一种用于检测妊娠糖尿病遗传易感性的SNP位点组合、产品及方法

一种用于检测妊娠糖尿病遗传易感性的snp位点组合、产品及方法
技术领域
1.本发明涉及分子诊断技术领域，尤其涉及一种用于检测妊娠糖尿病遗传易感性的snp位点组合、产品及方法。


背景技术：

2.妊娠期糖尿病（gestational diabetes mellitus ，gdm）是一种由胰岛素抵抗和胰岛素分泌受损引起的多因素病因疾病。越来越多的证据表明遗传因素有助于gdm易感性。此外，与胰岛素抵抗和β细胞功能障碍相关的遗传变异被认为在gdm的发展中发挥关键作用。研究表明，有gdm病史的女性患二型糖尿病（t2dm）的风险增加，有糖尿病家族史的女性患gdm的风险可能增加。越来越多的证据表明，糖尿病代谢途径中基因的遗传变异可能会增加糖尿病易感性的风险，这种多态性可能会影响基因的正常表达，进一步增加gdm的风险。因此，为了预防gdm的发生，有必要检测单核苷酸多态性（snps）变异。
3.但就目前而言，同类技术中，绝大部分技术针对单个snp位点，少数针对两个基因上的snp位点，预测结果有局限性，实际应用不强。无法为筛选妊娠糖尿病高危人群提供更有力更广泛的技术手段，故很难对gdm实现早检测，早干扰。


