例如，病毒如冠状病毒)，以减少病原体进入哺乳动物内的细胞内的速率或抑制病原体进入哺乳动物内的细胞内。在一些情况下，膜片多肽可以靶向(例如，靶向并结合)两种、三种、四种、五种、六种或更多种不同的病原体。在一些情况下，膜片多肽可以包括一个或多个突变(例如，失活突变)。可以通过本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体编码的膜片多肽的实例包括但不限于全长ace2多肽及其片段、全长cd13多肽及其片段、全长ceacam1多肽及其片段、全长唾液酸化多肽及其片段、全长cd46多肽及其片段、全长巢蛋白多肽及其片段、seq id no:8中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)、以及seq id no:9中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)。
86.在一些情况下，本文提供的腺病毒载体(例如，编码一种或多种免疫原的腺病毒载体)可以编码(例如，可以设计为编码)包括与膜片多肽融合的免疫原的多肽。例如，编码免疫原的核酸序列可以包括编码膜片多肽的核酸序列(例如，使得所编码的免疫原与所编码的膜片多肽融合)。
87.在一些情况下，本文提供的腺病毒载体(例如，编码一种或多种免疫原的腺病毒载体)可以包括编码一种或多种(例如，一种、两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或更多种)标记物多肽的核酸序列(例如，驱动一种或多种标记物多肽的表达的核酸)。可以通过本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体编码的标记物多肽的实例包括但不限于荧光多肽(例如，gfp、rfp、cfp和yfp)、链霉抗生物素蛋白多肽、cre重组酶多肽、cas多肽、萤光素酶多肽、β-半乳糖苷酶多肽和钠碘同向转运蛋白多肽。
88.在一些情况下，本文提供的腺病毒载体(例如，编码一种或多种免疫原的腺病毒载体)可以包括编码可以形成多聚体的一种或多种(例如，一种、两种、三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或更多种)多肽的核酸序列(例如，驱动可以形成多聚体的一种或多种多肽的表达的核酸)。可以通过本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体编码的可以形成多聚体的多肽的实例，包括但不限于免疫球蛋白恒定区多肽(例如，ig多肽)、链霉亲和素多肽和σ螺旋多肽。
89.在一些情况下，本文提供的腺病毒载体(例如，编码一种或多种免疫原的腺病毒载体)可以编码(例如，可以设计为编码)多肽，所述多肽包括与可以形成多聚体的多肽融合的免疫原。例如，编码免疫原的核酸序列可以包括编码可以形成多聚体的多肽的核酸序列(例如，使得所编码的免疫原与所编码的可以形成多聚体的多肽融合)。可以通过本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体编码的，与可以形成多聚体的多肽融合的免疫原的实例
包括但不限于seq id no:5中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)、seq id no:6中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)、以及seq id no:7中所示的氨基酸序列(参见例如，实施例5)。
90.在一些情况下，本文提供的腺病毒载体(例如，编码一种或多种免疫原的腺病毒载体)可以具有这样的基因组，其与seq id no:28-39中任何一个中所示的序列具有至少85％同一性(例如，至少88％序列同一性、至少90％序列同一性、至少93％序列同一性、至少95％序列同一性、至少97％序列同一性、至少98％序列同一性、或至少99％序列同一性)。例如，本文提供的腺病毒载体可以具有包含以下、由以下组成或基本上由以下组成的基因组：seq id no:28中所示的核酸序列(参见例如，实施例5)。例如，本文提供的腺病毒载体可以具有包含以下、由以下组成或基本上由以下组成的基因组：seq id no:29中所示的核酸序列(参见例如，实施例5)。例如，本文提供的腺病毒载体可以具有包含以下、由以下组成或基本上由以下组成的基因组：seq id no:30中所示的核酸序列(参见例如，实施例5)。例如，本文提供的腺病毒载体可以具有包含以下、由以下组成或基本上由以下组成的基因组：seq id no:31中所示的核酸序列(参见例如，实施例5)。例如，本文提供的腺病毒载体可以具有包含以下、由以下组成或基本上由以下组成的基因组：seq id no:32中所示的核酸序列(参见例如，实施例5)。例如，本文提供的腺病毒载体可以具有包含以下、由以下组成或基本上由以下组成的基因组：seq id no:33中所示的核酸序列(参见例如，实施例5)。例如，本文提供的腺病毒载体可以具有包含以下、由以下组成或基本上由以下组成的基因组：seq id no:34中所示的核酸序列(参见例如，实施例5)。例如，本文提供的腺病毒载体可以具有包含以下、由以下组成或基本上由以下组成的基因组：seq id no:35中所示的核酸序列(参见例如，实施例5)。例如，本文提供的腺病毒载体可以具有包含以下、由以下组成或基本上由以下组成的基因组：seq id no:36中所示的核酸序列(参见例如，实施例5)。例如，本文提供的腺病毒载体可以具有包含以下、由以下组成或基本上由以下组成的基因组：seq id no:37中所示的核酸序列(参见例如，实施例5)。例如，本文提供的腺病毒载体可以具有包含以下、由以下组成或基本上由以下组成的基因组：seq id no:38中所示的核酸序列(参见例如，实施例5)。例如，本文提供的腺病毒载体可以具有包含以下、由以下组成或基本上由以下组成的基因组：seq id no:39中所示的核酸序列(参见例如，实施例5)。
91.在一些情况下，本文提供的腺病毒载体(例如，编码一种或多种免疫原的腺病毒载体)可以具有这样的基因组，其包括seq id no:28-39中任何一个中所示的一个或多个编码区。例如，sc-ad可以设计为具有这样的基因组，其中所述sc-ad的所有编码的多肽具有与由seq id no:28-39中任何一个中所示的核酸编码的那些多肽相同的氨基酸序列。
92.本文件还提供了可以编码本文提供的腺病毒载体的核酸分子(例如，本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体如sc-ad)。如本文使用的，术语“核酸”涵盖rna和dna两者，包括cdna、基因组dna和合成的(例如，化学合成的)dna。核酸可以是双链的或单链的。单链核酸可以是正义链或反义链。另外，核酸可以是环状的或线性的。
93.本文件还提供了含有本文所述的腺病毒载体(例如，本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体如sc-ad)的细胞(例如，细胞系)。在其中腺病毒载体缺少至少一种腺病毒序列的全部或一部分的情况下，含有腺病毒载体的细胞可以提供缺失的腺病毒多肽。例如，当腺病毒设计为缺少编码腺病毒纤维多肽的核酸时，表达腺病毒纤维多肽的细胞系
可以用于生成腺病毒，使得腺病毒含有纤维多肽(例如，野生型纤维多肽)，同时缺少编码纤维多肽(例如，野生型纤维多肽)的核酸。例如，当腺病毒设计为缺少编码v多肽的核酸时，表达腺病毒v多肽的细胞系可以用于生成腺病毒，使得腺病毒含有v多肽(例如，野生型v多肽)，同时缺少编码v多肽(例如，野生型v多肽)的核酸。例如，当腺病毒设计为缺少编码piiia多肽的核酸时，表达腺病毒piiia多肽的细胞系可以用于生成腺病毒，使得腺病毒含有piiia多肽(例如，野生型piiia多肽)，同时缺少编码piiia多肽(例如，野生型piiia多肽)的核酸。在一些情况下，含有本文所述的腺病毒载体的细胞可以将该病毒的可用拷贝数增加到至少100倍(例如，100倍至15,000倍、500至10,000倍、5,000至10,000倍、或5,000至15,000倍)。病毒可以进行扩增，直至在标准细胞培养基(例如，在37℃下在5％ co2中补充有5-10％胎牛血清的dmem或rpmi-1640)中获得所需浓度。病毒滴度通常通过在培养物中接种细胞(例如，a549或293细胞)，或者通过经由光密度或实时pcr定量病毒基因组进行测定。在一些情况下，含有本文提供的腺病毒载体的细胞可以用于繁殖腺病毒载体(例如，建立腺病毒载体的原液)。例如，可以通过在哺乳动物细胞中生长来产生腺病毒载体的原液。在一些情况下，可以将腺病毒载体的原液等分并冷冻，并且可以贮存于-70℃至-80℃下(例如，以高于治疗有效剂量的浓度)。在一些情况下，可以将腺病毒载体的原液贮存于稳定溶液中。稳定溶液的实例包括但不限于糖(例如，海藻糖、右旋糖和葡萄糖)、氨基酸、甘油、明胶、谷氨酸一钠、ca
2+
和mg
2+
。
94.在一些情况下，本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体(和/或可以编码本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体的核酸分子)，可以配制成组合物(例如，药物组合物如疫苗组合物)，以用于给哺乳动物施用。例如，本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体(和/或可以编码本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体的核酸分子)，可以连同一种或多种药学上可接受的载体(添加剂)、赋形剂和/或稀释剂一起进行配制。可以用于本文所述的组合物中的药学上可接受的载体、赋形剂和稀释剂的实例包括但不限于蔗糖、乳糖、淀粉(例如，羟基乙酸淀粉)、纤维素、纤维素衍生物(例如，改性纤维素如微晶纤维素、以及纤维素醚如羟丙基纤维素(hpc)和纤维素醚羟丙基甲基纤维素(hpmc))、木糖醇、山梨糖醇、甘露糖醇、明胶、聚合物(例如，聚乙烯吡咯烷酮(pvp)、聚乙二醇(peg)、交联聚乙烯吡咯烷酮(交聚维酮)、羧甲基纤维素、聚乙烯-聚氧丙烯-嵌段聚合物和交联羧甲基纤维素钠(交联羧甲纤维素钠))、二氧化钛、偶氮染料、硅胶、热解法二氧化硅、滑石、碳酸镁、植物脂、硬脂酸镁、硬脂酸铝、硬脂酸、抗氧化剂(例如，维生素a、维生素e、维生素c、棕榈酸视黄酯和硒)、柠檬酸、柠檬酸钠、对羟基苯甲酸酯(例如，对羟基苯甲酸甲酯和对羟基苯甲酸丙酯)、矿脂、二甲基亚砜、矿物油、血清蛋白(例如，人血清白蛋白)、甘氨酸、山梨酸、山梨酸钾、水、盐或电解质(例如，盐水、硫酸鱼精蛋白、磷酸氢二钠、磷酸氢钾、氯化钠和锌盐)、胶体二氧化硅、三硅酸镁、聚丙烯酸酯、蜡、羊毛脂、卵磷脂和玉米油。合适的药物制剂部分取决于用途和施用途径。此类形式不应阻止组合物或制剂到达靶细胞或发挥其效应。例如，注射到血流内的药物组合物应该是可溶的。