技术实现要素：

4.为解决上述技术问题，本发明的目的在于提供一种用于检测妊娠糖尿病遗传易感性的snp位点组合、产品及方法，以解决现有技术中的缺陷。
5.为达到上述技术效果，本发明采用了以下技术方案：第一方面，本发明提供一种用于检测妊娠糖尿病遗传易感性的snp位点组合，所述snp位点组合包括4个snp位点，具体为snp位点1、snp位点2、snp位点3以及snp位点4，其中：snp位点1为位为arap1基因上的rs1552224；snp位点2为位于gip基因上的rs937301；snp位点3为位于gip基因上的rs3848460；snp位点4为位于igf2bp2基因上的rs11705701。
6.第二方面，本发明还提供一种上述第一方面提供的用于检测妊娠糖尿病遗传易感性的snp位点组合在制备预测妊娠糖尿病患病风险的产品中的应用和/或在制备筛查或辅助筛查妊娠糖尿病的产品中的应用。
7.进一步地，所述应用，包括步骤：获取受试者的生物样本，提取所述生物样本的样本 dna；检测所述样本 dna 在所述snp位点1、snp位点2、snp位点3以及snp位点4的碱基序列，并以此分别确定受试者在所述snp位点1、snp位点2、snp位点3以及snp位点4处的基因型；综合4个snp位点的基因型的检测结果，区分受试者属于遗传高风险人群或遗传低
风险人群；优选地，所述受试者为亚裔人群，进一步优选地，所述亚裔人群为中国人。
8.优选地，所述生物样品来源于人的血液、粪便、尿液、口腔上皮细胞、脱落细胞、口腔拭子或咽喉拭子中的任意一种。
9.第三方面，本发明还提供一种用于检测权利要求1中所述的snp位点组合的特异性扩增引物对，或，或用于检测权利要求1中所述snp位点组合的特异性荧光探针对。
10.第四方面，本发明还提供一种上述第三方面提供的特异性扩增引物对或特异性荧光探针对的应用，其应用具体为在制备用于预测妊娠糖尿病患病风险的产品中的应用和/或在制备筛查或辅助筛查妊娠糖尿病的产品中的应用。
11.第五方面，本发明还进一步提供一种用于检测妊娠糖尿病遗传易感性的产品，该产品包括用于分别检测snp位点组合中的4个snp位点的特异性扩增引物对，和/或，特异性荧光探针对；其中，4个snp位点分别为：snp位点1为位为arap1基因上的rs1552224；snp位点2为位于gip基因上的rs937301；snp位点3为位于gip基因上的rs3848460；snp位点4为位于igf2bp2基因上的rs11705701；优选地，所述产品为试剂盒。
12.优选地，所述四组特异性扩增引物对包括：特异性引物对1，其包括核苷酸序列如seq id no：1所示的上游引物和seq id no：1所示的下游引物，该特异性引物对1用于特异性检测snp位点1的基因型；特异性引物对2，其包括核苷酸序列如seq id no：3所示的上游引物和seq id no：4所示的下游引物，该特异性引物对2用于特异性检测snp位点2的基因型；特异性引物对3，其包括核苷酸序列如seq id no：5所示的上游引物和seq id no：6所示的下游引物，该特异性引物对3用于特异性检测snp位点3的基因型；特异性引物对4，其包括核苷酸序列如seq id no：7所示的上游引物和seq id no：8所示的下游引物，该特异性引物对4用于特异性检测snp位点4的基因型。
13.优选地，所述四组特异性荧光探针对包括：特异性荧光探针对01，其包括核苷酸序列如seq id no：9所示的带vic荧光基因探针和核苷酸序列如seq id no：10所示的带fam荧光基因探针，该特异性荧光探针对01用于特异性检测snp位点1的基因型；特异性荧光探针对02，其包括核苷酸序列如seq id no：11所示的带vic荧光基因探针和核苷酸序列如seq id no：12所示的带fam荧光基因探针，该特异性荧光探针对01用于特异性检测snp位点2的基因型；特异性荧光探针对03，其包括核苷酸序列如seq id no：13所示的带vic荧光基因探针和核苷酸序列如seq id no：14所示的带fam荧光基因探针，该特异性荧光探针对01用于特异性检测snp位点3的基因型；特异性荧光探针对04，其包括核苷酸序列如seq id no：15所示的带vic荧光基因探针和核苷酸序列如seq id no：16所示的带fam荧光基因探针，该特异性荧光探针对01用
于特异性检测snp位点4的基因型。
14.优选地，所述产品还包括无核酶水、缓冲液、dntp 混合液、dna 聚合酶中的一种或多种。
15.第六方面，本发明还进一步提供一种用于检测妊娠糖尿病遗传易感性的方法，该方法包括步骤：获取受试者的生物样本，提取所述生物样本的样本 dna；采用权利要求6～9任意一项所述的用于检测妊娠糖尿病遗传易感性的产品对snp位点组合中的4个snp位点的基因型分别进行检测；综合4个snp位点的基因型的检测结果，区分所述受试者属于遗传高风险人群或遗传低风险人群。
16.优选地，所述受试者为亚裔人群，进一步优选地，所述亚裔人群为中国人。
17.与现有技术相比，本发明的有益效果为：首先，本发明首次提出通过检测一种用于检测妊娠糖尿病遗传易感性的snp位点组合。该snp位点组合具体包括snp位点1：位为arap1基因上的rs1552224；snp位点2：位于gip基因上的rs937301；snp位点3：位于gip基因上的rs3848460；snp位点4：位于igf2bp2基因上的rs11705701；同时，本发明还提供一种用于检测妊娠糖尿病遗传易感性的产品，该产品用于特异性检测上述snp位点组合。此外，该用于检测妊娠糖尿病遗传易感性的snp位点组合基于上述snp位点组合中的各snp位点之间的协同效应，通过对上述snp位点组合的基因型进行检测，可有效地、准确地筛选妊娠糖尿病遗传高危人群，为妊娠糖尿病的早期检测提供更有力、更广泛的技术手段，从而解决现有技术中的缺陷。
具体实施方式
18.下面将对本发明技术方案的实施例进行详细地描述。以下实施例仅用于更加清楚地说明本发明的技术方案，因此只作为示例，而不能以此来限制本发明的保护范围。
19.下述实施例中所使用的试验方法如无特殊说明，均为常规方法；所使用的材料、试剂或仪器未注明生产厂商者，如无特殊说明，为可从商业途径得到的试剂和材料，且实施例中未注明具体条件者，均按照常规条件或制造商建议的条件进行。
20.实施例1通过对500例gdm患者和502例健康孕妇进行基因分型，同时计算在snp位点1、snp位点2、snp位点3以及snp位点4处的等位基因模型、显性模型、隐性模型、纯合模型、杂合模型及超显性模型的or值，结果如表1：表1 本发明提供的snp组合的各snp位点与gdm发病风险相关性结果
由上述表1结果可知，snp位点1、snp位点2和snp位点3野生型等位基因显著增加gdm发病风险，突变型等位基因对gdm具有保护作用。snp位点4突变型等位基因则显著增加
gdm发病风险，上述4个snp位点的协同作用发现单倍型c-a-a-g能够显著降低gdm发病风险，统计结果见表2：表2 snp的单倍型与妊娠糖尿病发病风险的相关性实施例2本实施例提供一种用于检测妊娠糖尿病遗传易感性的试剂盒，该试剂盒包括四组特异性扩增引物对以及四组特异性荧光探针对，其中，该四组特异性扩增引物对包括：特异性引物对1，其包括核苷酸序列如seq id no：3所示的上游引物和seq id no：4所示的下游引物；特异性引物对3，其包括核苷酸序列如seq id no：5所示的上游引物和seq id no：6所示的下游引物；特异性引物对4，其包括核苷酸序列如seq id no：7所示的上游引物和seq id no：8所示的下游引物。
21.该四组特异性荧光探针对包括：特异性荧光探针对01，其包括核苷酸序列如seq id no：9所示的带vic荧光基因探针和核苷酸序列如seq id no：10所示的带fam荧光基因探针；特异性荧光探针对02，其包括核苷酸序列如seq id no：11所示的带vic荧光基因探针和核苷酸序列如seq id no：12所示的带fam荧光基因探针；特异性荧光探针对03，其包括核苷酸序列如seq id no：13所示的带vic荧光基因探针和核苷酸序列如seq id no：14所示的带fam荧光基因探针；特异性荧光探针对04，其包括核苷酸序列如seq id no：15所示的带vic荧光基因探针和核苷酸序列如seq id no：16所示的带fam荧光基因探针。
22.同时，本发明提供的一种试剂盒该包括无核酶水、缓冲液、dntp 混合液以及dna 聚合酶。
23.此外，基于上述试剂盒，本实施例还进一步提供一种使用该试剂盒检测妊娠糖尿病遗传易感性的方法，该方法包括步骤：s1：获取受试者的生物样本，提取所述生物样本的样本 dna，具体操作为：用硅羟基磁珠提取全血中的基因组dna(也可以用口腔上皮细胞和其他生物样品dna)，按照已知方法进行操作。
24.s2：荧光定量pcr反应以及结果读取，以确定受试者基因型使用上述试剂盒通过荧光定量pcr反应对本发明snp位点组合中的4个snp位点的基因型分别进行检测，包括采用特异性引物对1、特异性荧光探针对01特异性检测snp位点1的基因型；采用特异性引物对2、特异性荧光探针对02特异性检测snp位点2的基因型；采用
特异性引物对3、特异性荧光探针对03特异性检测snp位点3的基因型；采用特异性引物对4、特异性荧光探针对04特异性检测snp位点4的基因型；具体操作方法如下：对上述snp位点1、snp位点2、snp位点3以及snp位点4分别进行荧光定量pcr反应，每个反应的体系为总体积20μl，包含 probe qpcr mix (2x) 10μl，dna模板(50ng/μl)1μl，上游引物、下游引物（10μm）各1μl，荧光探针（10μm）各1μl，以无核酶水补足至20μl，将上述体系置于abi quantstudio5 型pcr扩增仪上进行反应，反应条件为：95℃，10 min热启动；95℃，10 s，60℃，45 s，40个循环；在60 ℃结束时收集荧光信号，反应结束后在abi quantstudio5 型pcr仪上读取荧光信号。
25.荧光定量pcr技术的本领域技术人员通过辨识荧光定量pcr仪上显示的最终样品荧光量，根据不同序列探针vic和fam荧光信号的强弱来确定所检测的snp位点的基因型，从而确定受试者的基因型。
26.实施例3本实施例提供一种用于检测孕妇妊娠糖尿病遗传易感性的方法，其步骤包括：s31：获取受试者的生物样本，该样品可以采用任何包含基因组dna的样品，例如全血样本或口腔上皮细胞样本，优选为全血样本；用硅羟基磁珠提取全血中的基因组dna，按照已知方法进行操作。
27.s32：基因分型检测使用本发明提供的检测试剂盒（该试剂盒组成和使用方法参照实施例2），对被检测者基因组dna的snp位点1、snp位点2、snp位点3以及snp位点4分别进行荧光定量pcr检测，确定该snp位点组合中的4个snp位点的基因型。s33：妊娠糖尿病遗传易感性的分析通过对被检测者snp基因型的分析，出具妊娠糖尿病遗传易感性的分析报告单，于该报告中详细说明被检测者妊娠糖尿病遗传易感性的高低，并由医生向被检测者详细说明和解读遗传易感性分析报告单。
28.但需要特别说明的是，上述遗传易感性的遗传易感检测结果并不等同于该疾病的诊断结果。
29.以上实施例仅用以说明本发明的技术方案而非限制，尽管参照较佳实施例对本发明进行了详细说明，本领域的普通技术人员应当理解，可以对本发明的技术方案进行修改或者等同替换，而不脱离本发明技术方案的宗旨和范围，其均应涵盖在本发明的权利要求范围当中。本发明未详细描述的技术、形状、构造部分均为公知技术。