95.在一些情况下，包括本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体(和/或可以编码本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体的核酸分子)的组合物，可以包括多个等同的设计为包括一种或多种免疫原的腺病毒载体(和/或可以编码本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体的核酸分子)。
96.在一些情况下，包括本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体(和/或可以编码本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体的核酸分子)的组合物，可以包括两种或更多种(例如，两种、三种、四种、五种或更多种)不同的腺病毒载体的群体。例如，组合物可以设计为包括两个腺病毒载体群体，其中第一群体含有一种或多种冠状病毒免疫原(例如，seq id no:1-4、42-44、47和48中任何一个中所示的氨基酸序列)，并且第二群体含有一种或多种佐剂多肽(例如，gm-csf多肽、il-4多肽、il-21多肽、cd40l多肽、4-1bbl多肽、tgf-β多肽、艰难梭菌tcda多肽、艰难梭菌tcdb多肽和/或其生物活性片段)。例如，组合物可以设计为包括两个腺病毒载体群体，其中第一群体含有一种或多种冠状病毒免疫原(例如，seq id no:1-4、42-44、47和48中任何一个中所示的氨基酸序列)，并且第二群体含有膜片多肽(例如，ace2多肽的片段)。
97.在一些情况下，包括本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体(和/或可以编码本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体的核酸分子)的组合物，可以设计为包括其中组合物的每个腺病毒载体群体含有单一免疫原的不同腺病毒载体的群体(和/或可以编码本文所述的编码单一免疫原的腺病毒载体的核酸分子)。例如，腺病毒载体的组合物可以设计为包括具有第一冠状病毒免疫原(例如，seq id no:1-4、42-44、47和48中任何一个中所示的氨基酸序列)的第一腺病毒载体群体，以及具有第二冠状病毒免疫原(例如，seq id no:1-4、42-44、47和48中任何一个中所示的氨基酸序列)的第二腺病毒载体群体。例如，腺病毒载体的组合物可以设计为包括具有第一冠状病毒免疫原(例如，seq id no:1-4、42-44、47和48中任何一个中所示的氨基酸序列)的第一腺病毒载体群体，具有第二冠状病毒免疫原(例如，seq id no:1-4、42-44、47和48中任何一个中所示的氨基酸序列)的第二腺病毒载体群体，以及具有第三冠状病毒免疫原(例如，seq id no:1-4、42-44、47和48中任何一个中所示的氨基酸序列)的第三腺病毒载体群体。在另一个实例中，腺病毒载体的组合物可以设计为包括具有第一冠状病毒免疫原(例如，seq id no:1-4、42-44、47和48中任何一个中所示的氨基酸序列)的第一腺病毒载体群体，具有第二冠状病毒免疫原(例如，seq id no:1-4、42-44、47和48中任何一个中所示的氨基酸序列)的第二腺病毒载体群体，以及具有佐剂多肽(例如，gm-csf多肽、il-4多肽、il-21多肽、cd40l多肽、4-1bbl多肽、tgf-β多肽、艰难梭菌tcda多肽、艰难梭菌tcdb多肽和/或其生物活性片段)的第三腺病毒载体群体。在另一个实例中，腺病毒载体的组合物可以设计为包括具有第一冠状病毒免疫原(例如，seq id no:1-4、42-44、47和48中任何一个中所示的氨基酸序列)的第一腺病毒载体群体，具有第二冠状病毒免疫原(例如，seq id no:1-4、42-44、47和48中任何一个中所示的氨基酸序列)的第二腺病毒载体群体，以及具有膜片多肽(例如，ace2多肽的片段)的第三腺病毒载体群体。
98.本文件还提供了关于使用本文所述的腺病毒载体(例如，编码一种或多种免疫原的腺病毒载体)，和/或可以编码本文所述的腺病毒载体的核酸分子的方法。在一些情况下，本文所述的腺病毒载体和/或可以编码本文所述的腺病毒载体的核酸分子可以施用于哺乳动物(例如，人)，以增加针对病原体(例如，与由腺病毒载体编码的免疫原相关的细菌或病毒病原体)的免疫应答(例如，增加的抗体应答和/或增加的t细胞应答)。例如，本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体(和/或可以编码本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体的核酸分子)可以施用于哺乳动物，以向哺乳动物提供有效减少感染的严重
程度的免疫应答，所述感染由与腺病毒载体编码的免疫原相关的病原体引起。在一些情况下，本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体(和/或可以编码腺病毒载体(其编码一种或多种免疫原)的核酸分子)可以如本文所述的施用于哺乳动物，以向哺乳动物提供有效预防哺乳动物显示出感染的症状的免疫应答，所述感染由与腺病毒载体编码的免疫原相关的病原体引起。在一些情况下，本文所述的腺病毒载体和/或可以编码本文所述的腺病毒载体的核酸分子可以施用于哺乳动物(例如，人)，以增加哺乳动物内的b细胞应答。例如，本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体(和/或可以编码本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体的核酸分子)可以如本文所述的施用于哺乳动物，以使哺乳动物内的活化b细胞(例如，浆母细胞、浆细胞和记忆b细胞)数目增加例如10、20、30、40、50、60、70、80、90、95或更多百分比。
99.在一些情况下，本文所述的腺病毒载体和/或可以编码本文所述的腺病毒载体的核酸分子可以施用于哺乳动物(例如，人)，以增加哺乳动物内的抗体(例如，针对与由腺病毒载体编码的免疫原相关的病原体如细菌或病毒病原体的抗体)数目。例如，本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体(和/或可以编码本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体的核酸分子)可以如本文所述的施用于哺乳动物，以使哺乳动物内的抗体数目增加例如10、20、30、40、50、60、70、80、90、95或更多百分比。在一些情况下，本文所述的腺病毒载体和/或可以编码本文所述的腺病毒载体的核酸分子可以如本文所述的施用于哺乳动物，以在哺乳动物内产生针对免疫原的抗体共例如约一周(例如，约1至约7天、约1至约6天、约1至约5天、约1至约4天、约1至约3天、约2至约7天、约3至约7天、约4至约7天、约5至约7天、约2至约6天、约3至约5天、约2至约4天、约3至约5天、或约4至约6天)。
100.在一些情况下，本文所述的腺病毒载体和/或可以编码本文所述的腺病毒载体的核酸分子可以施用于哺乳动物(例如，人)，以增加哺乳动物内的t细胞应答。例如，本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体(和/或可以编码本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体的核酸分子)可以如本文所述的施用于哺乳动物，以使哺乳动物内的活化t细胞(例如，细胞毒性t细胞和巨噬细胞)数目增加例如10、20、30、40、50、60、70、80、90、95或更多百分比。
101.本文所述的腺病毒载体(例如，编码一种或多种免疫原的腺病毒载体)和/或可以编码本文所述的腺病毒载体的核酸分子，可以施用于任何适当的哺乳动物(例如，以增加该哺乳动物内针对与由腺病毒载体编码的免疫原相关的病原体如细菌或病毒病原体的免疫应答)。在一些情况下，哺乳动物可以是并未具有由病原体的先前感染的哺乳动物，所述病原体与由本文提供的腺病毒载体编码的免疫原相关。在一些情况下，哺乳动物可以是已具有由病原体的先前感染的哺乳动物，所述病原体密切关联(例如，遗传关联)与由本文提供的腺病毒载体编码的免疫原相关的病原体。在一些情况下，哺乳动物可以是具有由病原体的感染(例如，持续感染)的哺乳动物，所述病原体与由本文提供的腺病毒载体编码的免疫原相关。可以施用本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体(和/或可以编码本文所述的编码一种或多种免疫原的腺病毒载体的核酸分子)的哺乳动物的实例包括但不限于人、非人灵长类动物例如猴、犬、猫、马、牛、猪、绵羊、小鼠、大鼠、兔子、仓鼠、蝙蝠、浣熊和雪貂。在一些情况下，本文所述的方法和材料可以应用于禽类物种而不是哺乳动物。例如，本文所述的用于治疗哺乳动物的方法和材料可以应用于鸡和火鸡。在一些情况下，本文所述
的方法和材料可以应用于爬行动物物种而不是哺乳动物。在一些情况下，本文所述的方法和材料可以应用于两栖动物物种而不是哺乳动物。在一些情况下，本文所述的方法和材料可以应用于鱼类物种而不是哺乳动物。在一些情况下，可以向人施用本文所述的一种或多种腺病毒载体和/或可以编码本文所述的腺病毒载体的核酸分子，以增加针对病原体(例如，与由腺病毒载体编码的免疫原相关的细菌或病毒病原体)的免疫应答。
102.当施用本文所述的腺病毒载体(例如，编码一种或多种免疫原的腺病毒载体)和/或可以编码本文所述的腺病毒载体的核酸分子(例如，包括本文所述的腺病毒载体和/或可以编码本文所述的腺病毒载体的核酸分子的组合物如疫苗组合物)时，可以使用任何适当的施用途径。例如，本文提供的组合物(例如，疫苗组合物)可以经口(例如，舌下)或肠胃外(包括但不限于鼻内、皮下、肌内、静脉内、皮内、大脑内、鞘内或腹膜内)施用于哺乳动物(例如，人)。在一些情况下，本文提供的组合物(例如，疫苗组合物)的施用途径和/或模式可以对于待治疗的哺乳动物进行调整。在一些情况下，本文所述的腺病毒载体和/或可以编码本文所述的腺病毒载体的核酸分子可以经由粘膜递送施用于哺乳动物。在一些情况下，本文所述的腺病毒载体和/或可以编码本文所述的腺病毒载体的核酸分子可以如其它地方所述的(参见例如，weaver等人plos one，8(7):e67574(2013))施用于哺乳动物。
103.本文所述的腺病毒载体(例如，编码一种或多种免疫原的腺病毒载体)和/或可以编码本文所述的腺病毒载体的核酸分子(例如，包括本文提供的腺病毒载体和/或可以编码本文提供的腺病毒载体的核酸分子的组合物如疫苗组合物)，可以以任何适当的量(例如，任何适当的剂量)施用于哺乳动物(例如，人)。有效量可以取决于以下而变：施用途径、受试者的年龄和一般健康状况、赋形剂的使用、与其它治疗性治疗共使用例如其它药剂的使用的可能性、以及治疗医师的判断。含有编码一种或多种免疫原的腺病毒载体(和/或可以编码腺病毒载体(其编码一种或多种免疫原)的核酸分子)的组合物的有效量可以是可以如本文所述的在哺乳动物中诱导免疫应答而不对哺乳动物产生显著毒性的量。例如，编码一种或多种免疫原的腺病毒载体的有效量可以是例如约108个病毒颗粒(vp)至约10
14
个vp(例如，约108个vp至约10
13
个vp、约108个vp至约10
12
个vp、约108个vp至约10
11
个vp、约108个vp至约10
10
个vp、约108个vp至约109个vp、约109个vp至约10
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个vp、约10
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个vp至约10
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个vp、约10
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个vp至约10
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个vp、约10
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个vp至约10
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个vp、约10
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个vp至约10
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个vp、约109个vp至约10
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个vp、约10
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个vp至约10
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个vp、约109个vp至约10
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个vp、约10
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个vp至约10
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个vp或约101个vp至约10
13
个vp)。有效量可以保持恒定，或者可以取决于哺乳动物对治疗的应答按滑动比例或可变剂量进行调整。各种因素可以影响用于特定应用的实际有效量。例如，施用频率、治疗持续时间、多重治疗剂的使用和/或施用途径可能需要所施用的实际有效量的增加或降低。
104.本文提供的腺病毒载体(例如，编码一种或多种免疫原的腺病毒载体)和/或可以编码本文提供的腺病毒载体的核酸分子(例如，包括本文提供的腺病毒载体和/或可以编码本文提供的腺病毒载体的核酸分子的组合物如疫苗组合物)，可以以任何适当的频率施用于哺乳动物(例如，人)。施用频率可以是可以在哺乳动物中诱导免疫应答而不对哺乳动物产生显著毒性的任何频率。在一些情况下，本文提供的腺病毒载体和/或可以编码本文提供的腺病毒载体的核酸分子可以施用于哺乳动物一次(例如，在单次施用中)。在一些情况下，本文提供的腺病毒载体和/或可以编码本文提供的腺病毒载体的核酸分子可以施用于哺乳
动物数次(例如，作为数次施用)。例如，施用频率可以是约一天一次至约每三天一次、约一天一次至约一周一次、约一周一次至约每3周一次、或约一周一次至约每6周一次。施用频率在治疗的持续时间期间可以保持恒定或可以是可变的。关于有效量，各种因素可以影响用于特定应用的实际施用频率。例如，有效量、治疗持续时间、多重治疗剂的使用和/或施用途径可能需要施用频率的增加或降低。
105.本文提供的腺病毒载体(例如，编码一种或多种免疫原的腺病毒载体)和/或可以编码本文提供的腺病毒载体的核酸分子(例如，包括本文提供的腺病毒载体和/或可以编码本文提供的腺病毒载体的核酸分子的组合物如疫苗组合物)，可以施用于哺乳动物(例如，人)任何适当的持续时间。关于施用或使用含有编码一种或多种免疫原的腺病毒载体(和/或可以编码腺病毒载体(其编码一种或多种免疫原)的核酸分子)的组合物的有效持续时间可以是任何持续时间，其可以在哺乳动物中诱导免疫应答，而不对哺乳动物产生显著毒性。例如，有效持续时间可以从一两天到一周、从数天到数周、或从几天到一个月不等。多重因素可以影响用于特定治疗的实际有效持续时间。例如，有效持续时间可以随着施用频率、有效量、多重治疗剂的使用和/或施用途径而变。
106.在一些情况下，本文提供的腺病毒载体(例如，编码一种或多种免疫原的腺病毒载体)和/或可以编码本文提供的腺病毒载体的核酸分子(例如，包括本文提供的腺病毒载体和/或可以编码本文提供的腺病毒载体的核酸分子的组合物如疫苗组合物)，可以以有效量施用于哺乳动物(例如，人)一次、两次或三次，其中当使用多于一次施用时，每次施用间隔一周至四周。
107.在一些情况下，本文提供的一种或多种腺病毒载体(例如，编码一种或多种免疫原的腺病毒载体)和/或可以编码本文提供的腺病毒载体的核酸分子(例如，包括本文提供的腺病毒载体和/或可以编码本文提供的腺病毒载体的核酸分子的组合物如疫苗组合物)，可以作为唯一的活性成分施用于哺乳动物(例如，人)，以增加针对病原体(例如，与由腺病毒载体编码的免疫原相关的细菌或病毒病原体)的免疫应答(例如，增加的抗体应答和/或增加的t细胞应答)。例如，含有本文所述的编码一种或多种冠状病毒免疫原的腺病毒载体(和/或可以编码本文所述的编码一种或多种冠状病毒免疫原的腺病毒载体的核酸分子)的组合物可以作为唯一的活性成分施用于哺乳动物(例如，人)，以增加针对冠状病毒的免疫应答(例如，增加的抗体应答和/或增加的t细胞应答)。
108.在一些情况下，本文提供的一种或多种腺病毒载体(例如，编码一种或多种免疫原的腺病毒载体)和/或可以编码本文提供的腺病毒载体的核酸分子(例如，包括本文提供的腺病毒载体和/或可以编码本文提供的腺病毒载体的核酸分子的组合物如疫苗组合物)，可以连同一种或多种(例如，一种、两种、三种、四种、五种或更多种)另外的药剂/疗法一起施用于哺乳动物(例如，人)，所述另外的药剂/疗法用于增加针对病原体(例如，与由腺病毒载体编码的免疫原相关的细菌或病毒病原体)的免疫应答(例如，增加的抗体应答和/或增加的t细胞应答)。例如，含有本文所述的编码一种或多种冠状病毒免疫原的腺病毒载体(和/或可以编码本文所述的编码一种或多种冠状病毒免疫原的腺病毒载体的核酸分子)的组合物，可以连同一种或多种(例如，一种、两种、三种、四种、五种或更多种)另外的药剂/疗法一起施用于哺乳动物(例如，人)，所述另外的药剂/疗法用于增加针对冠状病毒的免疫应答(例如，增加的抗体应答和/或增加的t细胞应答)。在其中本文提供的一种或多种腺病毒载
体(例如，编码一种或多种免疫原的腺病毒载体)和/或可以编码本文提供的腺病毒载体的核酸分子(例如，包括本文提供的腺病毒载体和/或可以编码本文提供的腺病毒载体的核酸分子的组合物如疫苗组合物)，与用于增加针对免疫应答(例如，增加的抗体应答和/或增加的t细胞应答)的一种或多种另外的药剂/疗法组合使用的情况下，本文提供的一种或多种腺病毒载体(和/或可以编码本文提供的腺病毒载体的核酸分子)和一种或多种另外的药剂/疗法可以同时(例如，在单一组合物中)或独立地施用。例如，可以首先施用本文提供的一种或多种腺病毒载体(和/或可以编码本文提供的腺病毒载体的核酸分子)，并且其次施用一种或多种另外的药剂/疗法，或反之亦然。
109.本发明将通过下述实施例进行进一步描述，所述实施例并不限制权利要求中所述的本发明的范围。
110.实施例
111.实施例1：针对艰难梭菌的复制型单周期腺病毒疫苗
112.艰难梭菌在美国每年导致近500,000例感染和近30,000例死亡，并且每年花费高达48亿美元。艰难梭菌感染(cdi)起于定殖大肠且释放其两种毒素的细菌，所述两种毒素即毒素a(tcda)和毒素b(tcdb)。该实施例描述了针对艰难梭菌的基于sc-ad基因的疫苗。
113.结果
114.表达艰难梭菌毒素a和b融合蛋白的单周期腺病毒。
115.使用腺病毒6型(ad6)生成sc-ad-tcda/b载体(图1)。该载体携带表达融合蛋白的哺乳动物密码子优化的cdna，所述融合蛋白由分泌前导区以及通过两个弗林蛋白酶切割位点分开的tcda和b的rbd组成。毒素rbd衍生自菌株vpi 10463(毒素型0)，具有在假定的n-连接的糖基化位点中的谷氨酰胺用于天冬酰胺取代。这导致tcda rbd中的总共八个取代，以及tcdb rbd序列内的三个改变。人肺a549细胞用sc-ad6-tcda/b进行感染，并且使用对于tcda和tcdb特异性的抗体，通过蛋白质印迹分析细胞上清液和裂解物。融合蛋白预测为160kda，其中tcda和tcdb的rbd分别预计为100和60kda。在这些条件下，在细胞和浓缩细胞上清液中观察到rbd和融合蛋白两者(图2)。
116.用sc-ad6-tcda/b的单次肌内疫苗接种在小鼠中诱导免疫应答。
117.10只雄性和雌性远交cd-1小鼠的组用pbs或sc-ad6-tcda/b的10
10
个病毒颗粒或阴性对照载体sc-ad6-peb1(其表达来自另一种细菌空肠弯曲杆菌的错配的蛋白质)进行单次i.m.免疫。在免疫后6周收获血清，并且通过elisa和体外毒素中和测定评估抗毒素抗体应答。单次免疫在大多数sc-ad6-tcda/b疫苗接种的动物中生成了针对毒素a的显著抗体(图3a和3b)。倒数滴度定义为显著高于pbs对照小鼠中的水平的那些滴度；因此，并未显示关于pbs组的抗体水平。两种动物性别均生成了显著高于对照小鼠中的抗体应答。雌性小鼠具有1,467,329的几何平均倒数毒素a结合滴度，而雄性具有397,964的滴度(图3a)。雌性结合滴度显著高于雄性滴度(通过曼怀二氏，p《0.0066)。在来自两种性别的tcda中和(nab)滴度中观察到类似的模式，具有在雌性中1682和在雄性中379的平均滴度(图3b)。然而，这些差异并不显著(通过dunn氏，p＝0.8004)。当这些与用sc-ad6-peb1免疫的动物进行比较时，接受sc-ad6-tcda/b的动物具有显著高于其性别匹配的对照的nab滴度。