技术特征：
1.一种用于检测妊娠糖尿病遗传易感性的snp位点组合，其特征在于，包括4个snp位点，其中，snp位点1为位为arap1基因上的rs1552224；snp位点2为位于gip基因上的rs937301；snp位点3为位于gip基因上的rs3848460；snp位点4为位于igf2bp2基因上的rs11705701。2.如权利要求1所述的一种用于检测妊娠糖尿病遗传易感性的snp位点组合在制备预测妊娠糖尿病患病风险的产品中的应用和/或在制备筛查或辅助筛查妊娠糖尿病的产品中的应用。3.如权利要求2所述的应用，其特征在于，包括步骤：获取受试者的生物样本，提取所述生物样本的样本 dna；检测所述样本 dna 在所述snp位点1、snp位点2、snp位点3以及snp位点4的碱基序列，并以此分别确定受试者在所述snp位点1、snp位点2、snp位点3以及snp位点4处的基因型；综合4个snp位点的基因型的检测结果，区分受试者属于遗传高风险人群或遗传低风险人群；优选地，所述受试者为亚裔人群，进一步优选地，所述亚裔人群为中国人。4.如权利要求3所述的应用，其特征在于：所述生物样品来源于人的血液、粪便、尿液、口腔上皮细胞、脱落细胞、口腔拭子或咽喉拭子中的任意一种。5.用于检测权利要求1中所述的snp位点组合的特异性扩增引物对和/或用于检测权利要求1中所述snp位点组合的特异性荧光探针对在制备用于预测妊娠糖尿病患病风险的产品中的应用和/或在制备筛查或辅助筛查妊娠糖尿病的产品中的应用。6.一种用于检测妊娠糖尿病遗传易感性的产品，其特征在于，包括用于分别检测snp位点组合中的4个snp位点的特异性扩增引物对，和/或，特异性荧光探针对；其中，4个snp位点分别为：snp位点1为位为arap1基因上的rs1552224；snp位点2为位于gip基因上的rs937301；snp位点3为位于gip基因上的rs3848460；snp位点4为位于igf2bp2基因上的rs11705701；优选地，所述产品为试剂盒。7.如权利要求6所述的一种用于检测妊娠糖尿病遗传易感性的产品，其特征在于，四组特异性扩增引物对包括：特异性引物对1，其包括核苷酸序列如seq id no：1所示的上游引物和seq id no：1所示的下游引物；特异性引物对2，其包括核苷酸序列如seq id no：3所示的上游引物和seq id no：4所示的下游引物；特异性引物对3，其包括核苷酸序列如seq id no：5所示的上游引物和seq id no：6所示的下游引物；特异性引物对4，其包括核苷酸序列如seq id no：7所示的上游引物和seq id no：8所示的下游引物。
8.如权利要求6所述的一种用于检测妊娠糖尿病遗传易感性的产品，其特征在于，四组特异性荧光探针对包括：特异性荧光探针对01，其包括核苷酸序列如seq id no：9所示的带vic荧光基因探针和核苷酸序列如seq id no：10所示的带fam荧光基因探针；特异性荧光探针对02，其包括核苷酸序列如seq id no：11所示的带vic荧光基因探针和核苷酸序列如seq id no：12所示的带fam荧光基因探针；特异性荧光探针对03，其包括核苷酸序列如seq id no：13所示的带vic荧光基因探针和核苷酸序列如seq id no：14所示的带fam荧光基因探针；特异性荧光探针对04，其包括核苷酸序列如seq id no：15所示的带vic荧光基因探针和核苷酸序列如seq id no：16所示的带fam荧光基因探针。9.如权利要求6所述的一种用于检测妊娠糖尿病遗传易感性的产品，其特征在于：所述产品还包括无核酶水、缓冲液、dntp 混合液、dna 聚合酶中的一种或多种。10.一种用于检测妊娠糖尿病遗传易感性的方法，其特征在于，包括步骤：获取受试者的生物样本，提取所述生物样本的样本 dna；采用权利要求6～9任意一项所述的用于检测妊娠糖尿病遗传易感性的产品对snp位点组合中的4个snp位点的基因型分别进行检测；综合4个snp位点的基因型的检测结果，区分所述受试者属于遗传高风险人群或遗传低风险人群。

技术总结
本发明涉及分子诊断技术领域，具体涉及一种用于检测妊娠糖尿病遗传易感性的SNP位点组合、产品及方法，该SNP位点组合具体包括SNP位点1：位为ARAP1基因上的rs1552224；SNP位点2：位于GIP基因上的rs937301；SNP位点3：位于GIP基因上的rs3848460；SNP位点4：位于IGF2BP2基因上的rs11705701。同时，本发明提供的产品用于特异性检测上述SNP位点组合，而所述方法则可有效填补在妊娠糖尿病遗传易感性检测方面的现有技术的空缺，提高妊娠糖尿病遗传易感性检测的准确性。检测的准确性。


技术研发人员：郭润民 曾巧莉 卫月 杨太丽 邵滔滔 张恒丽 刘佳 刘鑫 刘嘉欣
受保护的技术使用者：广东医科大学顺德妇女儿童医院（佛山市顺德区妇幼保健院）
技术研发日：2023.04.25
技术公布日：2023/8/6