118.用sc-ad6-tcda/b的单次肌内疫苗接种提供了针对毒素攻击的保护。
119.在单次免疫后8周，小鼠用来自list labs的300ng(6
×
ld50)的纯化tcda进行攻
击。重组毒素衍生自与sc-ad疫苗中的vpi 10463抗原相似的核糖型087和毒素型0菌株。10只pbs和peb1小鼠中的8只在攻击后24小时内死于毒素(图3c)。3天后，另外一只pbs小鼠符合处死标准。20只sc-ad6-tcda/b疫苗接种的小鼠中的17只存活过攻击。kaplan-meier存活曲线的对数秩比较证实了，sc-ad6-tcda/b疫苗接种的动物显著存活优于pbs或peb1对照动物。并未存活的三只sc-ad6-tcda/b疫苗接种的小鼠具有减少的tcda结合滴度和nab的完全缺失(图3a和3b)。
120.sc-ad6-tcda/b提供了针对在单次免疫后38周的毒素攻击的保护。
121.雌性cd1小鼠的第二集合用sc-ad6-tcda/b、sc-ad6-peb1的10
10
个病毒颗粒或pbs(n＝5/组)进行单次i.m.免疫。sc-ad6-tcda/b的这种单次疫苗接种生成了强抗体应答，其中关于tcda和tcdb的倒数终点结合滴度在26周内攀升至100,000以上(图4a和4b)。在第26周，sc-ad-tcda/b组中的平均倒数tcdb nab滴度达到174(图4c)。在第38周，小鼠用300ng(6
×
ld50)的tcda进行攻击。所有pbs和对照sc-ad-peb1疫苗接种的动物在48小时内死于毒素(图4d)。相比之下，sc-ad艰难梭菌疫苗组中的所有动物都存活。
122.仓鼠中的先导毒理学和功效测试。
123.10只叙利亚仓鼠的组通过i.n.或i.m.途径，用sc-ad6-tcda/b的10
11
个病毒颗粒进行单次免疫。对照动物接受i.n.pbs。在免疫后3天收集血液用于临床化学。这些并未揭示血液化学中的显著差异(图7)。
124.用sc-ad6-tcda/b的单次鼻内或肌内疫苗接种在仓鼠中诱导了免疫应答。
125.在免疫后6、12和18周从仓鼠中收集血清，并且评估抗毒素抗体应答。无论途径如何，用sc-ad6-tcda/b的单次免疫生成了针对毒素a的显著的血清nab。这些抗体水平在研究过程中增加(图5a)。虽然i.m.免疫产生了高于i.n.组的针对毒素a的平均nab，但这些在第18周之前并无显著不同(通过dunn氏，p＝0.0336)。在第6周时，通过elisa可检测到毒素b抗体。然而，显著水平的针对毒素b的nab需要更长的时间来发展(图5b)。所有i.m.免疫的动物和6/10的i.n.免疫的动物到第12周具有显著的毒素b nab水平。在第18周时，所有i.m.和i.n.免疫的动物都具有显著的毒素b nab，具有分别为2084和229的平均倒数滴度。
126.用sc-ad6-tcda/b的单次肌内疫苗接种在仓鼠中提供了针对艰难梭菌孢子攻击的保护。
127.当用克林霉素致敏时，可以在叙利亚仓鼠中诱导cdi。该模型通过经口胃(orogastrically)递送纯化的艰难梭菌孢子来模拟粪口传播途径，产生与cdi患者中观察到的相似的症状。各种毒素亚型已在艰难梭菌的临床分离株内得到鉴定。最近的研究报告了，艰难梭菌的bi/nap1/027菌株是北美中的cdi的最普遍原因。鉴于其临床关联性和异源毒素同等型的表达，使用来自uk1(bi/nap1/027)菌株的孢子测试了疫苗功效。仓鼠在在单次免疫后20-21周接受10,000个孢子之前24小时腹膜内施用了克林霉素。所有pbs免疫的动物都死于孢子攻击(图5c)。引人注目的是，无论疫苗施用途径如何，所有sc-ad6-tcda/b疫苗接种的仓鼠都存活到研究结束。kaplan-meier存活曲线的对数秩比较证实了，i.n.和i.m.sc-ad6-tcda/b疫苗接种的动物两者均具有显著优于pbs对照动物的存活。在实验过程中在所有动物中观察到重量减轻，但sc-ad6-tcda/b动物中的重量减轻到第7天或稳定或开始逆转。
128.sc-ad6-tcda/b提供了针对在单次免疫后45周的致命孢子攻击的保护。
129.第二组10只雌性叙利亚仓鼠用sc-ad6-tcda/b的10
11
个病毒颗粒i.n.或i.m.或者用pbs进行单次免疫。在免疫后3或4天收集血液，并且使用与先前相同的分析物实验对象组进行测试。类似地，在第3天或第4天时，在接种疫苗和未接种疫苗之间没有观察到显著差异(图8a和8b)。在第4天，在一半动物中测量了cbc。与对照相比，在接受疫苗的动物中存在嗜中性粒细胞百分比的显著增加以及淋巴细胞百分比的相对降低；然而，嗜中性粒细胞和淋巴细胞数目的比较并未显示差异(图8c)。i.m.免疫的动物可见其血小板和血小板压积的增加，尽管这些仍处于正常范围内。
130.在第6、12和18周收集的血清显示了如第一次疫苗接种研究中的毒素a和b nab增加(图6a和6b)。在第24周时，每组中的一半的仓鼠用经口胃给予的克林霉素(30mg/kg)进行致敏，然后在5天后用200个艰难梭菌孢子进行攻击。这种低剂量攻击令人惊讶地在包括pbs对照的任何仓鼠中并未诱导艰难梭菌感染的症状或适应症。与队列中未攻击的动物相比，在这种攻击结束时收集的血清抗体并未揭示由于病原体攻击的毒素a或b抗体的增加。未攻击的动物被跟踪另外20周。在此期间，一只pbs和一只i.m.免疫的动物变得垂死，并且分别在第42周和第44周必须实施安乐死。
131.剩余动物在第45周使用高剂量10,000孢子攻击进行攻击。所有pbs免疫的动物都符合终点标准并实施安乐死(图6c)。两只鼻内免疫的动物也死于攻击。i.m.疫苗组中的所有动物存活过孢子攻击。这些存活曲线的对数秩比较显示了，与pbs相比，i.n.和i.m.sc-ad6-tcda/b疫苗接种的动物两者的存活中的显著差异。攻击前(第36周)的毒素nab水平与各组中的存活相关联(图6d)。存活过孢子攻击的i.n.组中的动物在攻击之前具有高毒素nab。相比之下，这组中并未存活的动物在它们受到攻击之前具有较低的毒素nab。在仅用sc-ad疫苗的单次免疫后10个月，观察到针对艰难梭菌攻击的保护。
132.材料和方法
133.细胞培养
134.a549细胞和vero细胞购自美国典型培养物保藏中心(american type culture collection)。293-iiia细胞如其它地方所述的(crosby等人，virology 462-463:158-165(2014))生成。所有细胞都维持在37℃下的达尔贝科改良伊格尔培养基(dmem)中，所述培养基补充有10％热灭活的胎牛血清(hi-fbs；hyclone)以及以100u/ml的青霉素/链霉素(invitrogen)。
135.表达艰难梭菌tcda/b融合物的单周期腺病毒
136.通过genscript合成了密码子优化的cdna，其编码艰难梭菌毒素a和b的受体结合结构域的新型融合物。该cdna含有来自α-1抗胰蛋白酶(aat)的分泌前导序列，以促进融合蛋白的分泌。受体结合结构域通过两个弗林蛋白酶切割位点分开，以在来自哺乳动物细胞的分泌过程中使两种tcd彼此释放。将该cdna插入穿梭质粒pad6-ndepfl内，并且如其它地方所述的(crosby等人，virology 462-463:158-165(2014)，crosby等人，j.virol.91(2):e00720-16(2017)；以及crosby等人，j.virol.89:669-675(2015))重组到sc-ad6内，以生成sc-ad6-c.diff。还使用了表达gfp-萤光素酶或空肠弯曲杆菌peb1的对照sc-ad6病毒。病毒如其它地方所述的(crosby等人，virology 462-463:158-165(2014)，crosby等人，j.virol.91(2):e00720-16(2017)；以及crosby等人，j.virol.89:669-675(2015))进行拯救，扩增且纯化。病毒比较基于病毒颗粒。
137.蛋白质印迹
138.a549细胞以104个病毒颗粒/细胞，用sc-ad6-tcda/b或表达gfp-萤光素酶的sc-ad-gl进行感染。在感染后24小时，将培养基更换为无血清dmem。24小时后，使用amicon ultra-15 30k(millipore)收集并浓缩该培养基。使用补充有complete
tm protease inhibitor cocktail(roche)的triton-x裂解缓冲液收获细胞。使用针对艰难梭菌毒素a或b的抗体(1:1000；list biological labs，inc.)，随后为山羊抗鸡辣根过氧化物酶二抗(1:1000；invitrogen)，通过蛋白质印迹分析培养基浓缩物和细胞裂解物。添加supersignal west dura(thermo scientific)，并且在in vivo f station(kodak)上，对印迹进行成像。
139.动物
140.雄性和雌性远交cd-1小鼠(charles river laboratories)以及雌性叙利亚金色仓鼠(envigo)在mayo clinic animal facility中进行饲养。所有动物处理和实验都根据动物福利法案(animal welfare act)的条款、phs动物福利政策(phs animal welfare policy)、nih实验动物护理和使用指南(nih guide for the care and use of laboratory animals)的原则、以及在mayo clinic的机构动物护理和使用委员会(institutional animal care and use committee)的政策和程序来进行。
141.免疫和样品收集
142.小鼠用异氟烷进行麻醉，并且通过肌内(i.m.)途径用指定疫苗的10
10
个vp进行免疫。仓鼠用异氟烷进行麻醉，并且用疫苗的10
11
个vp进行肌内(i.m.)或鼻内(i.n.)途径免疫。在小鼠中，在指定的时间点从面静脉中收集血清。在不同的时间点，将仓鼠麻醉并且从颈静脉中收集血液。
143.酶联免疫吸附测定(elisa)
144.immulon 4hbx板(thermo)用在1x磷酸盐缓冲盐水(pbs)中的100ng/孔的艰难梭菌a或b类毒素(list biological labs，inc.)包被过夜。在室温(rt)下，用含有0.1％ tween 20的tris缓冲盐水(tbst)中的5％乳，将孔洗涤且封闭2小时。在用tbst洗涤后，将每个血清样品的半对数稀释物一式三份铺平板，并且在rt下温育3小时。将孔洗涤，并且向每个孔中加入100μl的1:10,000山羊抗小鼠igg-辣根过氧化物酶(thermo fisher scientific inc.)。使板在rt下温育2小时。将孔洗涤，并且向每个孔中加入50μl的1步ultra tmb elisa(thermo fisher scientific inc.)。当颜色发展时，加入50μl的2mh2so4。od450用biotek synergy h1 hybrid multi-mode reader进行确定。倒数滴度基于95％置信区间在统计上进行定义。
145.细胞毒性和中和测定
146.使用其它地方所述的方法(donald等人，microbiology 159:1254-1266(2013))，对于vero细胞确定了艰难梭菌毒素a和毒素b的细胞毒性。使用vero细胞代替imr-90，因为与imr-90细胞相比，它们具有对毒素b相似的敏感性，但具有对毒素a增加的敏感性。vero细胞以104个细胞/孔在96孔板中铺平板。艰难梭菌毒素a或毒素b(list biological laboratories，inc)在补充有10％ hi-fbs的dmem中进行连续稀释，并且在铺平板后24小时加入细胞中。三天后，使用生物发光celltiter-glo试剂(promega)确定细胞活力。通过用四参数方程拟合数据，将ec50确定为等价于导致发光的50％减少的毒素量。毒素中和使用与细胞毒性测定中确定的ec50值八倍混合的小鼠或仓鼠血清的连续稀释物进行确定。使混合
物在加湿培养箱(5％co2)中在37℃下温育90分钟，然后添加到96孔板上的vero细胞中。三天后，用celltiter-glo确定细胞活力。使四参数回归应答与衍生自血清稀释物的萤光素酶相对光单位(rlu)值拟合。中和抗体(nab)滴度表示为显示出细胞毒性的50％减少的衍生样品稀释度。如果血清滴定未能在测试的浓度范围内生成50％的抑制，则将1/2的最高测试血清浓度的滴度值归于它。
147.在小鼠中用重组艰难梭菌毒素a的攻击
148.免疫的小鼠用300ng的艰难梭菌毒素a(list biological laboratories，inc)进行腹膜内(i.p.)攻击。在毒素攻击之后，对于前30小时，每3小时监测一次小鼠，随后为对于72小时以6小时间隔的监测，然后从第3天直到第7天(168小时)每12小时监测一次。监测小鼠的临床体征。简而言之，将动物的症状评分为正常、昏昏欲睡、异常或垂死。垂死的动物立即实施安乐死并进行记录。对于每个治疗组确定存活率。
149.仓鼠中的血液学和临床化学
150.收集血液用于临床化学分析(肝素锂管内的200μl；greiner bio-one)和全血细胞计数(cbc，k
2 edta管中的100μl；greiner bio-one)。用piccolo xpress analyzer(abaxis)分析血液化学，并且用vetscan hm5血液分析仪(abaxis)确定cbc。关于两个测试的分析物参数显示于表1和表2中。
151.表1.在abaxis vetscan hm5 analyzer结果表上测量的兽医血液学参数。
152.参数编写单位钠na+mmol/l钾k+mmol/l总二氧化碳tco2mmol/l氯化物cl-mmol/l葡萄糖glumg/dl钙camg/dl血尿素氮bunmg/dl肌酐cremg/dl碱性磷酸酶alpu/l丙氨酸氨基转移酶altu/l天冬氨酸氨基转移酶astu/l总胆红素tbilmg/dl白蛋白albg/dl总蛋白质tpg/dl
153.表2.在piccolo xpress chemistry analyzer上测量的血液化学参数。
[0154][0155]
在仓鼠中用艰难梭菌孢子的攻击
[0156]
在攻击之前，仓鼠个别地饲养在通风的笼中。在低剂量攻击中，使用经由喂食针经口胃递送的克林霉素磷酸盐(sigma-aldrich)抗生素溶液(30mg/kg体重)，使仓鼠对于感染致敏。五天后，仓鼠用来自艰难梭菌菌株uk1的200个孢子经口胃进行攻击。由于低剂量孢子攻击并不在我们手头的仓鼠中诱导症状，因此使用具有修改的克林霉素施用的高剂量攻击。在这种攻击中，仓鼠通过腹膜内途径而不是经口胃途径，用克林霉素磷酸盐抗生素溶液(10mg/kg体重)进行致敏。仓鼠然后在24小时后用104个uk1孢子经口胃进行攻击。在高剂量攻击和低剂量攻击两者中，通过就几个参数在微生物安全柜中个别地对其进行评价，在感染之后每天4次对仓鼠进行监测，所述参数包括湿尾、松散的粪便、腹泻、重量减轻、活动水平、硬皮(starey coat)、凹眼、驼背的姿势以及对刺激的应答的存在和严重程度。基于观察到的变化的严重程度的评分系统(对于每个参数范围为0
–
3)用于定量动物的状况。当动物达到评分≥15、垂死或重量减轻超过20％时，对动物实施安乐死并且被视为已死于疾病。
[0157]
统计分析
[0158]
prism 8graphical软件用于所有统计分析。
[0159]
实施例2：表达sars-cov-2多肽的单周期腺病毒载体
[0160]
将全长密码子优化的sars-cov-2刺突cdna(图13)或rbd-sb子结构域插入pad6-δiii-δe3内，伴随或不伴随遗传佐剂或膜片基因(图12)，并且在293-iiia细胞中进行拯救。
sosip.v4.2-m6.it进行加强。一半的小鼠通过i.m.途径进行加强，并且一半通过i.n.途径进行加强。2周后，收集阴道洗涤液并且测定针对进化枝c env的iga或igg抗体(图27)。
[0166]
这些数据显示了基于sosip蛋白加强的递送途径，在抗体应答中的强烈偏差。与i.n.蛋白质相比，i.m.sosip更好地增加了通过i.m.sc-ad-1157和sc-ad gfp-luc或gmcsf生成的阴道igg水平。相比之下，i.n.sosip蛋白在小鼠中加强了强烈扩增的阴道iga水平，其通过i.m.途径用sc-ad-1157伴随最强的sc-ad佐剂引发：gmcsf、tcda/b和il-21。sc-ad-1157+sc-ad-gfp-luc组在肌内引发且加强时显示了稳固的igg应答，但在i.n.给予sosip时未能生成强烈的igg应答。此外，这些组合中的任一种都未能生成iga应答。这提示了代替sc-ad-gfp-luc给予的遗传佐剂引发动物体产生我们观察到的iga应答，当它们进行i.n.加强时，还显示了在粘膜表面处的引发。施用于未接触抗原的动物的蛋白质在阴道洗涤液中几乎不生成igg或iga应答。
[0167]
实施例4：通过表达刺突变体多肽的sc-ad载体生成的抗体应答
[0168]
5只仓鼠的组通过肌内途径用指定的sc-ad ad6或ad657载体的指定数目的病毒颗粒进行免疫，所述sc-ad ad6或ad657载体表达刺突多肽或γmink刺突变体多肽。de3adp指示了具有表达wuhan刺突的替代e3缺失的sc-ad。2周后收集血清。所施用的组对施用者进行设盲。
[0169]
测量了通过载体生成的抗体应答。通过针对刺突s1蛋白的elisa，对于结合该蛋白的igg抗体分析血清的1/1000稀释物。数据显示为关于每个样品的elisa的od450。
[0170]
所有免疫都引发了能够识别γmink刺突变体多肽和刺突多肽两者的相似的免疫应答(图32)。
[0171]
实施例5：示例性实施方案
[0172]
实施方案1.一种单周期腺病毒(sc-ad)，其中所述sc-ad包含缺少编码腺病毒多肽的核酸序列的至少一部分的基因组，其中所述sc-ad包含所述腺病毒多肽，并且其中所述sc-ad包含编码冠状病毒免疫原的核酸序列。
[0173]
实施方案2.实施方案1的sc-ad，其中所述腺病毒多肽选自纤维多肽、v多肽、六邻体多肽、五邻体基座多肽和piiia多肽。
[0174]
实施方案3.实施方案1-2中任何一个的sc-ad，其中所述冠状病毒免疫原包含冠状病毒刺突多肽或其免疫原性片段。
[0175]
实施方案4.实施方案3的sc-ad，其中所述冠状病毒免疫原由以下组成或基本上由以下组成：seq id no:1-4中任何一个中所示的氨基酸序列。
[0176]
实施方案5.实施方案1-4中任何一个的sc-ad，其中所述sc-ad进一步包含编码佐剂多肽的核酸序列。
[0177]
实施方案6.实施方案5的sc-ad，其中所述佐剂多肽选自粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(gm-csf)多肽、白细胞介素4(il-4)多肽、白细胞介素21(il-21)多肽、cd40配体(cd40l)多肽、4-1bb配体(4-1bbl)多肽、转化生长因子β(tgf-β)多肽、艰难梭菌tcda多肽、艰难梭菌tcdb多肽及其生物活性片段。
[0178]
实施方案7.实施方案5或实施方案6的sc-ad，其中所述冠状病毒刺突多肽与所述佐剂多肽融合。
[0179]
实施方案8.实施方案7的sc-ad，其中与所述佐剂多肽融合的所述冠状病毒刺突多
肽基本上由以下组成或由以下组成：seq id no:5中所示的氨基酸序列。
[0180]
实施方案9.实施方案1-4中任何一个的sc-ad，其中所述sc-ad进一步包含编码膜片多肽的核酸序列。
[0181]
实施方案10.实施方案9的sc-ad，其中所述膜片多肽是ace2多肽的片段。
[0182]
实施方案11.实施方案10的sc-ad，其中所述ace2多肽的片段包含ace2多肽的细胞外区域并且缺少跨膜结构域。
[0183]
实施方案12.实施方案11的sc-ad，其中所述膜片多肽基本上由以下组成或由以下组成：seq id no:8或seq id no:9中所示的氨基酸序列。
[0184]
实施方案13.实施方案9-12中任何一个的sc-ad，其中所述冠状病毒刺突多肽与所述膜片多肽融合。
[0185]
实施方案14.一种组合物，其包含实施方案1-13中任何一个的sc-ad。
[0186]
实施方案15.一种用于在哺乳动物中诱导针对冠状病毒的免疫应答的方法，其中所述方法包括在其中所述sc-ad感染所述哺乳动物的细胞并且其中所述免疫原在所述细胞中的表达导致所述免疫应答的诱导的条件下，向所述哺乳动物施用实施方案1-13中任何一个的sc-ad或实施方案14的组合物。
[0187]
实施方案16.实施方案15的方法，其中所述哺乳动物是人。
[0188]
实施方案17.实施方案15-16中任何一个的方法，其中所述冠状病毒是β冠状病毒。
[0189]
实施方案18.实施方案17的方法，其中所述β冠状病毒是sars-cov-2。
[0190]
实施方案19.实施方案15-18中任何一个的方法，其中所述施用包含所述sc-ad的粘膜递送。
[0191]
实施方案20.一种sc-ad，其中所述sc-ad包含缺少编码腺病毒多肽的核酸序列的至少一部分的基因组，其中所述sc-ad包含所述腺病毒多肽，并且其中所述sc-ad包含(a)编码免疫原的核酸序列和(b)编码佐剂多肽的核酸序列。
[0192]
实施方案21.实施方案20的sc-ad，其中所述腺病毒多肽选自纤维多肽、v多肽、六邻体多肽、五邻体基座多肽和piiia多肽。
[0193]
实施方案22.实施方案20-21中任何一个的sc-ad，其中所述免疫原是冠状病毒免疫原。
[0194]
实施方案23.实施方案22的sc-ad，其中所述冠状病毒免疫原包含冠状病毒刺突多肽或其免疫原性片段。
[0195]
实施方案24.实施方案23的sc-ad，其中所述冠状病毒免疫原由以下组成或基本上由以下组成：seq id no:1-4中任何一个中所示的氨基酸序列。
[0196]
实施方案25.实施方案20-24中任何一个的sc-ad，其中所述佐剂多肽选自gm-csf多肽、il-4多肽、il-21多肽、cd40l多肽、4-1bbl多肽、tgf-β多肽、艰难梭菌tcda多肽、艰难梭菌tcdb多肽及其生物活性片段。
[0197]
实施方案26.实施方案25的sc-ad，其中所述冠状病毒刺突多肽与所述佐剂多肽融合。
[0198]
实施方案27.实施方案26的sc-ad，其中与所述佐剂多肽融合的所述冠状病毒刺突多肽基本上由以下组成或由以下组成：seq id no:5中所示的氨基酸序列。
[0199]
实施方案28.实施方案20-27中任何一个的sc-ad，其中所述sc-ad进一步包含编码
膜片多肽的核酸序列。
[0200]
实施方案29.实施方案28的sc-ad，其中所述膜片多肽是ace2多肽的片段。
[0201]
实施方案30.实施方案29的sc-ad，其中所述ace2多肽的片段包含ace2多肽的细胞外区域并且缺少跨膜结构域。
[0202]
实施方案31.实施方案30的sd-ac，其中所述膜片多肽基本上由以下组成或由以下组成：seq id no:8或seq id no:9中所示的氨基酸序列。
[0203]
实施方案32.一种组合物，其包含实施方案20-31中任何一个的sc-ad。
[0204]
实施方案33.一种用于在哺乳动物中诱导针对病毒的免疫应答的方法，其中所述方法包括在其中所述sc-ad感染所述哺乳动物的细胞并且其中所述免疫原在所述细胞中的表达导致所述免疫应答的诱导的条件下，向所述哺乳动物施用实施方案20-31中任何一个的sc-ad或实施方案32的组合物。
[0205]
实施方案34.实施方案33的方法，其中所述哺乳动物是人。
[0206]
实施方案35.实施方案33-34中任何一个的方法，其中所述病毒是冠状病毒，并且其中所述免疫原与所述冠状病毒相关。
[0207]
实施方案36.实施方案33-35中任何一个的方法，其中所述冠状病毒是β冠状病毒。
[0208]
实施方案37.实施方案36的方法，其中所述β冠状病毒是sars-cov-2。
[0209]
实施方案38.实施方案33-37中任何一个的方法，其中所述施用包含所述sc-ad的粘膜递送。
[0210]
实施方案39.一种sc-ad，其中所述sc-ad包含缺少编码腺病毒多肽的核酸序列的至少一部分的基因组，其中所述sc-ad包含所述腺病毒多肽，并且其中所述sc-ad包含(a)编码免疫原的核酸序列和(b)编码膜片多肽的核酸序列。
[0211]
实施方案40.实施方案39的sc-ad，其中所述腺病毒多肽选自纤维多肽、v多肽、六邻体多肽、五邻体基座多肽和piiia多肽。
[0212]
实施方案41.实施方案39-40中任何一个的sc-ad，其中所述免疫原是冠状病毒免疫原。
[0213]
实施方案42.实施方案41的sc-ad，其中所述冠状病毒免疫原包含冠状病毒刺突多肽或其免疫原性片段。
[0214]
实施方案43.实施方案42的sc-ad，其中所述冠状病毒免疫原由以下组成或基本上由以下组成：seq id no:1-4中任何一个中所示的氨基酸序列。
[0215]
实施方案44.实施方案43的sc-ad，其中所述膜片多肽是ace2多肽的片段。
[0216]
实施方案45.实施方案44的sc-ad，其中所述ace2多肽的片段包含ace2多肽的细胞外区域并且缺少跨膜结构域。
[0217]
实施方案46.实施方案45的sd-ac，其中所述膜片多肽基本上由以下组成或由以下组成：seq id no:8或seq id no:9中所示的氨基酸序列。
[0218]
实施方案47.实施方案39-46中任何一个的sc-ad，其中所述冠状病毒刺突多肽与所述膜片多肽融合。
[0219]
实施方案48.实施方案39-47中任何一个的sc-ad，其中所述sc-ad进一步包含编码佐剂多肽的核酸序列。
[0220]
实施方案49.实施方案48的sc-ad，其中所述佐剂多肽选自gm-csf多肽、il-4多肽、
il-21多肽、cd40l多肽、4-1bbl多肽、tgf-β多肽、艰难梭菌tcda多肽、艰难梭菌tcdb多肽及其生物活性片段。
[0221]
实施方案50.一种组合物，其包含实施方案39-49中任何一个的sc-ad。
[0222]
实施方案51.一种用于在哺乳动物中诱导针对病毒的免疫应答的方法，其中所述方法包括在其中所述sc-ad感染所述哺乳动物的细胞并且其中所述免疫原在所述细胞中的表达导致所述免疫应答的诱导的条件下，向所述哺乳动物施用权利要求39-49中任一项的sc-ad或权利要求50的组合物。
[0223]
实施方案52.实施方案51的方法，其中所述哺乳动物是人。
[0224]
实施方案53.实施方案51-52中任何一个的方法，其中所述病毒是冠状病毒，并且其中所述免疫原与所述冠状病毒相关。
[0225]
实施方案54.实施方案53的方法，其中所述冠状病毒是β冠状病毒。
[0226]
实施方案55.实施方案54的方法，其中所述β冠状病毒是sars-cov-2。
[0227]
实施方案56.实施方案51-55中任何一个的方法，其中所述施用包含所述sc-ad的粘膜递送。
[0228]
实施方案57.一种sc-ad，其中所述sc-ad包含缺少编码腺病毒多肽的核酸序列的至少一部分的基因组，其中所述sc-ad包含所述腺病毒多肽，并且其中所述sc-ad包含(a)编码免疫原的核酸序列，(b)编码佐剂多肽的核酸序列，和(c)编码膜片多肽的核酸序列。
[0229]
实施方案58.实施方案57的sc-ad，其中所述腺病毒多肽选自纤维多肽、v多肽、六邻体多肽、五邻体基座多肽和piiia多肽。
[0230]
实施方案59.实施方案57-58中任何一个的sc-ad，其中所述免疫原是冠状病毒免疫原。
[0231]
实施方案60.实施方案59的sc-ad，其中所述冠状病毒免疫原包含冠状病毒刺突多肽或其免疫原性片段。
[0232]
实施方案61.实施方案60的sc-ad，其中所述冠状病毒免疫原由以下组成或基本上由以下组成：seq id no:1-4中任何一个中所示的氨基酸序列。
[0233]
实施方案62.实施方案57-61中任何一个的sc-ad，其中所述佐剂多肽选自gm-csf多肽、il-4多肽、il-21多肽、cd40l多肽、4-1bbl多肽、tgf-β多肽、艰难梭菌tcda多肽、艰难梭菌tcdb多肽及其生物活性片段。
[0234]
实施方案63.实施方案57-61中任何一个的sc-ad，其中所述膜片多肽是ace2多肽的片段。
[0235]
实施方案64.实施方案63的sc-ad，其中所述ace2多肽的片段包含ace2多肽的细胞外区域并且缺少跨膜结构域。
[0236]
实施方案65.实施方案64的sd-ac，其中所述膜片多肽基本上由以下组成或由以下组成：seq id no:8或seq id no:9中所示的氨基酸序列。
[0237]
实施方案66.一种组合物，其包含实施方案57-65中任何一个的sc-ad。
[0238]
实施方案67.一种用于在哺乳动物中诱导针对病毒的免疫应答的方法，其中所述方法包括在其中所述sc-ad感染所述哺乳动物的细胞并且其中所述免疫原在所述细胞中的表达导致所述免疫应答的诱导的条件下，向所述哺乳动物施用实施方案57-65中任何一个的sc-ad或实施方案66的组合物。
[0239]
实施方案68.实施方案67的方法，其中所述哺乳动物是人。
[0240]
实施方案69.实施方案67-68中任何一个的方法，其中所述病毒是冠状病毒，并且其中所述免疫原与所述冠状病毒相关。
[0241]
实施方案70.实施方案69的方法，其中所述冠状病毒是β冠状病毒。
[0242]
实施方案71.实施方案70的方法，其中所述β冠状病毒是sars-cov-2。
[0243]
实施方案72.实施方案51-55中任何一个的方法，其中所述施用包含所述sc-ad的粘膜递送。
[0244]
实施方案73.一种sc-ad，其中所述sc-ad包含缺少编码腺病毒多肽的核酸序列的至少一部分的基因组，其中所述sc-ad包含所述腺病毒多肽，并且其中所述sc-ad包含编码由变应原表达或脱落的免疫原的核酸序列。
[0245]
实施方案74.实施方案73的sc-ad，其中所述腺病毒多肽选自纤维多肽、v多肽、六邻体多肽、五邻体基座多肽和piiia多肽。
[0246]
实施方案75.实施方案73-74中任何一个的sc-ad，其中所述sc-ad进一步包含编码佐剂多肽的核酸序列。
[0247]
实施方案76.实施方案75的sc-ad，其中所述佐剂多肽选自gm-csf多肽、il-4多肽、il-21多肽、cd40l多肽、4-1bbl多肽、tgf-β多肽、艰难梭菌tcda多肽、艰难梭菌tcdb多肽及其生物活性片段。
[0248]
实施方案77.实施方案73-76中任何一个的sc-ad，其中所述sc-ad进一步包含编码膜片多肽的核酸序列。
[0249]
实施方案78.实施方案77的sc-ad，其中所述膜片多肽是ace2多肽的片段。
[0250]
实施方案79.实施方案78的sc-ad，其中所述ace2多肽的片段包含ace2多肽的细胞外区域并且缺少跨膜结构域。
[0251]
实施方案80.实施方案79的sc-ad，其中所述膜片多肽基本上由以下组成或由以下组成：seq id no:8或seq id no:9中所示的氨基酸序列。
[0252]
实施方案81.一种组合物，其包含实施方案73-80中任何一个的sc-ad。
[0253]
实施方案82.一种用于在哺乳动物中诱导针对变应原的免疫应答的方法，其中所述方法包括在其中所述sc-ad感染所述哺乳动物的细胞并且其中所述免疫原在所述细胞中的表达导致所述免疫应答的诱导的条件下，向所述哺乳动物施用实施方案73-80中任何一个的sc-ad或实施方案81的组合物。
[0254]
实施方案83.实施方案15的方法，其中所述哺乳动物是人。
[0255]
实施方案84.一种sc-ad，其中所述sc-ad包含缺少编码腺病毒多肽的核酸序列的至少一部分的基因组，其中所述sc-ad包含所述腺病毒多肽，并且其中所述sc-ad包含编码由癌细胞表达的免疫原的核酸序列。
[0256]
实施方案85.实施方案84的sc-ad，其中所述腺病毒多肽选自纤维多肽、v多肽、六邻体多肽、五邻体基座多肽和piiia多肽。
[0257]
实施方案86.实施方案84-85中任何一个的sc-ad，其中所述sc-ad进一步包含编码佐剂多肽的核酸序列。
[0258]
实施方案87.实施方案86的sc-ad，其中所述佐剂多肽选自gm-csf多肽、il-4多肽、il-21多肽、cd40l多肽、4-1bbl多肽、tgf-β多肽、艰难梭菌tcda多肽、艰难梭菌tcdb多肽及
其生物活性片段。
[0259]
实施方案88.实施方案84-87中任何一个的sc-ad，其中所述sc-ad进一步包含编码膜片多肽的核酸序列。
[0260]
实施方案89.实施方案88的sc-ad，其中所述膜片多肽是ace2多肽的片段。
[0261]
实施方案90.实施方案89的sc-ad，其中所述ace2多肽的片段包含ace2多肽的细胞外区域并且缺少跨膜结构域。
[0262]
实施方案91.实施方案90的sc-ad，其中所述膜片多肽基本上由以下组成或由以下组成：seq id no:8或seq id no:9中所示的氨基酸序列。
[0263]
实施方案92.一种组合物，其包含实施方案84-91中任何一个的sc-ad。
[0264]
实施方案93.一种用于在哺乳动物中诱导针对癌细胞的免疫应答的方法，其中所述方法包括在其中所述sc-ad感染所述哺乳动物的细胞的条件下，向所述哺乳动物施用实施方案84-91中任何一个的sc-ad或实施方案92的组合物。
[0265]
实施方案94.实施方案93的方法，其中所述哺乳动物是人。
[0266]
实施方案95.一种sc-ad，其中所述sc-ad包含缺少编码腺病毒多肽的核酸序列的至少一部分的基因组，其中所述sc-ad包含所述腺病毒多肽，并且其中所述sc-ad包含编码艰难梭菌多肽的核酸序列。
[0267]
实施方案96.实施方案95的sc-ad，其中所述艰难梭菌多肽是tcda/b融合多肽。
[0268]
实施方案97.实施方案95的sc-ad，其中所述艰难梭菌多肽包含seq id no:22中所示的氨基酸序列、或包含与seq id no:22中所示的序列至少85％等同的氨基酸序列。
[0269]
实施方案98.实施方案97的sc-ad，其中所述艰难梭菌多肽包含seq id no:22中所示的氨基酸序列。
[0270]
实施方案99.实施方案95的sc-ad，其中所述艰难梭菌多肽包含seq id no:23中所示的氨基酸序列、或包含与seq id no:23中所示的序列至少85％等同的氨基酸序列。
[0271]
实施方案100.实施方案97的sc-ad，其中所述艰难梭菌多肽包含seq id no:23中所示的氨基酸序列。
[0272]
实施方案101.实施方案95的sc-ad，其中所述艰难梭菌多肽包含seq id no:10中所示的氨基酸序列、或包含与seq id no:10中所示的序列至少85％等同的氨基酸序列。
[0273]
实施方案102.实施方案101的sc-ad，其中所述艰难梭菌多肽包含seq id no:10中所示的氨基酸序列。
[0274]
实施方案103.一种sc-ad，其中所述sc-ad包含选自seq id no:28、seq id no:29、seq id no:30和seq id no:31的核酸序列。
[0275]
实施方案104.实施方案3的sc-ad，其中所述冠状病毒免疫原由以下组成或基本上由以下组成：seq id no:42-44、47和48中任何一个中所示的氨基酸序列。
[0276]
实施方案105.实施方案23的sc-ad，其中所述冠状病毒免疫原由以下组成或基本上由以下组成：seq id no:42-44、47和48中任何一个中所示的氨基酸序列。
[0277]
实施方案106.实施方案42的sc-ad，其中所述冠状病毒免疫原由以下组成或基本上由以下组成：seq id no:42-44、47和48中任何一个中所示的氨基酸序列。
[0278]
实施方案107.一种包含两个或更多个sc-ad群体的组合物，其中每个sc-ad群体包含缺少编码腺病毒多肽的核酸序列的至少一部分的基因组，其中每个所述sc-ad群体包含
所述腺病毒多肽，并且其中每个所述sc-ad群体独立地包含编码冠状病毒免疫原的核酸序列。
[0279]
实施方案108.实施方案107的组合物，其中所述腺病毒多肽选自纤维多肽、v多肽、六邻体多肽、五邻体基座多肽和piiia多肽。
[0280]
实施方案109.实施方案107-108中任何一个的组合物，其中所述冠状病毒免疫原包含冠状病毒刺突多肽或其免疫原性片段。
[0281]
实施方案110.实施方案107-109中任何一个的组合物，其中所述冠状病毒免疫原由以下组成或基本上由以下组成：seq id no:1-4、42-44、47和48中任何一个中所示的氨基酸序列。
[0282]
实施方案111.实施方案107-110中任何一个的组合物，其中所述两个或更多个sc-ad群体的所述sc-ad进一步包含编码佐剂多肽的核酸序列。
[0283]
实施方案112.实施方案111的组合物，其中所述佐剂多肽选自gm-csf多肽、il-4多肽、il-21多肽、cd40l多肽、4-1bbl多肽、tgf-β多肽、艰难梭菌tcda多肽、艰难梭菌tcdb多肽及其生物活性片段。
[0284]
实施方案113.实施方案111或实施方案112的组合物，其中所述冠状病毒刺突多肽与所述佐剂多肽融合。
[0285]
实施方案114.实施方案113的组合物，其中与所述佐剂多肽融合的所述冠状病毒刺突多肽基本上由以下组成或由以下组成：seq id no:5中所示的氨基酸序列。
[0286]
实施方案115.实施方案107-110中任何一个的组合物，其中所述两个或更多个sc-ad群体的所述sc-ad进一步包含编码膜片多肽的核酸序列。
[0287]
实施方案116.实施方案115的组合物，其中所述膜片多肽是ace2多肽的片段。
[0288]
实施方案117.实施方案116的组合物，其中所述ace2多肽的片段包含ace2多肽的细胞外区域并且缺少跨膜结构域。
[0289]
实施方案118.实施方案117的组合物，其中所述膜片多肽基本上由以下组成或由以下组成：seq id no:8或seq id no:9中所示的氨基酸序列。
[0290]
实施方案119.实施方案115-118中任何一个的组合物，其中所述冠状病毒刺突多肽与所述膜片多肽融合。
[0291]
序列表自由文本
[0292]
seq id no:1
[0293]
sars-cov-2刺突多肽的氨基酸序列
[0294]
seq id no:2
[0295]
缺少er保留序列的sars-cov-2刺突多肽的氨基酸序列
[0296]
seq id no:3
[0297]
sars-cov-2刺突多肽的胞外结构域的氨基酸序列
[0298]
seq id no:4
[0299]
sars-cov-2刺突多肽的受体结合结构域的氨基酸序列
[0300]
seq id no:5
[0301]
与ig多肽融合的sars-cov-2刺突多肽的受体结合结构域的氨基酸序列
[0302]
seq id no:6
[0303]
与链霉抗生物素蛋白多肽融合的sars-cov-2刺突多肽的受体结合结构域的氨基酸序列
[0304]
seq id no:7
[0305]
与σ螺旋多肽融合的sars-cov-2刺突多肽的受体结合结构域的氨基酸序列
[0306]
seq id no:8
[0307]
ace2膜片多肽的胞外结构域的氨基酸序列
[0308]
seq id no:9
[0309]
ace2膜片多肽的失活胞外结构域的氨基酸序列
[0310]
seq id no:10
[0311]
tcda/b融合多肽的氨基酸序列
[0312]
seq id no:11
[0313]
sars-cov-2orf1ab多肽的氨基酸序列
[0314]
seq id no:12
[0315]
sars-cov-2s多肽的氨基酸序列
[0316]
seq id no:13
[0317]
sars-cov-2orf3多肽的氨基酸序列
[0318]
seq id no:14
[0319]
sars-cov-2e多肽的氨基酸序列
[0320]
seq id no:15
[0321]
sars-cov-2m多肽的氨基酸序列
[0322]
seq id no:16
[0323]
sars-cov-2orf3多肽的氨基酸序列
[0324]
seq id no:17
[0325]
sars-cov-2orf7多肽的氨基酸序列
[0326]
seq id no:18
[0327]
sars-cov-2orf8多肽的氨基酸序列
[0328]
seq id no:19
[0329]
sars-cov-2n多肽的氨基酸序列
[0330]
seq id no:20
[0331]
集中的h1流感血凝素多肽的氨基酸序列
[0332]
seq id no:21
[0333]
集中的h1-5流感血凝素多肽的氨基酸序列
[0334]
seq id no:22
[0335]
tcda多肽的氨基酸序列
[0336]
seq id no:23
[0337]
tcdb多肽的氨基酸序列
[0338]
seq id no:24
[0339]
可以编码衍生自艰难梭菌毒素的tcda多肽的核酸序列
[0340]
seq id no:25
[0341]
可以编码衍生自艰难梭菌毒素的tcdb多肽的核酸序列
[0342]
seq id no:26
[0343]
可以编码sc-ad-刺突病毒的核酸序列
[0344]
seq id no:27
[0345]
可以编码sc-ad-tcda/b病毒的核酸序列
[0346]
seq id no:28
[0347]
sc-ad6-δiii-δe3-cmv-刺突-3x-lzl核酸
[0348]
seq id no:29
[0349]
sc-ad6-δiii-δe3-cmv-刺突-pp-3x-lzl核酸
[0350]
seq id no:30
[0351]
sc-ad6-δiii-δe3adp-i-cmv-刺突-3x-l核酸
[0352]
seq id no:31
[0353]
sc-ad6-δiii-δe3adp-i-cmv-刺突-pp-3x-l核酸
[0354]
seq id no:32
[0355]
sc-ad-fzf-657-δiiif-δe3-刺突-3x-l核酸
[0356]
seq id no:33
[0357]
sc-ad-fzf-657-δiiif-δe3-刺突pp-3x-l核酸
[0358]
seq id no:34
[0359]
sc-ad-fzf-c68-δiiif-δe3-刺突-3x-l核酸
[0360]
seq id no:35
[0361]
sc-ad-fzf-c68-δiiif-δe3-刺突pp-3x-l核酸
[0362]
seq id no:36
[0363]
sc-ad-f-657-δiiif-δe3-刺突-3x-l核酸
[0364]
seq id no:37
[0365]
sc-ad-f-657-δiiif-δe3-刺突pp-3x-l核酸
[0366]
seq id no:38
[0367]
sc-ad-f-c68-δiiif-δe3-刺突-3x-l核酸
[0368]
seq id no:39
[0369]
sc-ad-f-c68-δiiif-δe3-刺突pp-3x-l核酸
[0370]
seq id no:40
[0371]
编码aat分泌序列的核酸序列
[0372]
seq id no:41
[0373]
编码合成的弗林蛋白酶切割位点的核酸序列
[0374]
seq id no:42
[0375]
具有k417t、y453f、e484k、n501y、d614g、k986p和v987p突变的sars-cov-2γmink刺突变体多肽的氨基酸序列
[0376]
seq id no:43
[0377]
具有t19r、g142d、r158g、156-157del、l452r、t478k、d614g、p681r、d950n、k986p和v987p突变的sars-cov-2b.1.617.2(δ)刺突变体多肽的氨基酸序列
[0378]
seq id no:44
[0379]
具有t19r、g142d、r158g、156-157del、k417t、l452r、t478k、d614g、p681r、d950n、k986p和v987p突变的sars-cov-2b.1.617.2.1(δ+)刺突多肽变体的氨基酸序列
[0380]
seq id no:45
[0381]
m/n融合多肽的氨基酸序列
[0382]
seq id no:46
[0383]
艰难梭菌tcdb/b(tcdbx2)融合多肽的氨基酸序列
[0384]
seq id no:47
[0385]
具有g75i、t76i、del246-252、l452q、f490s、d614g、t859n、k986p和v987p突变的sars-cov-2λ刺突多肽变体的氨基酸序列
[0386]
seq id no:48
[0387]
具有s13i、w152c、l452r、d614g、k986p和v987p突变的sars-cov-2ε刺突多肽变体的氨基酸序列
[0388]
其它实施方案
[0389]
应理解，虽然本发明已与其详细描述结合进行描述，但前述描述旨在说明而不是限制本发明的范围，所述本发明的范围由所附权利要求的范围限定。其它方面、优点和修改在下述权利要求的范围内。

技术特征：
1.一种单周期腺病毒(sc-ad)，其中所述sc-ad包含缺少编码腺病毒多肽的核酸序列的至少一部分的基因组，其中所述sc-ad包含所述腺病毒多肽，并且其中所述sc-ad包含编码冠状病毒免疫原的核酸序列。2.权利要求1的sc-ad，其中所述腺病毒多肽选自纤维多肽、v多肽、六邻体多肽、五邻体基座多肽和piiia多肽。3.权利要求1-2中任一项的sc-ad，其中所述冠状病毒免疫原包含冠状病毒刺突多肽或其免疫原性片段。4.权利要求3的sc-ad，其中所述冠状病毒免疫原由以下组成或基本上由以下组成：seq id no:1-4中任何一个中所示的氨基酸序列。5.权利要求1-4中任一项的sc-ad，其中所述sc-ad进一步包含编码佐剂多肽的核酸序列。6.权利要求5的sc-ad，其中所述佐剂多肽选自粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子(gm-csf)多肽、白细胞介素4(il-4)多肽、白细胞介素21(il-21)多肽、cd40配体(cd40l)多肽、4-1bb配体(4-1bbl)多肽、转化生长因子β(tgf-β)多肽、艰难梭菌tcda多肽、艰难梭菌tcdb多肽及其生物活性片段。7.权利要求5或权利要求6的sc-ad，其中所述冠状病毒刺突多肽与所述佐剂多肽融合。8.权利要求7的sc-ad，其中与所述佐剂多肽融合的所述冠状病毒刺突多肽基本上由以下组成或由以下组成：seq id no:5中所示的氨基酸序列。9.权利要求1-4中任一项的sc-ad，其中所述sc-ad进一步包含编码膜片多肽的核酸序列。10.权利要求9的sc-ad，其中所述膜片多肽是ace2多肽的片段。11.权利要求10的sc-ad，其中所述ace2多肽的片段包含ace2多肽的细胞外区域并且缺少跨膜结构域。12.权利要求11的sc-ad，其中所述膜片多肽基本上由以下组成或由以下组成：seq id no:8或seq id no:9中所示的氨基酸序列。13.权利要求9-12中任一项的sc-ad，其中所述冠状病毒刺突多肽与所述膜片多肽融合。14.一种组合物，其包含权利要求1-13中任一项的sc-ad。15.一种用于在哺乳动物中诱导针对冠状病毒的免疫应答的方法，其中所述方法包括在其中所述sc-ad感染所述哺乳动物的细胞并且其中所述免疫原在所述细胞中的表达导致所述免疫应答的诱导的条件下，向所述哺乳动物施用权利要求1-13中任一项的sc-ad或权利要求14的组合物。16.权利要求15的方法，其中所述哺乳动物是人。17.权利要求15-16中任一项的方法，其中所述冠状病毒是β冠状病毒。18.权利要求17的方法，其中所述β冠状病毒是sars-cov-2。19.权利要求15-18中任一项的方法，其中所述施用包含所述sc-ad的粘膜递送。20.一种sc-ad，其中所述sc-ad包含缺少编码腺病毒多肽的核酸序列的至少一部分的基因组，其中所述sc-ad包含所述腺病毒多肽，并且其中所述sc-ad包含(a)编码免疫原的核酸序列和(b)编码佐剂多肽的核酸序列。
21.权利要求20的sc-ad，其中所述腺病毒多肽选自纤维多肽、v多肽、六邻体多肽、五邻体基座多肽和piiia多肽。22.权利要求20-21中任一项的sc-ad，其中所述免疫原是冠状病毒免疫原。23.权利要求22的sc-ad，其中所述冠状病毒免疫原包含冠状病毒刺突多肽或其免疫原性片段。24.权利要求23的sc-ad，其中所述冠状病毒免疫原由以下组成或基本上由以下组成：seq id no:1-4中任何一个中所示的氨基酸序列。25.权利要求20-24中任一项的sc-ad，其中所述佐剂多肽选自gm-csf多肽、il-4多肽、il-21多肽、cd40l多肽、4-1bbl多肽、tgf-β多肽、艰难梭菌tcda多肽、艰难梭菌tcdb多肽及其生物活性片段。26.权利要求25的sc-ad，其中所述冠状病毒刺突多肽与所述佐剂多肽融合。27.权利要求26的sc-ad，其中与所述佐剂多肽融合的所述冠状病毒刺突多肽基本上由以下组成或由以下组成：seq id no:5中所示的氨基酸序列。28.权利要求20-27中任一项的sc-ad，其中所述sc-ad进一步包含编码膜片多肽的核酸序列。29.权利要求28的sc-ad，其中所述膜片多肽是ace2多肽的片段。30.权利要求29的sc-ad，其中所述ace2多肽的片段包含ace2多肽的细胞外区域并且缺少跨膜结构域。31.权利要求30的sd-ac，其中所述膜片多肽基本上由以下组成或由以下组成：seq id no:8或seq id no:9中所示的氨基酸序列。32.一种组合物，其包含权利要求20-31中任一项的sc-ad。33.一种用于在哺乳动物中诱导针对病毒的免疫应答的方法，其中所述方法包括在其中所述sc-ad感染所述哺乳动物的细胞并且其中所述免疫原在所述细胞中的表达导致所述免疫应答的诱导的条件下，向所述哺乳动物施用权利要求20-31中任一项的sc-ad或权利要求32的组合物。34.权利要求33的方法，其中所述哺乳动物是人。35.权利要求33-34中任一项的方法，其中所述病毒是冠状病毒，并且其中所述免疫原与所述冠状病毒相关。36.权利要求33-35中任一项的方法，其中所述冠状病毒是β冠状病毒。37.权利要求36的方法，其中所述β冠状病毒是sars-cov-2。38.权利要求33-37中任一项的方法，其中所述施用包含所述sc-ad的粘膜递送。39.一种sc-ad，其中所述sc-ad包含缺少编码腺病毒多肽的核酸序列的至少一部分的基因组，其中所述sc-ad包含所述腺病毒多肽，并且其中所述sc-ad包含(a)编码免疫原的核酸序列和(b)编码膜片多肽的核酸序列。40.权利要求39的sc-ad，其中所述腺病毒多肽选自纤维多肽、v多肽、六邻体多肽、五邻体基座多肽和piiia多肽。41.权利要求39-40中任一项的sc-ad，其中所述免疫原是冠状病毒免疫原。42.权利要求41的sc-ad，其中所述冠状病毒免疫原包含冠状病毒刺突多肽或其免疫原性片段。
43.权利要求42的sc-ad，其中所述冠状病毒免疫原由以下组成或基本上由以下组成：seq id no:1-4中任何一个中所示的氨基酸序列。44.权利要求43的sc-ad，其中所述膜片多肽是ace2多肽的片段。45.权利要求44的sc-ad，其中所述ace2多肽的片段包含ace2多肽的细胞外区域并且缺少跨膜结构域。46.权利要求45的sd-ac，其中所述膜片多肽基本上由以下组成或由以下组成：seq id no:8或seq id no:9中所示的氨基酸序列。47.权利要求39-46中任一项的sc-ad，其中所述冠状病毒刺突多肽与所述膜片多肽融合。48.权利要求39-47中任一项的sc-ad，其中所述sc-ad进一步包含编码佐剂多肽的核酸序列。49.权利要求48的sc-ad，其中所述佐剂多肽选自gm-csf多肽、il-4多肽、il-21多肽、cd40l多肽、4-1bbl多肽、tgf-β多肽、艰难梭菌tcda多肽、艰难梭菌tcdb多肽及其生物活性片段。50.一种组合物，其包含权利要求39-49中任一项的sc-ad。51.一种用于在哺乳动物中诱导针对病毒的免疫应答的方法，其中所述方法包括在其中所述sc-ad感染所述哺乳动物的细胞并且其中所述免疫原在所述细胞中的表达导致所述免疫应答的诱导的条件下，向所述哺乳动物施用权利要求39-49中任一项的sc-ad或权利要求50的组合物。52.权利要求51的方法，其中所述哺乳动物是人。53.权利要求51-52中任一项的方法，其中所述病毒是冠状病毒，并且其中所述免疫原与所述冠状病毒相关。54.权利要求53的方法，其中所述冠状病毒是β冠状病毒。55.权利要求54的方法，其中所述β冠状病毒是sars-cov-2。56.权利要求51-55中任一项的方法，其中所述施用包含所述sc-ad的粘膜递送。

技术总结
本文件提供了腺病毒载体以及与使用腺病毒载体有关的方法和材料。例如，提供了腺病毒，其用于将编码一种或多种免疫原(例如，与引起感染的病原体相关的一种或多种免疫原)的核酸递送至哺乳动物内的细胞，使得哺乳动物产生针对免疫原的有效免疫应答。对免疫原的有效免疫应答。对免疫原的有效免疫应答。


技术研发人员：M
受保护的技术使用者：梅奥医学教育及研究基金会
技术研发日：2021.08.17
技术公布日：2023/10/15